蚩尤为九黎部落的酋长，分为九派，亦称“九黎”，即后来的“三苗”。最早生活在黄河流域，与黄帝争锋失败被杀。颛顼、帝喾时代，“九黎”趁共工与颛顼、帝喾争夺帝位时迅速发展起来。颛顼曾多次打败三苗；到了尧、舜时代，三苗再次兴起，又被打败。
到禹继承华夏部落联盟首领后，三苗再度挑起事端。为了进一步扩大原始居民的生存空间，统一长江中下游地区，成为迫在眉睫的国家战略了。因此，禹决定对三苗进行一次大规模的战争。禹出兵之前，在祖庙举行了一次隆重的祭祀上天和祖先的宗教仪式。
禹手执玄圭说：“三苗为乱，上天要惩罚他们。因为他们不听教化，多次叛乱，诛杀无辜。现在，他们那里妖魔四起，天生怪异，夜里出了太阳，又下了三天血雨，炎热的夏天竟然也结冰。种在地里的五谷也发生了变异，祖庙中出现了青龙，狗也在市中嚎哭，人民惊恐，怨声载道。我受上天、祖先之命前去讨伐他们，希望大家同心协力，英勇奋战，歼灭那些有罪之人。”这就是历史上有名的流传于今的《尚书·禹贡》篇。
三苗见禹率军前来征讨，慌忙率众抵抗。但禹所率军队训练有素，皆为控弦之士，强悍无比。开战不久，其首领就被东夷部落的弓箭手射死。首领阵亡，苗军大乱，溃不成军，纷纷四散逃命。三苗故土难守，多数败逃到西南地区，逐步被当地土著氏族部落融合。相传今天聚居在湖南、广西、广东及云南、四川、贵州等地的苗族，就是三苗的后裔。
至此，禹的势力范围扩大到江淮两湖流域。
后来帝禹巡察到达会稽（今浙江绍兴），并在那里逝世，葬于此，终年100岁。
