《素问》之名，始见于张仲景《伤寒论序》：“感往昔之沧丧，伤横夭之莫救，乃勤求古训，博采众方，撰用《素问》、《九卷》、《八十一卷》、《阴阳大论》、《胎胪药录》，并《平脉辩证》，为《伤寒杂病论》合十六卷。”在我国正史中，《素问》之名见于《北齐书?马嗣明传》：“马嗣明，河内人，少明医术，博综经方，《甲乙》、《素问》、《明堂》、《本草》，莫不咸诵，为人诊候，一年前知其生死。”在目录学上，《素问》之名始见于《隋书?经籍志》：“黄帝素问九卷。”
《灵枢》作为书名，始见于唐代王冰为《素问》所作之注：“《灵枢经》曰，经脉为里，支而横者为络，络之别者为孙。”据学者们考证，最早时本无《灵枢》，仅有《九卷》，后改为《针经》，其后又改为《九灵》，到唐代时始称《灵枢》。有人认为，这种情况恰好说明一个问题，即古代民间相传的同一医书可能有许多不同版本，这样名称差异就较大，很可能内容多少也有区别。
关于《内经》的成书年代，历来有不同看法，归纳起来有以下几种：
1、成书于黄帝时期。因为《黄帝内经》是以设问形式写成的，主要是黄帝问臣下答，也有一些是臣下问黄帝答。所以有人直观地认为，《内经》就是黄帝写成的，因此其成书年代也与黄帝同期，如此推论，成书当在公元前3000年左右。但此观点现在很少有人坚持。
2、成书于战国时代。到了宋代，一批学者认为应该成书于战国时，始创此观点的有宋代邵雍，此人乃是研究《易经》的宗师，相传曾创“梅花易数”之法。他曾经说：“《素问》、《阴府》，七国之书也。”宋代大哲学家程颢也持此观点，他说：“《素问》书，出战国末，气象可见。若是三皇五帝典坟，文章自别，其气运处，绝浅近。”
3、成书于秦、汉之际。持此观点的学者众多，窦苹《酒谱》曰：“《内经》十八卷，言天地生育，人之寿夭系焉，信三坟之书也。然考其文章，知卒成是书者，六国秦汉之际也。”《四库全书简明目录》曰：“《黄帝素问》，原本残阙，王冰采《阴阳大论》以补之。其书云出于上古，固未必然。然亦必周秦间人，传述旧闻，著之竹帛，故贯通三才，包括万变。”
4、成书于汉代。从元朝开始，有人就怀疑此书成于汉代，元明之际的吕复曾说：“《内经》、《素问》，世称黄帝岐伯问答之书，乃观其旨意，殆非一时之言。其所撰述，亦非一人之手。刘向指为韩诸公子所著，程子谓出战国之末。而其大略，正如《礼记》之萃于汉儒，而与孔子、子思之言并传也。”此后，历朝各代均有人坚持汉代成书说，现代持此说者也不在少数。
综合这些观点，大约有两点是共同的：一是《内经》的成书时间与中医理论形成的时间是两回事；二是《黄帝内经》是一部集纳本，而绝非原著，是战国到汉代期间，许多人整理上古医书的结果，但在整理的过程中，有些医学家将自己对古医书的理解加进去，形成目前《内经》文风不统一的事实。
由于《内经》是集纳本，所以内容、编排上都有些混乱：
一是本身内容混乱，比如，《灵枢?本输篇》曰：“六府皆出足之三阳，上合于手者也。”但《经脉篇》中六府之大肠、小肠、三焦均属手经，非“出足之三阳”；《逆顺肥瘦篇》说“少阳之脉独下行”，可在《经脉篇》又说此脉为上行脉。
再比如说，《内经》中目前读不懂的地方有许多是观点不同，表现在“黄帝——雷公”对问，“黄帝——伯高”对问，“黄帝——少师”对问，“黄帝——少俞”对问，这些人在论述医理时并不相同，比如伯高与少俞都论及五味，伯高的“五味论”是按五行来安排的，而少俞的“五味论”却不按五行。
二是《素问》与《灵枢》之间有不对应的情况，例如《素问》里“虚里”、“缨脉”、“胞脉”、“溜脉”、“尻脉”、“解脉”、“大脉”、“散脉”等脉名特立独行，毫无统属，与《灵枢?经脉篇》的体系完全不同。
