在这样的情况下，我们反而认为，中医理论很可能先于实践，而且简单、直接的实践可能不完全反映理论的所有成就，这源于我们对理论的理解不足。从中医理论与实践的矛盾中，我们再一次看到“动物本能说”的荒唐可笑。
还有一点必须注意，世界许多民族都有自己的传统医学，而且这些传统医学的实践与中医有几分相似之处，可为什么他们没有发明中医学？除印度以外，甚至我们看不到一点点与中医理论相似的痕迹。这一现象的本身就是对“动物本能说”的批判，也是对先实践后理论观点的批判。
早期的巫术与医学
人们常在电影中看到这样的镜头：一个道士手持一柄木剑，直指天空，喝令鬼神，驱逐邪魔，最后口中必定大喝一声“急急如律令”。其实这并非仅仅是道士、巫师的把戏，中国古代的医术也有此项。《素问?移精变气论》曰：“惟其移精变气，可祝而已。”后人称此科为“祝由科”，即是诅咒，“祝由”的本身既是巫术。唐代医圣孙思邈在《千金翼方?禁经》中为我们记载比较详细的情况：“吾为天师祭酒，为天地所使，身佩乾灵之兵千百万亿，在吾前后，罗列左右，何神敢往，何鬼敢当？正神当住，邪鬼速去！急急如律令。”
俄国作家格利格罗维奇在小说《乡村》中曾记有这样一件事：村里的铁匠德隆死去后，经常在村子里出现，吓唬村里的人。后来村长的弟弟看到铁匠在村里闹腾没个完，就刨了铁匠的坟，把他的尸体翻了个身，在背上钉上一个又长又大的白杨钉子。这也是巫术。
巫术在任何一个民族的早期文化中都有印迹，即使到了现代，巫术也没有彻底消失，变成了一些习惯的行为。例如，中国人晚上如果做了恶梦，他会吐口水，同时伴随“呸”的发音。印度人每次打呵欠时，总要用手指向左右两边各弹一下，防止魔鬼乘机进入口中，而西方人则在打完呵欠后要祝福，防止灵魂随气喷出。这些习惯，如果追其根源，都来自巫术。
自然，在古代实施巫术的人就是巫师了，也有的国家将其称为祭祀。其实巫师在古代是一个很特殊的群体，有点像现在的大学教授或专家，他们属于知识分子阶层。由于古代生产能力有限，社会财富不丰富，不可能养活更多的文化人，所以巫师的身份极其复杂，他们既是科学家，也是艺术家、文学家、星占家、哲学家、建筑学家……他们是综合人才，是一切文化的掌握者、传播者。古代帝王的顾问学者只有两类人，一类是史，即是史官；另一类就是巫，而且巫的地位总比史要高一些，《礼记?礼运》记载：“王前巫而后史，卜巫瞽侑，皆在左右。”
因此，中国古代的巫与医是合而为一的，《广雅》在训古医字云：“醫，巫也。”在这个意义上巫医可以合称，故《论语》曰：“人而无恒，不可以作巫医。”甚至有一种说法认为，是巫师创造了医学，古籍中有两条资料可以为证，《世本?作篇》记载：“巫彭作医。”意思是巫彭发明了医学，《说文》也沿用了此说：“古老，巫彭初作医。”有人将这两条资料进一步发挥，得出一个结论：中医学源于巫，巫医同源。甚至有人认为，中医实际上是巫术的副产品，巫师在长期的巫术行为中，一不留神就发明了中医学。
巫师曾经履行过医生的职责，这恐怕没有什么争议。但如果说巫师发明了中医学，恐怕很值得商榷。
首先是资料的问题，关于巫的记载有很多，从《山海经》开始，春秋战国时期的古籍中几乎都有记载，甚至到秦汉时也有记载。但一般资料只说巫与医药有关，如《山海经?海内西经》记载：“开明东有巫彭、巫抵、巫阳、巫履、巫凡、巫相，夹窫窳之尸，皆操不死之药以拒之。”记载中只说巫“操不死之药”，而没有说到巫与医药的具体细节。如此一来，仅这条资料就可以证明许多东西，如道家长生不死之说也往往用它来证明。
其次是巫与医起源的时间。考古学发现，新石器晚期的山顶洞人墓地中，发现一些骸骨上有红色赤铁矿粉末。现代许多学者都用这条资料来证明巫师的起源，并认为这是“朱色辟邪术”的最早源头，由此将巫的起源上推到4万年以前。我们认为这样使用资料不当。中国史籍明确记载，不同部落有不同的颜色偏好，有的喜欢朱红，也有的喜欢白色、还有的喜欢黑色，即使后来有“朱红辟邪”一说，我们也不能肯定出现在山顶洞中的赤铁粉末与此巫术思想有何关联。因此我们认为，此事仅可证明人类灵魂观念的产生，原始宗教的萌芽，而不能证明巫师职业的出现。
