晋隆安三年（公元399年），孙恩趁民心不稳，从海岛上率领他的部下杀了上虞令，而后攻打会稽。王羲之的儿子王凝之，是会稽内史，他一心信奉天师道，既不出兵迎敌，也不做任何设防。只是照例每天在道堂上磕头念咒。
手下官员请求派兵出城讨伐孙恩，王凝之说：“我已请来大仙，借来鬼兵把守各个险要关卡，每个地方都有几万鬼兵，敌人不值得担忧。”
等到孙恩逐渐逼近，才听从他们出兵抵抗，可是孙恩的部队已经到达城下了。孙恩很快攻下会稽城，王凝之逃走，被孙恩抓住杀了，还杀了他的几个儿子。
王凝之的妻子谢道蕴，是谢奕的女儿，听说敌人来到，从容不迫，命令婢女们抬着轿子，拔出佩刀出门，亲手杀了几个人，才被抓住。
吴国内史桓谦、临海太守新秦王司马崇、义兴太守魏隐等人都放弃郡城逃走。会稽人谢针、吴郡人陆況、义兴人许允之、临海人周胄、永嘉人张永等人以及东阳、新安等共八个郡的百姓，同时起兵，杀掉本地官员响应孙恩。十天之内，他们聚集了几十万人。
吴兴太守谢邈、永嘉太守司马逸、嘉兴公顾胤、南康公谢明慧、黄门郎谢冲、张琨、中书郎孔道等人都被孙恩的军队杀死。当时三吴一带一直都很太平，百姓不善于打仗，所以郡县的守兵都闻风而逃。
孙恩占据会稽，自称征东将军，逼迫士人充当他的属官，并把手下的人称作“长生人”，百姓中如果有不服从他的，就连婴孩一起杀掉，百姓死在他刀下的有十分之七八。他还把县令剁成肉酱，逼迫他们的妻子儿女吃下去，如果拒绝，就被分尸。
他们路过每一个地方就烧杀抢掠，砍伐树木，埋堵水井，率领百姓聚集在会稽。妇女怀孕不能跟着去的，都被扔到水中淹死，说：“恭喜你先登上天堂，我随后一定会来找你的。”孙恩上表安帝，列数会稽王司马道子和他的世子司马元显的罪状，请求杀掉他们。
自从安帝即位以来，朝廷内外变乱丛生，石头城以南的地区都被荆州、江州所占据，以西的地区都被豫州吞并，京口地区以及长江以北都是刘牢之以及广陵相高雅之控制的地盘，中央的指令就只能在三吴这一小片地方通行了。
孙恩作乱之后，三吴的八个郡也被孙恩攻占。京畿的几个县，祸乱四起。孙恩的党羽也有潜伏在建康城中的。大家都人心惶惶，唯恐有意外发生。
朝廷于是宣布全国戒严。安帝加授司马道子黄钺，任命司马元显为中军将军，命令徐州刺史谢琰兼管吴兴、义兴等郡的军事，讨伐孙恩。刘牢之也出兵讨伐孙恩，向朝廷上表之后，立即出师。
当初，孙恩听说八个郡都响应他，就对他的下属说：“天下不会再有事了，我将与诸位一起穿着朝服去建康。”
过了不久，听说刘牢之率领军队到了钱塘江边上，他说：“我即使割据钱塘江以东，也不失为一个越王勾践。”
后来，刘牢之率领大军渡过钱塘江，征伐孙恩，孙恩说：“我并不以逃走为耻。”于是他强迫百姓二十万人向东逃走，一路上，扔下许多抢来的财物和妇女儿童。官军争着抢他们扔下的东西。孙恩因此得以逃脱，又逃回到海岛上。
