麦克阿瑟决定攻打日军的后方。他让第32步兵师的两个团开赴新几内亚发动反击战。
9月16日夜，麦克阿瑟给柯廷打了保密电话。他向总理承认他非常担心。他说：“防守莫尔兹比港的澳大利亚地面部队在战术上的被动保守，严重威胁着附近的机场”，“如果阻止不住日军前进，“在新几内亚的同盟国部队将重蹈马来西亚的覆辙”。
正如每个澳大利亚人痛苦地意识到的那样，那年年初在马来西亚，澳大利亚一个整个师被一小股日军包围并俘虏。麦克阿瑟说形势很严重，他希望布莱梅立即来巴布亚并亲自控制局势。他没有明确指出，但暗示他希望布莱梅能让澳大利亚人投入战斗。
这是麦克阿瑟一生中的关键时刻之一。如果丢了莫尔兹比港，他的军旅生涯也将随之付诸东流。
麦克阿瑟早已认识到新几内亚是澳大利亚的屏障，其东南的莫尔兹比港则是新几内亚的战略要地和通向澳大利亚的跳板，因而增强了该地的防备。
1942年7月，日军两支部队约1.3万人先后在莫尔兹比港东北边的布纳登陆，向西攻占了科科达，8月进入欧文斯坦山向莫尔兹比港进发。中途受到盟军飞机袭击，加之补给缺乏，日军被迫停止前进。
麦克阿瑟率领澳大利亚军两个师和美军一个团，于11月2日收复了科科达。这次战役使日本意识到原来认为1943年才会开始的盟军的反攻这时已经开始了。
由于西南太平洋战场的胜负决定着整个太平洋战争的前途，日本决心加强在所罗门群岛和新几内亚的防御，并新设了三个军驻扎在这一带。但在12月中旬，麦克阿瑟指挥盟军攻陷了布纳，把日军压迫到了海边。
1943年1月，沿海日军被盟军消灭了1.2万人。与此同时，日军在瓜岛战役中也遭到惨败。
3月22日，日本制定了《陆海军中关于东南方面作战协定》，决定把主要战场放在新几内亚。日本联合舰队也向南太平洋进军，企图阻止盟军的反攻，并不断向美军占领的莫尔兹比港等处发动袭击，但日军最终未能攻占莫尔兹比港。
1943年美军在反攻路线上存在着两种不同意见。以麦克阿瑟为代表的陆军主张，应该沿着新几内亚向菲律宾发动反攻；海军却认为应沿着中部太平洋路线反攻。最后华盛顿决定采用“双叉冲击”的战略，从西南和中部太平洋两路同时发动反攻，使日军顾此失彼，无法相互援助，最后两路美军在菲律宾会师。
在西南太平洋战场的作战计划是，由海军上将哈尔西先率军占领所罗门群岛东南，建立进攻腊包尔的空军基地，然后逐步向北推进；麦克阿瑟则随后率军进攻新几内亚北岸的莱城，接着北上占领俾斯麦群岛中的新不列颠岛；最后陆海军联合围攻腊包尔。
在哈尔西行动成功后，麦克阿瑟于9月5日指挥澳军第九师在莱城以东登陆，次日又增加了澳军第七师和美军一个伞兵团，11日攻占了莱城南边的萨拉茅阿，15日又攻占了莱城西面的拉姆普。此时离日军在新几内亚的军事重镇马丹仅有50英里了。
1944年4月2日，麦克阿瑟指挥7000军队在莱城西北的赛多尔登陆，向马丹节节进逼，4月24日攻占了马丹。4月底他又向腊包尔北部的阿德米雷尔提群岛发动进攻，击溃了4000日军的抵抗，并将其全歼，5月占领了该群岛。
同时哈尔西的部队也于1944年3月攻克了腊包尔东南的布干维尔岛。这样，驻守在腊包尔的10万日军被盟军团团包围，陷入了孤立无援的境地。
1944年暮春，麦克阿瑟率领15个师的盟军对新几内亚及其以东群岛的日军发起了最后攻击，在进攻战术上，海军提出了从正面逐岛压迫敌人迫使其后退的“跳岛战术”。但麦克阿瑟却认为这种战术将造成惨重的伤亡，他主张采用一种伤亡更少的战术，即所谓“蛙跳战术”或“越岛战术”。
具体就是向敌人防守坚固的主要据点的外围作跳跃式进攻，不正面攻击这些据点，而是迂回到敌人背后，将他们分割包围，用空军和海军切断敌人的补给来源，将他们困死。不等据点里的敌人被歼灭，其余部队又越过该地，再包围前面的敌军据点。对腊包尔的日军就采取了这种战术。
麦克阿瑟的这种战术很奏效，使盟军在伤亡较少的情况下得以控制更多的地区。他于这年4月派澳军从马丹沿海向西推进，另一方面下令盟军主力进攻马丹西边的军事重镇荷兰地亚。
4月22日5万美军在荷兰地亚及其东边的文塔佩登陆，很快突破日军防线，迅速包围了艾塔佩东边的威瓦克，使日军第18军军部和3个师团被围困在威瓦克，处于孤立无援、坐以待毙的境地。
未等威瓦克的日军被歼灭，5月中旬麦克阿瑟又指挥美军向西推进120英里，跳跃到托埃姆，渡过海峡占领了韦克德岛。
5月下旬又指挥部队跳跃到荷兰地亚以西350英里的比阿克岛，遭到日军顽强阻击，一直激战到8月美军才取得胜利。
比阿克岛的战斗尚未结束时，麦克阿瑟又于7月6日指挥美军跳跃到了诺埃姆富岛，迫使新几内亚的日军撤到了最西端的鸟头半岛。但麦克阿瑟又指挥美军一个师迂回到了鸟头半岛西北的桑萨波角登陆，切断了日军退路，打通了向菲律宾跳跃前进的道路。
1944年7月，美军经过激战，攻占了日军控制的马里亚纳群岛。美国下一步的进攻目标应指向哪里？早在这年春天海军和陆军便就这个问题产生了分歧。
以尼米兹为首的海军主张绕过菲律宾，直接进攻台湾或硫磺列岛、冲绳岛等地。这一主张受到麦克阿瑟为首的陆军的反对，这位陆军上将认为，首先，菲律宾是日本缩小防御区域后的防守重点，日本一旦失去菲律宾，就不能从海上得到荷属东印度的石油供应而无法继续进行战争；其次，如果美军放弃菲律宾而进攻台湾是极为冒险的，有可能受到日军的两面夹击；第三，攻克菲律宾后可以直接进攻日本冲绳；第四点更重要，从政治上考虑，美军应该去解救受日本人奴役的1700万菲律宾人民，这是美国义不容辞的责任。
麦克阿瑟对两年前的巴丹战败仍耿耿于怀，复仇之心十分迫切。因此他在与尼米兹讨论这个问题，当尼米兹说到参谋长联席会议倾向于海军的主张时，麦克阿瑟大发雷霆，说菲律宾是被美国人遗弃了的，如果不能解放菲律宾人，就会给美国的荣誉抹黑。在1944年7月27日，罗斯福总统将这两位骁将请到了夏威夷，由自己的参谋长、海军五星上将莱希和哈尔西上将作陪，一道共进晚餐。大家心平气和地讨论了太平洋战争的局势，两位意见分歧的将军指着墙上的地图，向总统兼三军总司令罗斯福详细阐述了自己的主张。罗斯福尽力使双方的分歧缩小，最终按照麦克阿瑟的意见制定了作战计划，把下一个进攻目标定为菲律宾，尼米兹保证向陆军提供有力的支援。
为了完成沿新几内亚海岸挺进的行动，麦克阿瑟必须控制这个巨大岛屿西端的杰尔芬克湾和福克尔科帕半岛的主要地形。比亚克岛以西50英里的诺埃莫福尔岛上有3个日军机场。空军指挥官肯尼建议，如果飞机从诺埃莫福尔起飞，就可对福克尔科帕半岛实施大规模空袭，继而控制杰尔芬克湾。
麦克阿瑟决定在打赢比亚克岛战役后利用空降与两栖联合突击攻占诺埃莫福尔。7月2日，第158步兵团在诺埃莫福尔登陆，来到距离其中一个机场只有100码的地方。第二天上午，第503伞降步兵团的一个营被空投到机场增援进攻部队。独立日那天又空投了第二个营。
诺埃莫福尔的2000日本守军撤回到该岛中心的高地上。他们顽强战斗，但最终还是被歼灭了。美军伤亡400人。日军只有极少数人幸存下来。
夺取诺埃莫福尔后，7月30日，麦克阿瑟突袭了福克尔科帕半岛上的一个名叫桑萨波的渔村。第6步兵师大举登陆，其中还包括几千名修机场的陆军工兵。桑萨波附近几乎没有日军。入侵部队两周后发起攻击，他们几乎不费吹灰之力就击退了无心恋战的日军。
现在麦克阿瑟控制了长1300英里的整个新几内亚岛。他在夏威夷期间，“厄尔特拉”情报显示，日军为阻止麦克阿瑟从新几内亚岛向菲律宾的前进，正在构建一个三角防御区。
这个三角防御区以哈马赫拉岛、棉兰老岛东部的帕劳群岛和棉兰老岛为依托。8万日军地面部队和拥有500架飞机的3个航空军驻守在这个三角防御区内。将近半数的日军部队驻在哈马赫拉岛。敌人似乎已经了解麦克阿瑟的企图。
麦克阿瑟决定离开总司令部几天，参加第31师进攻哈马赫拉岛的战斗。9月10日，达斯蒂·罗兹开飞机把他从莫尔兹比港带到霍兰迪亚。两天后，麦克阿瑟登上“纳什维尔”号，这艘巡洋舰加入了沿新几内亚海岸向西北行进的护航运输舰队。9月15日破晓时分，“纳什维尔”号和其他战斗舰艇驶入哈马赫拉湾，炮击敌人的海岸防线。面对此番猛烈炮击，日军低下了头，但是大自然却做出了反应：甘科诺拉火山爆发。一时火光冲天、浓烟四起。当入侵舰队向东北方向转弯朝莫罗太岛驶去时，整个舰队被铺天盖地的巨大尘云笼罩了。
上午8时，第31师的第一波次登陆。登陆艇在离岸200—300码的长长的河口沙洲处停了下来。战士们沉着地下船，涉水上岸，把他们的M一1半自动步枪举过头顶，这时，肯尼的C-47运输机在他们上空飞过，向附近的海岸和丛林喷洒大量的滴滴涕。因为热带的斑疹伤寒比日军更危险。
10时15分，埃格伯格、莱尔巴斯和麦克阿瑟来到岸上。尽管实际上不远处有3个渔村，并且麻风病在几英里的范围内肆虐，但没有任何明显迹象表明该岛曾被人占领过。麦克阿瑟在岛上逗留了3个小时后回到“纳什维尔”号巡洋舰上。
当这艘巡洋舰返回霍兰迪亚时，无线电通信一直处于静默状态。船上可以接收信息，但是到本次军事行动结束前不能发出任何信号，以免让敌人知道这艘舰在战场上及其所处的位置。
美国及盟国参谋长联席会议在魁北克召开会议，9月15日晚，尼米兹向参谋长们通报了几小时前从哈尔西那里得来的一条消息。哈尔西的一支快速航空母舰特混舰队最近在空袭莱特岛上的目标时，实际上并没有遭到日军飞机的任何抵抗。一名跳伞的飞行员在莱特岛上躲了一天后也获救了。这名飞行员报告说，曾帮助过他的菲律宾人说这个岛“一攻就破”。哈尔西请尼米兹批准化集结一支登陆部队，发起突然进攻，攻占莱特。
这些材料也被送到了“纳什维尔”号巡洋舰上。当麦克阿瑟看到这些材料时，他的眼前像过电影般闪现出了一幅幅画面：军事史上的一次最大胆的袭击，一场可与坎尼之战和滑铁卢之战比美的伟大战役，一个即便是科西嘉天才（拿破仑一世的绰号——译者注）也要品味品味的绝妙战略行动。用金凯德的第7舰队和尼米兹提供的其他进攻登陆舰艇等可用的海上运输力量，他就能把6个师的部队全部送上岸。但为什么要把6个师全都送到莱特岛的海岸上呢？那是最稳妥也最平淡无奇的做法。一个伟大的指挥官是可以做到一箭双雕的，他要同时攻打莱特岛和吕宋岛。他的部队要组成锤子和铁砧般的阵式：4个师的兵力从林加延湾登陆，2个师在莱特岛上岸，那么在菲律宾的42.5万名日军就会像坚果一样被麦克阿瑟的军队捶烂！
麦克阿瑟给马歇尔发去了一封电文，阐述了以上观点。如果参谋长联席会议同意了这项卓越而大胆的计划，就能一劳永逸地解决关于吕宋岛的激烈争论。
9月17日，上午9时，“纳什维尔”号在霍兰迪亚靠岸时，麦克阿瑟兴高采烈地走下船。就他所知，总司令部成员们正在讨论他的那项同时攻打吕宋岛和莱特岛的计划。这趟旅行使他精神振奋，他觉得似乎可以把握命运了。
马歇尔是否要作出修改还不清楚，但在麦克阿瑟回到新几内亚几天后，马歇尔派作战处处长约翰·赫尔少将前往澳大利亚。赫尔希望更多了解有关麦克阿瑟解放菲律宾的计划。麦克阿瑟告诉赫尔应该绕过的是台湾，而不是吕宋。位于吕宋的空军和海军部队可以轻而易举地孤立台湾。没有必要攻占它。另一方面，他奚落了金提出的通过实行海军封锁削弱菲律宾的日本兵力的建议，麦克阿瑟认为，如果这种封锁能伤害谁的话，那伤害的也只能是菲律宾人，而不是日本人、他自己的目标则是切实可行的：在吕宋登陆30天后解放马尼拉。这是一个清晰而明确的誓言。
10月5日。麦克阿瑟终于获得了他自1942年春一直苦苦企求的那句话：他可以攻打吕宋。10月14日，他飞回莫尔兹比港，次日上午动身前往霍兰迪亚和莱特岛。
到1944年夏季之前，麦克阿瑟的每一步重大行动都是对空中力量的一次肯定。他已学会像其他地面指挥官一样合理利用空中兵力，他既了解航空兵的灵活性，也了解其脆弱性。他知道飞行员能做什么，不能做什么。他知道根据天气状况、飞机的种类和数量搭配、地面部队的紧急需求、空中战役的总体需求和敌军的行动，空战每日是怎么变化的。
莱特岛长115英里，北部和南部宽40英里，但中部只有15英里，很适合麦克阿瑟的部队登陆。那里的机场可停放肯尼的在林加延湾海岸线内飞行的战斗机，这些飞机将为吕宋的两栖进攻提供掩护。但是当肯尼仔细研究将在1944年夏投入使用的这4个机场时，他才发现他们在岛上的位置不利。这几个机场都位于莱特湾或莱特湾附近，而且靠东面，这是整个岛上天气最恶劣的地方，而进攻的时间正处于雨季。机场所在的地点又排水不畅。当初在那里建造机场出于商业考虑，它们足以容纳往返于当地首府塔克洛班的轻型飞机。它们或许能承受日本战斗机和其它比肯尼的P—38和P—47稍小的飞机的起降。如果不重建这些机场，它们是绝对不能停放他的轰炸机的。
