小肠上接幽门与胃相通，下接阑门与大肠相通，迂回叠积于腹腔内。对于小肠的部位和形态，古代医家进行了仔细的观察并有详细描述，如《灵枢·肠胃篇》说：“小肠后附脊，左环回周迭积，其注于回肠者，外附于脐上。”
《素问·灵兰秘典论》说：“小肠者，受盛之官，化物出焉。”故小肠的生理功能可以概括为以下两个方面：
1.受盛饮食物：受，即接受之意。盛，即容纳之意。人体的饮食物经过胃的初步消化作用后，成为食糜，并在胃气主降的作用下，通过幽门下降于小肠。小肠是接受胃内容物的盛器，饮食物在小肠内停留时间较长，以利于细致的消化，从而使水谷化生精微，以营养全身。
2.泌别清浊：“所谓“清”，即指各种精微物质。所谓“浊”，即指饮食物消化后剩余的残渣部分。所谓“泌别”，即分泌、区别之意。小肠的泌别清浊功能，就是消化饮食物并分别清浊。中医学称小肠消化饮食物的功能为“化物”，化物即变化、消化饮食物，化生水谷精微。在小肠化物并分别清浊的作用下，将饮食物区分为三部分：精微物质、糟粕和无用之水液。水谷精微经吸收后转输各部；糟粕下传，降入大肠；无用的水液则渗入膀胱而为尿。张介宾说：“小肠居胃之下，受盛胃中水谷而分清浊，水液由此而渗于前，糟粕由此而归于后，脾气化而上升，小肠化而下降，故曰化物出焉。”这一段话，不仅说明了小肠的化物过程，而且指明小肠还和排尿有关。关于小肠、膀胱和尿的关系，在古典医籍中亦有详细描述。例如李梴在《医学入门》中说：“小肠……泌别清浊，水入膀胱上口，滓秽入大肠上口。”隋·巢元方说：“水入小肠，下于胞，行于阴，为溲便也。”（《诸病源候论》）小肠之水液之所以能进入膀胱而为尿，乃是通过气化作用实现的，故李中梓说：“小肠下口乃膀胱之际，水液由此别回肠，随气泌渗而下，其出其入，皆由气化。入气不化，则水归大肠而为泄泻，出气不化则闭塞下窍而为癃闭。”（《医宗必读》）以上论述都表明，小肠与膀胱的排尿有内在联系。至于小肠和膀胱的关系，还需要进一步研究。
由此可见，小肠的受盛化物、泌别清浊的生理功能，在饮食物的消化过程中是十分重要的。小肠的生理功能正常，则饮食物得以消化，清浊各走其道，并使二便的排泄正常；若小肠发生病变，不仅能引起消化功能失常，而且会影响到二便排泄，使二便异常。
