大瘟疫对军队的影响也很大，疫病流行时正值帝国对波斯人作战期间，大量士兵病倒、死亡使得军队作战连连失利。后来波斯和其他的蛮族人也都受到瘟疫的袭击，导致双方不得不被迫停战。瘟疫造成兵源大量短缺，继而加快东罗马帝国军队的蛮族化进程。查士丁尼发动的一系列对外战争本就消耗了大量的人力资源，这场瘟疫无疑更是雪上加霜。在查士丁尼大帝的统治后期，帝国之内几乎找不到可以服兵役的人了。
这场瘟疫来得真不是时候，多少年来，东罗马帝国的皇帝一直将收复西罗马帝国的失地作为自己崇高的历史责任。当时帝国国势强盛，雄心勃勃的查士丁尼正准备令罗马帝国昔日辉煌重现世上，多年的梦想即将在他眼前变为现实时，这场疾病将所有的辉煌与荣誉齐齐葬送了。疫病的大规模爆发生生改变了东罗马帝国历史进程，东罗马帝国的中兴之梦化为泡影。这次鼠疫继续肆虐了半个世纪，引起的饥荒和内乱，彻底粉碎了查士丁尼的壮志雄心，也使东罗马帝国元气大伤，走向崩溃。
欧洲黑死病： 肆虐三百年，死亡近两亿
公元1348年，整个欧洲都笼罩在一个恶魔的黑色阴影里——瘟疫再次开始了疯狂的肆虐。这场瘟疫的一种症状就是在患者的皮肤上会出现许多黑斑，所以当时人们将其称为“黑死病”。对于那些感染上该病的患者来说，痛苦的死去是不可避免的结果。实际上，黑死病是一种鼠疫，是由黑鼠身上的跳蚤所携病菌引起的。在公元14世纪，黑鼠的数量很多，一旦该病发生，便会迅速扩散。
1347年，这场鼠疫开始发难，首先在地中海沿岸的西西里出现，然后传播到北非、整个意大利和西班牙，次年传到法国；1349年它传播到奥地利、瑞士、德意志和尼德兰；到了1350年，它已传播到北欧斯堪的纳维亚和波罗的海沿岸诸国。后来在1361～1363年，1369～1371年，1374～1375年，1390年，1400年这种瘟疫仍时有发生。全欧洲有2500万人死于黑死病，死亡人数简直空前绝后，超过历史上任何一种流行病。就死亡人数、混乱程度和恐怖心理而言，20世纪的两次世界大战都无法与之相较。
欧洲文学史上最重要的巨著之一——薄伽丘的《十日谈》就是以这场瘟疫为背景的。作家在引言里谈到了佛罗伦萨严重的疫情，他描写病人怎样突然跌倒在大街上死去，或者是冷冷清清在自己的家中咽气，直到尸体发出了腐烂的臭味，邻居们才知道隔壁发生的事情；旅行者们发现四处都是无人耕耘而荒芜的田园，酒窖洞开却无人问津，无主的奶牛在大街上闲逛，当地的居民却无影无踪。
商业城市热那亚和威尼斯这两颗地中海世界的明珠成了鼠疫的牺牲品。由于死者人数激增，热那亚政府在恐慌中下令调动全部舰队封港，外来船只若是敢入港，就一律以炮火击沉。有一艘这样的商船被迫孤独地沿着海岸线前行，寻找能够容纳自己的港口，最终浪漫与宽容气息浓厚的马赛港接受了它，同时黑死病这头恶狼被引入法兰西的大门。
与此同时，整个意大利都开始采取紧急隔离措施，阻止热那亚和威尼斯两国公民入境。次年夏天，一位热那亚人到皮亚琴察探望亲戚，当时天下着大雨，城里的人不放他进去，他只好淋着雨在外面边哭边恳求。到了天黑时分，他的亲戚终于忍不住了，偷偷打开城门，带他回家过夜。次日早上，那位亲戚上街去……几天之后，皮亚琴察城里已经没有活人了。几周之内，米兰、都灵、维罗纳、佛罗伦萨……鼠疫所到之处，食品匮乏、物价飞涨、道德败坏、家庭破裂、教会崩溃、政府瓦解，似乎一切景象都在宣告着世界末日即将到来。
在1348年，鼠疫除肆虐于意大利之外，又兵分三路：在西边，一位从巴勒斯坦返回圣地亚哥的朝圣者将鼠疫带入伊比利亚半岛，其中以西班牙西南部为祸尤烈，仅在旅游城市马洛卡，就死了30000多人；西北那边则是经“黑王子”的首府波尔多北上，进入法兰西北部平原区，导致弗兰德城邦人口下降了五分之一，就连此时刚被英格兰占领的加莱也在劫难逃；东北路，则是经奥地利传入罗马帝国境内，埃尔福特死了12000人，明斯特死了11000人，美因兹死了6000人，都相当于它们当时市民总数的三分之一以上。
人们注意到疾病的传播速度越来越快，这大概是从东欧到西欧，人口密度逐步上升的缘故。到这一年年底，黑死病的疫区几乎遍及整个欧洲大陆，除了被海峡阻挡的不列颠群岛和斯堪的纳维亚半岛以外，没有一个国家能够幸免于难。虽然欧洲还剩下最后的两个桃花源，但它们的沦陷显然也只是时间问题。
法国马赛有5.6万人死于鼠疫。历史上著名的英法百年战争也一度因为这场鼠疫的爆发被迫叫停。荷兰和弗兰德斯地区（欧洲大陆滨临北海的一个区域，后来分属于荷兰、比利时和法国）也同样惨重异常，死亡人数多得令人难以置信。奥地利的维也纳曾有在一天当中死亡960人的纪录。在德国，有三分之一的神职人员被鼠疫夺去了生命，许多教堂和修道院因此无法维持。
鼠疫最终还是蔓延到了英国。1349年春天，沉睡许久的黑死病突然从加莱进入海峡群岛，惊恐万状的英格兰国王爱德华三世失去了他平日在战场上的那种冷静。他听从御医的建议，下令禁止全国人民捕鱼。但这被证明是毫无效果的：黑死病以空前的速度长驱直入大不列颠，截止到当年五月份，伦敦原有的五万居民只剩下了三万，直到16世纪才恢复原先的数目；英格兰当时的第二大城市诺维奇的常住人口从12000人锐减到了7000人，从此再也没有能重现往日的辉煌；牛津大学的三万教职员和学生死的死，逃的逃，一年之后只剩下了6000人。当1351年疫情得到控制之时，英伦三岛和爱尔兰已经损失了它们总人口的40%左右，远远高于它们在英法百年战争中的总损失。由于农业工人死亡过多，一些庄园倾其收入也仅够交纳房租。有的庄园甚至佃农全部死光。
1349年5月，一艘英国商船又远渡重洋，将鼠疫传播给了斯堪的纳维亚。而当时控制着波罗的海沿岸的汉萨同盟又以极高的效率将其散布到了原本还相对安全的德意志和波兰北部。甚至远离欧洲本土的格陵兰岛也因此遭了殃：长期在冰天雪地中苦苦挣扎的当地居民由于得不到欧洲大陆送去的例行补给，没有一个人活过1350年。
在那些可怕的日子里，葬礼连连不断，而送葬者却寥寥无几。往往是所有家庭成员全部死亡，尸体被扛夫们抬着，送到附近的教堂里，由教士们随便指派个地方埋葬了事。
到了1352年，莫斯科遭遇了这场黑死病，连莫斯科大公和东正教的大主教也都相继死去。黑死病的魔爪伸向了各个社会阶层，没有人能逃避死亡的追逐。
尽管准确统计欧洲的死亡数字已经不可能，但是许多城镇留下的记录却见证了惊人的损失：1467年，俄罗斯死亡127000人，1348年德国编年史学家吕贝克记载死亡数字是90000，其中单日的死亡数字最高记录是1500人！在维也纳，每天都有500到700人因此丧命，根据俄罗斯摩棱斯克的记载，1386年仅有5人幸存！
因黑死病死去的人如此之多，以至劳动力紧缺。整个村庄被废弃，农田荒芜，粮食生产下降。紧随着黑死病而来的，便是发生在欧洲许多地区的严重饥荒。
从1348年到1352年，黑死病将欧洲变成了死亡之地。这条通向地狱的道路断送了欧洲三分之一的人口，总计约2500万人！在此后的300年中，黑死病仍不断造访欧洲和亚洲的城镇，持续威胁着那些劫后余生的人们。
这场瘟疫的影响绝不亚于任何一场横扫欧洲的战争。现代医学家、社会学家认为它的毁灭力量同核武器不分伯仲。它导致欧洲经济紊乱、社会动荡、物价上涨和风俗败坏。一方面，劳动力严重损失，使得农业、手工业生产在很大程度上受到削弱，严重制约了社会经济的发展，人们的生活日益恶化。而为了逃避灾难，人们四处迁移，于是欧洲的社会秩序愈发不得安定，这在很大程度上影响了欧洲生产力的发展和社会进步。另一方面，由于人口大量减少，有人会意外地继承到别人的财产，顷刻之间便成为富翁。物价的降低和轻易获得的财富，加之人们对黑死病重临人世的恐惧，挥霍之风日盛。随着黑死病的日益猖獗，包括沉湎酒色在内的各种寻欢作乐的生活方式也在欧洲蔓延开来。主教、传教士和僧侣也都卷入这一狂潮。他们似乎要在人类末日来临之前耗尽世界上的一切财富。政府官员也趁火打劫，他们恣意地把国家的金银珠宝和其他财富据为己有而不会受到任何惩罚。
在14、15世纪的大规模肆虐之后，黑死病从17世纪起又卷土重来。1664年，它再度侵入英国，1834年又袭击了埃及，1900年在澳洲的悉尼和1910年在中国的东北也有发生。1994年9月，这个恶魔将印度的马哈拉施特拉邦和与之相邻的城市苏拉特作为袭击目标。黑死病的突然爆发使苏拉特这个拥有150万人口的大城市登时失去生机，成千上万的人惊慌失措，逃离家园。这里的疫情引起印度政府乃至世界的广泛关注。
本世纪以来，随着对鼠疫研究的日渐深入，人们对黑死病的认识也日益明晰。人们已经意识到，黑鼠和白鼠都是黑死病的传播媒介，而鼠疫病患者中既有腺鼠疫患者，也有感染上肺鼠疫和鼠疫败血症等疫病的患者，而后者可在6天内死亡。总之，预防和彻底根绝鼠疫的发生仍是一件值得引起重视的大事，随着科学进步和医疗水平的不断提高，黑死病这个可怕而残酷的恶魔总有被我们击败征服的一天。
1520年墨西哥天花传染病：美洲的灾难
前不久专家们做出一个大胆的推测，可能在一两万年前地球上就有天花病毒。这个病毒来到人间以后，古代世界大约60％的人会受到它的威胁，1/4的感染者会死亡，一半以上的幸存者会留下麻面或失明，天花无疑是古代最令人恐怖的传染病之一。
15世纪起，天花即在欧洲社会流行。整个18世纪，欧洲死于天花的人数达1亿以上。在中世纪的欧洲，几乎每5个人就有一个带有天花留下的疤痕。法国国王路易十五、英国女王玛丽二世、德皇约瑟一世、俄皇彼得二世等，都是感染天花而致死的。
欧洲人到来之前，美洲有400万到500万的土著居民，其中大多数都在16世纪几十年间死去，有历史学家甚至称它为“人类史上最大的种族屠杀”。不过，夺去印第安人生命最直接的杀手不是欧洲人的枪炮，而是他们所带来的瘟疫。
16世纪初，西班牙殖民者把包括天花病毒在内的众多传染病带到了美洲。1520年，一个感染了天花的奴隶从古巴来到墨西哥，这成了美洲大陆土著居民噩梦的开始。
欧洲人原本已经经历了多次天花的浩劫，久而久之也从中找到了一些治疗传染病的方法。但是，美洲之前长期与欧亚非大陆隔离，印第安人与这些疾病也几乎完全隔绝在两个世界，所以美洲新大陆原住民对这些未遇到过的传染病，不具有任何免疫力和抵抗力，天花这个早已被欧洲人适应的疾病对印第安人来说却极具杀伤力。
科尔特斯之所以能够率领300名西班牙殖民者征服有2，500万人口的阿兹特克帝国（今墨西哥），靠的秘密武器就是天花。阿兹特克人俘虏的一名西班牙士兵不幸染上了天花，随后，天花如洪水般蔓延开来，10年内，阿兹台克人口减少到650万人，生存者也丧失了斗志，一个强大的帝国就此消亡。因此阿兹特克人等中美洲原住民虽然拥有欧洲人攻不破的城墙，但最终却被外来的瘟疫所攻破打败。
另一个强大的帝国印加帝国（现秘鲁及周边国家），也因为天花流行而被皮萨罗带领的180名西班牙殖民者轻而易举地征服。北美的殖民者给印加人送去天花患者用过的毯子，有意将天花传染给他们。在天花的肆虐下，几个原先有数百万人口的印第安部落减少到只剩数千人乃至完全灭绝。在与殖民者接触之前，美洲原住民大约有两三千万人，而到16世纪末，这个数字已锐减至160万。整个社会体系几乎处于崩溃状态，殖民者毫不费力就将广阔的美洲大陆和它丰富的资源占为己有。
实际上，欧洲传染病的蔓延速度比殖民者向美洲大陆的推进速度要快的多，那些从海岸居民口中得知欧洲人到来的印第安人，多半也同时被感染上了新的疾病。因此，当殖民者在16世纪20年代抵达智利时，天花早已充当了印加文明的侩子手。整个王室几乎都毁在了瘟疫手中，而新的王位之争又将整个国家一分为二，这才使得西班牙人有可乘之机。
伦敦大瘟疫
1665年，斯图亚特王朝复辟不到五年，英国首都伦敦爆发了一场特大瘟疫。染上此疫者先是脸颊、前额、手腕和喉咙出现点点黑斑，继之胳膊和腿脚红肿，最后伴随着痛苦的呻吟和喘息声，在绝望中死去。此疫传染性很强，发病率和死亡率很高，有一人染上，周围的所有人概莫能免。最初的几例病人出现后，立刻引起了伦敦人的极度恐慌，这不由使人们想起了200多年前的那场大瘟疫——黑死病。
在这场瘟疫中，有七万五千到十万人丧生，这个数字已经超过当时伦敦总人口的五分之一。这场瘟疫由人通过跳蚤感染了鼠疫耶尔森菌而引起，在历史上被认为是淋巴腺鼠疫引起的大面积黑死病。1665年的这场淋巴腺鼠疫是在英格兰最后一次大规模爆发的鼠疫。
瘟疫的来源有两种说法：一种是来自法国说，1665年4月，两个法国海员昏倒在伦敦西区特鲁里街与朗埃克路口，他们身上携带的病毒后来引起了大范围的传染；另一种是来自荷兰说，这种疾病自1599年起就在荷兰当地传播了。
伦敦的圣吉尔斯教区是瘟疫袭击的第一个地区。1664年底至1665年初的冬天，那里就已经有病例出现，但直到1665年开春，疾病才伴随着人口的大量增加和卫生条件的急剧恶化，迅速大规模地传播开来。
至1665年7月，瘟疫已经遍布伦敦城。恐慌的气氛荡漾在整座城市：当时的国王查尔斯二世以及他的家人都被迫离开了伦敦前往牛津郡，但市长和参事仍在坚守岗位。一部分神职人员、医生和药剂师也因此忙碌了整个夏天。满大街都是负责瘟疫的医生，虽然他们当中很多人都没有执照。
