唐贞观二十二年（648年）十月，玄奘由玉华宫伴驾返回，仍住弘福寺。当月译成《能断金刚般若波罗密经》一卷，十一月译成《大乘百法明门论》一卷。十二月又由弘福寺移居大慈恩寺，从此又在大慈恩寺住持译经十年之久。
慈恩寺位于今西安市城南，著名的大雁塔就在慈恩寺院内。玄奘当年在这里建塔藏经，会见印度友人，舌战吕才，迎高宗御治碑文，译经授徒，发展慈恩寺学派，建立中国佛教唯识宗哲学体系，创立佛教唯识宗，使慈恩寺声名远播国外，成为继那烂陀寺之后的又一个东方佛教文化中心。如今的慈恩寺院内，建有玄奘三藏院，是目前世界上最大的玄奘纪念馆。
慈恩寺原址是隋朝的无漏寺。唐贞观二十二年（648年）十月，在大明宫做皇太子的李治，为纪念其母文德皇后，将无漏寺改建为慈恩寺。寺内重阁复殿，云阁禅房，共有十多个院落，总计1897间僧房。十月，慈恩寺落成之际，太子李治又特为玄奘在该寺东院建造了一所翻经院，并奏请皇上请玄奘移住翻经院，出任大慈恩寺住持，为国译经。皇帝允准，玄奘欣然受命。
移居之日，盛况空前。所有弘福寺译场人员及经卷藏书都一同搬迁。太子李治派遣东宫兵卒卫士1000多人，供玄奘调用并进行护卫。长安各大寺院僧众前往弘福寺相送，恭贺大唐高僧的乔迁。玄奘率译经弟子乘坐50辆马车行于前，搬运书籍经卷和送行的马车共有1500辆随于后。乔迁队伍前不见头，后不见尾，一路上旌旗幡幢，缓缓向慈恩寺行进。大街两旁有太常寺卿、江夏王李道宗率领九部乐工夹道动乐；万年令宋行质和长安令裴方彦率本县乐工在后吹奏。一时间鼓乐齐鸣，震动长安城。
在一片山呼海啸般地欢呼声中，唐太宗李世民、太子李治和后宫嫔妃出现在安福门城楼上。李世民此时已51岁，身体极度虚弱，自玉华宫疗养之后一直疾病缠身。此刻强打精神面带微笑，向欢呼的人群挥手致意。后宫嫔妃们更是笑靥如花，满面春风，城楼上珠围翠绕，彩袖辉煌。围观的人群有上万人挤满了安福门大街，皇上的亲临为玄奘的乔迁之喜又增添了一道光彩。
玄奘如众星捧月般被迎进慈恩寺。慈恩寺僧众早已准备好了迎僧大典，迎接住持大师的到来。庆典仪式完毕，李治亲自为玄奘引路，陪同参观寺院各处建筑。只见院内虹梁藻井，朱栏玉砌，丹青云气，金环华铺，确是一个条件优越的译经之地。
走到翻经院门口，又见门庭悬挂着一首五言诗，抄写得十分工整。慈恩寺僧人介绍说，这是太子殿下亲笔所作。玄奘驻足拜读。诗云：
停轩观福殿，游日眺皇畿。
法轮含日转，华盖接云飞。
翠烟香绮阁，丹霞光宝衣。
蟠虹遥合彩，空外迥分晖。
萧然登十地，自得会三归。
这首诗借景抒情，表达了李治对佛门圣地的赞美之情。由于是专为玄奘新居所作，玄奘深受感动。当即向李治说：“幸逢盛世，承蒙皇帝和太子厚爱，对佛门如此重视，贫僧只有早日完成译经大业，以报皇恩。”
唐贞观二十二年（648年）十二月迁居结束，太宗命慈恩寺度僧300名，又请50名高僧入寺，译经人员扩充，慈恩寺实际上就成为大唐贞观末年的国立译经院。唐贞观二十三年（649年）正月至三月，玄奘在翻经院首译三部经典：《缘起圣道经》1卷、《阿毘达摩识身足论》16卷、《如来示教胜军王经》1卷。四月太宗召见玄奘，地点在骊山顶上的翠微宫。时为太宗临将逝世的前一月，是玄奘与太宗皇帝的最后一次会面。
李世民半靠在御榻上，因患风疾，已瘫痪在床。玄奘问候圣驾安康。礼毕，李世民让玄奘坐于床前，向玄奘说：“人生苦短，来日无多。朕自觉大限将至，恐怕看不到大师译经大业告成的那一天了。”“可惜朕与法师相逢太晚，未能广兴佛事，实为遗憾熏只是太子禀性温弱，把这偌大江山交给他实在放心不下。不过，他是个诚心向佛的人，对法师十分敬仰，恐怕日后比朕更会关照法师。”
太宗说罢，休息了一会儿，要玄奘给他念诵《金刚经》。他早已听说过玄奘经堂之音十分悦耳动听，但忙于国务，从未去经堂听过玄奘讲经。为了安慰病中的皇帝，玄奘选取《金刚经》中的一段，采用经唱形式诵出，节奏轻柔缓慢，音调悠扬舒心，借以表达对皇上的祝福。
经唱还未结束，太监端着一个金漆盘子走了进来，示意玄奘离开，因为皇上服药的时间到了。玄奘躬身告退。太监揭开盖在盘上的一块纱巾，露出一个红绒盒子，打开盒盖，取出一粒红褐色的丸药，请皇上服用。这是方士特为皇上炼制的“金石”之药。
太宗本来不信方士的延年之药，也曾讥笑过汉武帝为图长寿嫁女与方士求不死之药。曾说：“神仙事本虚妄，空有其名，不烦妄求也。”可是他于病逝前的两年，就已开始服用方士炼制的“金石”之药。《资治通鉴》卷198记载：贞观二十一年（647年）正月，尚书右仆射高士廉亡故，太宗十分伤心，要去高家吊丧。房玄龄竭力谏阻，太宗不听，行至半途，长孙无忌赶来勒住马头阻谏说：陛下饵金石，于方不得临丧。太宗还是不听，长孙无忌急得躺在路上，挡住去路，流涕固谏，太宗这才罢归。《旧唐书》卷3《太宗纪》又载：贞观二十二年（648年），唐借吐蕃兵击败中天竺，俘获一万多人，被解至长安，俘虏中有一方士名叫那罗迩娑婆，自称能配制金石秘剂。太宗如获至宝，大加赞赏，把他请至宫内的金飙门配制延年之药。
唐贞观二十三年（649年）五月，太宗去世的前三天，太宗因金石药发作，濒临垂危，唤李治、长孙无忌、褚遂良三人到翠微宫，写下遗诏，嘱托长孙无忌和褚遂良辅佐李治，之后便静静地去世了。享年52岁。这年太子李治继位，是为唐高宗，改元永徽。
太宗比玄奘年长两岁。太宗逝世后玄奘受到极大震动。他望着那尚未译完的梵文经本，心急如焚，心想自己年过半百，剩下的岁月还有多少呢？也许正因为他看到了皇帝的死，才更加觉得生命珍贵，时间紧迫。从此他全身心投入译经大业，不愿再浪费一点时间，要在短促的晚年立下永恒的业绩。
太宗逝世后，玄奘在慈恩寺的主要工作是译经、授徒、主持寺务，他一生大部分的译作都是在这里完成的。他白天担任译场主译，晚上教授弟子，作为寺院住持，还要兼理寺中事务。每天前来向他请示教戒的香客弟子和慕名来访的王公贵族、高僧学者有数百人，都要他来接待。太子李治继位后对玄奘敬重有加，凡宫中佛事，必待玄奘指点之后举行。皇族中若有佛事道场活动，也都向玄奘咨询。这些事务挤去了他许多时间。他只有牺牲晚上休息时间来弥补耽误了的译经工作。为了确保译经进度，他只好回避了许多应酬性的事务。平时总是三更就寝，五更起床。起床后，先把当天要翻译的经本预习一遍，并用朱笔加以圈点。九点吃斋以后，组织译场翻译，直到黄昏。晚饭后为寺内弟子讲解经论，传授佛经，并处理安排寺中紧要事务。
玄奘在慈恩寺期间，培养了不少高徒，创立了以慈恩寺弟子为骨干的慈恩寺学派和以《成唯识论》为精典依据的中国佛教中的一支唯识宗，因而慈恩寺也就成为慈恩学派和唯识宗的发源地。当时玄奘门下的习经弟子有3000多人，其中很多著名高徒都参加过玄奘组织的译经工作。如最早写玄奘传记的慧立、彦宗，曾参与玄奘译经工作十几年，写《续高僧传》的作者道宣曾担任过玄奘的助译。
玄奘的门徒中有许多是国外来求学的僧人。道昭来自东瀛，是日本僧人，参加慈恩寺译经，后来成为唯识宗在日本的第一代传人。圆测和顺景，来自新罗，是朝鲜僧人，拜玄奘为师，学“唯识论”，把唯识宗体系传到朝鲜。中国的唯识宗在玄奘之后，则由弟子窥基发扬光大。窥基（632年～682年），俗姓尉迟，字洪道，长安人，生于唐贞观五年（公元632年），17岁出家，乃将门之子。其父尉迟宗，官拜左金吾将军。其伯父是大名鼎鼎的尉迟敬德，封为鄂国公。窥基身材魁梧，相貌堂堂，又天资聪慧，勤奋好学，很受玄奘赏识，实得唯识宗真传。他17岁时，玄奘见而悦之，劝其出家，意欲收徒。并与其伯父鄂国公尉迟敬德商议，鄂国公奏报太宗皇帝，太宗降旨，准窥基出家从佛，从此受玄奘剃度，作《出家箴》。初居弘福寺，后随玄奘移居慈恩寺，记奘师之言甚勤，曾给大量佛经译本注疏，号称“百本疏主”。其著作知名者有48部，现有28种。玄奘逝世后，由窥基住持慈恩寺，人称“慈恩大师”，完全继承了玄奘开创的唯识宗一脉。
唐永徽二年（651年），即高宗即位第二年玄奘译出的佛经已经累计到42部，270卷，送交当时的右丞相、顾命大臣褚遂良，由他呈递给高宗御览。
这年正月，大唐四位地方刺史为高宗拜年，约集长安。公事之暇，慕玄奘声名，联名参拜玄奘，请示受菩萨戒。这四位刺史是瀛州刺史贾敦颐，蒲州刺史李道裕，榖州刺史杜正伦，恒州刺史萧锐。玄奘在慈恩寺为他们授戒，细讲菩萨戒的行持操守，勉励他们事君须尽忠，临下须慈爱。四刺史欢喜而归。归去后各舍净财捐赠慈恩寺，致信答谢玄奘。信中说：“吾等未能悟佛性之在身，未知境界之唯识，譬涉海而无津。……遂得参奉，始知如来之性即是世间，涅槃之际不殊生死，行于般若便是不行，得彼菩提翻为无得。”由此推知玄奘当时为四刺史还讲了有关唯识学义理与大乘有宗的入世涅槃之理。
唐永徽三年（652年）三月，玄奘上表奏请高宗皇帝，请于慈恩寺院内建一藏经塔，用以安置新译经本和长期存放印度取回的佛像经典。高宗允准，投资兴建。但根据玄奘设计图样，将地址由南院改为东院，由石塔改为砖塔。命玄奘监造。
藏经塔初建时只有五层，塔基高4米，塔身高60米，内外都呈方形。砖表土心，仿西域佛塔形式，每层都供放佛舍利。最高层立有两碑，分别是太宗的《大唐三藏圣教序》和高宗的《述圣记》。大约在武则天当政时期的701年～704年间，该塔倒毁，武则天及长安王公贵族施钱重建，改为10层。后遭兵火之灾，毁去最上3层，尚存7层。到后唐明宗长兴年间（930年～933年），西京留守安重霸对7层塔重新修整。到北宋神宗熙宁年间（1068年～1077年）曾发生一起火灾，木梯、壁画、唐人题诗并毁，但7层塔主体大体保存至今。现在塔内正中有木板台阶和扶手，可盘旋而上。第一层边长25米。一二层各有九间，三四层各分七间，五至七层均为五间。由塔底而望，孤高耸天，登临塔顶，可一览古都长安。
就在玄奘亲自监造并参加施工的藏经塔快要完工之际，印度友人来访。来客在藏经塔施工场地见到玄奘。玄奘放下手中的工具，仔细地辨认着这张似乎熟悉的面孔：“这不是摩诃菩提寺法长大师吗？”来客应道：“对，贫僧正是摩诃菩提寺法长。”20年前，玄奘在那烂陀寺留学期间，常去摩诃菩提寺与法长切磋经论，法长也常到那烂陀寺与玄奘一起听戒贤讲经。二位老友相会，都很激动。四只手紧紧握在一起。
玄奘道：“佛祖啊，真没想到，你怎么会到这里来？”法长道：“你能西去，我为什么不能东来？现在大唐昌盛，我也该到大唐取经了。”玄奘明白这话的意思，他是云游大唐作佛学考察来的。
玄奘道：“大师来得正好，我正在建这座‘卒堵波’，准备用来存放印度取回的经典和归国以来翻译的经本。请大师指点。”
“好一座卒堵波！叫什么名字？”
“我想就叫大雁塔吧。”
二人走上塔基，只见塔底层墙壁上有一幅画，画面上一群大雁俯冲而下，一座山峰旁边坐着几位僧人，手持盂钵，围着一口大锅支架柴火。法长看到这幅画，顿时明白了玄奘起名“大雁塔”的含义。
原来中印度摩揭陀国的因陀罗势山峰上也有一座佛塔名叫雁塔。上述画面讲述的就是“雁塔”之名的来历。相传很久以前，那是印度小乘盛行，大乘还没有出现的时代，该地有所寺院允许吃三种净肉。有一年摩揭陀国闹饥荒，有十几名僧人被困在寺院，饥饿难忍，年轻力壮的都下山自谋生路，剩下几位老弱病残者一连好几天都没有进食了。有的埋怨佛祖降灾不降福，有的祈求菩萨保佑。正在祈求之际，忽然天空一群正在飞翔的大雁俯地身死。僧人们把大雁熬成汤喝，拌着野菜度过了饥荒。此后僧人们感悟到这是菩萨救生之举，便将大雁的毛骨收集起来，建塔埋葬，此塔便称为雁塔。
想到这里，法长对玄奘说道：“‘大雁塔’之名起得真好。”“暗喻佛经典故，明和佛门形象示众的教法，既可把自己取经译经事迹比作舍身的大雁，又可寄托佛门弟子普度众生的宏愿，真是恰如其分，意蕴中似乎还含有对西天佛国的厚意。”
玄奘称赞道：“大师不愧是佛国名僧，一语道破大雁塔三字的玄机。”
从工地回到禅房。法长带来两样东西：书信一封；印度特产白叠（细棉布）两匹。玄奘展开书信，才知是当年那烂陀寺的同窗好友，现在摩诃菩提寺大师智光和慧天托法长带来的。信中表达了老同学对玄奘的思念和问候，还有赞扬玄奘在印度取得崇高威望和描述在那烂陀寺刻苦习经的诗句。
智光、慧天都是戒贤的弟子，玄奘到那烂陀寺时，此二人已有很高的威望，对玄奘也有半教之功。可是由于他们在大乘理论方面研究不够，固执偏见，曾在曲女城会上与玄奘辩论受挫。事隔多年，他们仍对玄奘心悦诚服，常有怀念之意，故有此信。
法长大师在玄奘的接待下，在长安游历了大约一年多时间，于唐永徽五年（654年）二月束装回国。玄奘准备了礼物相送，分别给智光、慧天复信。信中除了问候与倾诉思念之情外，又请两位大师代为抄寄先前在回国途中失落的经本。
法长回国的当年，玄奘在慈恩寺新译《阿毘达摩俱舍论》等9部经典，合117卷。慈恩寺院内的树枝黄了又绿，玄奘案头译出的经典越堆越高。可是到了唐永徽六年（655年）五月，玄奘平静的译经生活掀起了一阵意外的波澜。慈恩寺有个叫栖玄的和尚，将玄奘所译两本经论《因明论》《理门论》送给他的朋友吕才看，惹出了一场约有半年之久的儒佛笔战。
《因明论》和《理门论》这两本书，属于印度佛教哲学中的逻辑学著作。该书思辨色彩很强，是教人辨别真伪，提高论辩能力的书籍。其作者陈那，是印度因明学著名大师。当时中国介绍印度因明学的著作很少，无著、世亲等人的因明学书籍几乎就没有介绍进来，玄奘把陈那的因明二论翻译过来之后，作为一门新学科，其慈恩寺弟子纷纷作注。窥基作《因明入正理论疏》，神泰、靖远、明觉、元晓、圆测、玄应等均作“因明章疏”，各录所闻，为之义疏。吕才当时是主管宫廷医药、音乐的官员，官至太常博士。他得书后，写了一本《因明注解立破义图》，又附一篇序文，序文对玄奘的因明二论提出质疑，并对玄奘译经事业冷嘲热讽。序文中说：
“法师等，若能忘狐鬼之微陋，思句味之可尊，择善而行，不简真俗，此则如来之道，不附于地，弘之者众，何常之有。必以心未忘于人我，义不察于是非，才亦扣其两端，犹拟质之三藏。”
御医吕才的序文及《因明注解立破义图》一出，引起译经院玄奘弟子们的不满。双方口诛笔伐，唇枪舌剑，你来我往，展开了一场笔战。七月，玄奘的弟子慧立，给当时左仆射、封为燕国公的于志宁写了一封信，说明笔战的利害关系，希望能阻止吕才诋毁玄奘及译经院的声誉。于志宁与慧立交往较深，而吕才曾是于志宁门下的管事，于志宁收信后，规劝吕才，吕才才受到警戒，双方笔战停息下来。两月后，官拜太常博士的柳宣，认为慈恩寺僧仗势欺人，并非以理服人，便附和吕才之文，写了一篇《归敬书偈》，要求慈恩寺僧回答。几天后，慈恩寺译经院明溶法师作书答驳。可是柳宣并不心服，又激吕才上奏，请朝廷下诏，召集朝中大臣作证，让吕才与玄奘当面对辩。
高宗准奏。吕才请了柳宣等几位大臣去慈恩寺要求辩论。玄奘面对这场毫无意义的论战，本来采取不闻不问的态度，可是吕才、柳宣奉旨而来，只好出面应对。
面对吕才的提问，玄奘稳坐经堂之上，发现吕才略知儒学，对佛学一窍不通，所提的问题与诘难，完全是因为不懂佛门经义所致。他见旁听者和前来作证的几位，多是文学儒士，便用儒家观点把《因明论》、《理门论》二论重新解释一遍，以讲经说法的语气形式回答了吕才的问难，指陈吕才对因明二论的曲解，又向听众重新宣讲了一遍因明、理门二论的大意。讲完问吕才还有什么要问，吕才哑口无言，听者一片喝彩。朝中来作证的官员还没有听过玄奘升堂讲经，听了刚才玄奘的辩词，都说像一场精彩的佛学演讲，对玄奘的才学称羡不已。就在大家夸奖玄奘时，吕才和柳宣羞愧难当，早已溜出寺外。
消息传到高宗那里，高宗笑了笑说道：“这两个蠢才，不到黄河心不死。他们哪里知道朕的心意！朕就是要让他们见识一下高僧的才学，让他们心服。”说完传旨：“吕才、柳宣自不量力，诋毁国僧清誉，扰乱译场秩序，罚三年俸禄。再有轻狂胡言者，定当从重治罪。”
就在这年的秋末冬初，宫闱深处也发生了惊人的巨变。九月初三，死保王皇后的顾命大臣褚遂良被贬出京城，阻挡武才人入宫的长孙无忌一派受到重挫。十月十三日，高宗下诏废王皇后和萧淑妃为庶人。十月十九日，立太宗时代的武才人、被高宗从尼姑庵接回宫已三年的武昭仪为皇后。十一月初一，举行册立皇后的盛大仪式，百官破天荒地在肃义门朝拜新皇后。武皇后仪态万方，踌躇满志，她就是武则天，中国历史上第一位真正的女皇帝。十二月，原太子李忠被废。李忠是高宗长子，但非武后嫡生，自忖不敢久居太子位，上表谦让，高宗允准，改封他为梁王，遂即册立武后所生之子年仅三岁的李弘为皇太子，同时改年号为显庆。
朝中的事儿玄奘都听到了。长安城街头巷尾，酒楼茶馆到处议论的都是武才人二次进宫、李治“子娶父妾”的事。玄奘平时对这些事儿并不留意，但是在他看来，御医寻衅、儒佛笔战以来，新皇后、新太子的出现及老臣旧妃的被贬，都意味着贞观时代的结束。而今译经事业面临的阻力还很大，汉唐以来儒家文化始终占统治地位，儒佛在出世入世问题上的冲突还将长期存在。要把印度佛教弘扬于东土大唐，光靠佛门弟子不行，还必须依靠皇帝的支持。
唐显庆元年（656年）正月，高宗因庆贺李弘继太子位，在宫中设宴招待大臣，同时，又派朝臣黄门侍郎薛元超和中书侍郎李府义前往慈恩寺进香，并赐给慈恩寺国立译经院僧人每人布帛三匹。
薛李二臣进香之后，玄奘接见他们，对他们说：“吕才、柳宣与慈恩寺对辩之事，二位已经亲眼看到，佛经艰涩深奥，就是吃斋静心者多年研究也未必能够通达，今朝中之人有人误解并提出质疑是很正常的；但是如今慈恩寺译经，并不是佛门弟子的个人所为，而是奉旨为国译经，一旦疏漏，发生讹误，不仅贻误后人，也必然为圣上添忧。为了避免再生事端，贫僧有两条建议望能给皇上转达。”
“其一，希望朝中官员相助译经。前秦时九摩罗什为国译经，朝中有安成侯姚嵩相助。北魏时菩提流支为国译经，朝中有中书侍郎崔光为之执笔。其后南齐、萧梁、北周及至隋朝，都由国中佛门弟子主译，朝廷派大臣赞助。贞观初年，波顿在长安译经，朝廷敕遣宰相房玄龄、赵郡王李孝恭、太子詹事杜正伦、大夫卿萧景等大臣监阅详辑。现在缺了这一环节，便有人寻衅。看来译场光靠佛门弟子是不行的。”
“其二，大雁塔已建成，望皇上能撰文立碑。当今圣上对佛门的支持堪为表率，有目共睹。造翻经院，建藏经塔，为新译经本作序。大唐佛学的兴盛全仰仗圣上的支持。只是这些功德没有记载立碑，无法教化后世。希望二位官人能代为奏达。”
薛元超、李府义回宫后立即商议奏辞，第二天上朝便向高宗陈奏此事。高宗颁旨：命左仆射于志宁、中书令来济、礼部尚书许敬宗、中书侍郎杜正伦，连同薛元超、李府义共6人，参助译经；又令国子监博士汤义硕、太子洗马郭瑜、弘文馆学士高若思等人监校。“时为看阅，有不稳便处，即随时润色”。众臣领命，往慈恩寺就职。
玄奘因译经大业有了朝廷官员的直接参与，不再为有人干预译经而担忧，心里一阵轻松。第二日率众徒上朝奏表谢恩。
唐显庆元年（656年）三月，高宗应玄奘之请亲自撰写《慈恩寺碑文》，命长孙无忌在朝中宣示，刻于碑上。定于四月初八佛诞节送到寺中。待到四月初八，玄奘亲率弟子及慈恩寺僧众迎接碑文，并通知京中寺院僧尼参加迎碑大典。玄奘亲率京中僧尼，陈列旌旗幢幡30里，彩车千余乘，从慈恩寺往芳林门迎接。京都士女观者百余万。高宗亲临安福门楼观看，当日设3000僧斋大宴。
这次迎碑大典，其盛况与前次玄奘迁居慈恩寺一样，格外隆重，影响很大。是高宗继位以来对京城以慈恩寺为中心的佛教学派的极大荣誉和鼓励。使慈恩寺派自儒佛论战以来，又一次获得了政治上的殊荣。在慈恩寺译经众僧看来，这块碑文就是请来的一把尚方宝剑，足以对付吕才等人的寻衅羁绊。也像一块镇寺之宝，客观上为玄奘的译经大业起到了保护伞的作用。
迎碑大典之后，即唐显庆元年（656年）五月，玄奘过于劳累，旧病复发。他早年在西行路上饱受风霜严寒之苦，身患风湿性心脏病和哮喘病，只是年轻时潜隐未发，及至年老旧病发作。这次发作，心中疼闷，呼吸不畅，好像整个心被封住一般。
高宗闻讯，派御医蒋孝璋、上官琼主治。药品由内宫专送。御医昼夜不离。5天之后，病势好转。高宗派人将玄奘接至宫中凝云殿西阁疗养。
从唐显庆元年（656年）五月到唐显庆三年（658年）二月，玄奘奉旨在宫中凝云殿西阁养病9个月，译场工作并未停止。他把佛经口译给弟子，弟子笔录下来，带到慈恩寺进行文句整理和润色勘正工作。这时期，由于是住在皇宫，后宫遇有佛事也请玄奘。
当时武则天身怀第二子李显，孕中有病。为了保证皇子的健康，武后不愿用药，常去感业寺祈求菩萨保佑。高宗为了替未出世的皇子祈福，特意在城内延康坊建西明寺一座。八月秋凉时分，西明寺落成。但是，此举似乎并没有为武后腹中的孩子带来预期的福运。十月，武后产期只剩一月，武后又病，病情加重，行动不便。高宗十分着急，便请玄奘入宫为之做佛事。武后说，只要能保佑母子平安，将来自愿皈依佛门。玄奘面对武后的请求，若有所思，但又很快答应下来。做完佛事，玄奘对高宗说：“圣体必安和无苦，然所怀者是男，平安之后愿听出家。”高宗原本就因敬重玄奘而亲近佛门，加上武后临到产期，非比寻常，忧急之下便答应了玄奘的要求。
十一月，武后分娩，果是男，母子均安。这位皇子就是后来的中宗李显。十二月初五，皇子满月，高宗依照承诺，宣玄奘进宫为皇子剃度，玄奘为皇子李显赐号佛光王。由此，刚刚满月的李显成为佛门在家弟子，这是玄奘与唐王室第四代皇帝中宗结下的一段情缘。
