畏兀儿最初归元朝政府管辖，后来被并入察合台汗国。窝阔台封地，是原乃蛮部故地，包括哈剌鲁的一部分，如海押立（今哈萨克斯坦巴尔喀什湖东卡帕尔城附近）。即从叶密立（今新疆额敏县）迤北，包括今喀拉额尔齐斯河和阿尔泰山一部分地区。以上诸王封地在蒙古高原西部，故后人称之为“西道诸王”。
幼子拖雷继承父业，据有蒙古高原的中心地区，即三河之源为中心的漠北广大地区，南面后来扩大到漠南及内地，北面到乞儿吉思、谦河（今叶尼塞河上游）地区。
西征前，成吉思汗给诸弟分封游牧地：合撒儿封地，在蒙古的东北部也里古纳河两岸，南至阔连海子（今内蒙古呼伦湖）和海剌儿河（今内蒙古呼伦贝尔市境内海拉尔河）之境，东南与铁木哥斡赤斤的封地相连。铁木哥斡赤斤封地，在蒙古的最东北，北面包括今呼伦贝尔市大兴安岭东西之地，与合撒儿封地相接，向东扩展到嫩江、松花江一带，几乎控制了今东北地区的一半。合赤温（早夭，由其子按赤台受封）封地，在合撒儿封地之南，金边墙之外的兀鲁灰河和合兰真沙陀之境。南至胡卢忽儿河（在今内蒙古西乌珠穆沁旗境内），南与弘吉剌部相邻，东至哈剌温山。别里古台封地，在斡难河、怯绿连河中游，西面邻近成吉思汗的大斡耳朵，南面与按赤台为邻。以上四家的封地都在东面，成为四个“兀鲁思”，后人称之为“东道诸王”，诸王子孙世袭继承，都称汗，有相对的独立性。
除成吉思汗家族以外，还有许多贵戚、勋臣获得赏赐，拥有分地、分民，使其领有本部的军队和百姓，自己任命千户长。他们或统治原有的地盘，如汪古、斡亦剌等部，或由大汗另赐地盘，如弘吉剌部原驻地在今内蒙古呼伦贝尔一带，后分封在今西拉木伦河上游及达里诺尔一带；亦乞列思部分封在西辽河中游南北；巴阿邻部分封在额尔齐斯河一带。他们在分地内自己设置官吏，大汗不干预，形成了半独立性的藩部。
成吉思汗的亲信那可儿们也受到赏赐，如木华黎、博尔术、博尔忽、赤老温、忽必来、者勒蔑、者别、速不台、畏答儿、术赤台，合称十投下。他们也拥有分地、分民。无论贵戚和勋臣，他们的领地、属民直属大汗，大汗有赐与或剥夺的权力。但是，无论诸王、贵戚和勋臣的封地一般不予剥夺，如本人犯罪，则由受封人的亲族接管。
此外，还有一些曾救过成吉思汗或其子孙生命的功臣被封为达尔汉，如锁儿罕失剌、博尔术、巴歹、乞失里黑等人，享受一些特权和待遇。
成吉思汗之后的蒙古汗也都保持了这一传统。窝阔台汗时期，在和林（蒙古人民共和国前杭爱省哈尔和林）建都，使之成为大蒙古国的统治中心，而将自己的封地交给了长子贵由。同时，利用大汗的权力，从拖雷所辖的属民中拨出逊都思、雪你惕等三千户给次子阔端，令其驻牧西凉，全权负责对川、陕、甘、宁、青、藏的攻略征伐，由此，又形成了以西凉府（今甘肃武威）为中心的阔端的兀鲁思。
蒙哥汗时期，诸王封地再一次发生变化。因为蒙哥即位，遭到窝阔台子孙的抵制最大。蒙哥在处罚武装夺权的窝阔台子孙后，对窝阔台兀鲁思也进行了调整。他将窝阔台第六子合丹安排在别失八里（今新疆吉木萨尔破城子），七子蔑里安置于也儿的石河，孙海都（第五子合失之子）居海押立，脱脱（第四子哈刺察儿之子）居叶密立，阔端子蒙哥都的领地也奉命西移。上述窝阔台后王各自分到原兀鲁思的数量不等的军队和属民，原兀鲁思的其余各千户和贵由继承的窝阔台兀鲁思则被剥夺或分割了。只有阔端因与蒙哥、忽必烈关系较好，得以保留其西凉府一带的领地，但随着忽必烈在京兆一带封地的扩大，阔端领地的范围也逐渐缩小了。
总之，分封制是蒙古帝国的一个重要制度，让蒙古帝国实现了父权家长式的统治。
分封制与封建政治有着无可分割的内在联系。它是统治者力图解决封建社会结构的内在矛盾，加强封建统治，以期“子孙长久，社稷永固”的一种主观愿望的尝试。应该说，分封制对于蒙古帝国的统治起到了一定的积极作用。
通过分封制，蒙古帝国加强了对地方的统治。通过分封，蒙古帝国使自己统治地区形成了“蒙古大汗—领主—万户—千户”的等级序列。蒙古汗确立了天下共主地位，统治效果得到加强。另外，分封制扩大了蒙古统治区域，并逐步构织出遍布全国的交通网络，形成对蒙古王室众星捧月般的政治格局。
分封制，在一定程度上也会促进封地的经济发展。分封诸王，往往会给予种种经济特权，这无疑可以刺激各领主以国为家发展生产的积极性，以致出现了各封国的经济繁荣。
通过分封制，蒙古帝国也密切了同周边各少数民族的关系，推动了自身的技术和文化发展。在蒙古征讨四方的时候，波斯地区的宗教、文化对蒙古产生了重要影响。如伊斯兰教不仅成为伊利汗国的国教，而且信奉伊斯兰教的阿拉伯人、波斯人和突厥人大批来到中国，散处各地。受他们影响，有一些汉人和蒙古人开始信奉伊斯兰教。而波斯地区的回回炮技术，也成为蒙古军队重要攻城利器。
不过，分封制作为封建制度的一个组成部分，同封建制度一样，有着不可克服的弊症。在分封制的初期，开国皇帝以其长辈的身份，创业的才干，以及威望和影响，是可以控制诸王，使其“谨守藩国之礼，不作非为”，遏制分封本身潜在的威胁。因而能起到加强对地方统治的效果。然而，一旦继位后的皇帝威望不再，那么藩王与皇帝之间的矛盾便不可避免。这样，也就容易导致分裂割据势力。
事实也证明，随着统治范围的扩大，分封在更大的范围内以不同的方式继续进行着。同时，由于各分封领地统治者对大汉效忠程度的不同，甚至有的领主与大汉之间发生了武装对抗，各封地也随之发生了变化。其总的发展趋势是西道诸王逐渐脱离元朝中央的控制，发展成与元庭保持松散隶属关系的独立政权。于此相反的则是元朝中央加强了对东道诸王的控制和限制。就个别宗室成员而言，则是与大汗亲缘关系密切和效忠于大汗者，得到了较多的实际利益；发动武装叛乱者，被平定后，其权力也相应被剥夺。
另外，一个国家维持大一统的局面，并非靠制度，而是靠的经济文化上的同一性。蒙古作为一个经济文化都非常落后的民族，建立庞大的蒙古汗国后，其分布在各处的地方机构不但不能以自己的民族文化融合当地人民，反而为当地文化所同化，比如中亚各汗国伊斯兰化，元朝则汉藏化，经济上也同样融入各地原有经济体系。因为蒙古没有自己的强有力的经济文化体系，随着征服日久，蒙古帝国各领地的经济文化分化越严重，政治上独立和分离的力量也就越强。因此，蒙古帝国各领地进一步分裂，这是不可避免的。
最后，封建自然经济的分割性与不平衡性，也是分封制分裂割据势力的客观基础。历史唯物主义一向认为：每一时代的社会经济结构，形成现实基础，而每一历史时期由法律、政治、宗教、哲学等构成的全部上层建筑，归根到底都是由这个基础来说明的。就蒙古帝国的经济而言，各领地太多是畜牧经济，而忽必烈继位后，禁止破坏耕地，保护农耕。导致地区之间经济差异很大，孕育着分裂的因素。
因此，在某种程度上说，分封制削弱了中央对地方的管辖权，地方分别自治，各自为政，使庞大的蒙古帝国成为一团散沙，日益堕落，最终被各个击破。
宣政院
宣政院是元朝在中央政府中设置的掌管全国佛教事务以及藏族地区军民之政的特殊机构。宣政院设立的经过是这样的：
1260年，忽必烈即位后，十分注意保持和发展蒙古民族的语言和文化。当年即封吐蕃萨迦的八思巴为国师，授玉印，命其统领天下释教。这与蒙哥汗即位时封授僧人海云相同，基本上还是从八思巴的宗教地位着眼的。
1264年，忽必烈派八思巴兄弟回西藏主持建立西藏行政体制，除赐给八思巴珍珠诏书外，考虑到藏族地区“地广而险远，民犷而好斗”以及普遍信仰藏传佛教、各教派势力林立、互不统属的特点，同时八思巴又要以佛教领袖的身份行使一部分行政权力，因此忽必烈决定在中央政府中设立一个将管辖佛教和藏族地区事务结合起来的特别机构，这就是总制院。
这一时期总制院的职责偏重于佛教事务，兼治吐蕃事务是因为国师掌管藏族地区事务的缘故。1270年，忽必烈封八思巴为帝师，又在中央设置一个掌奏帝师所统僧人和吐蕃军民事务的办事机构都功德使司，突出了总制院的行政职能。都功德使司后来经过几次裁并，但始终与宣政院密切相关。
1276年，八思巴回到萨迦后，与第二任萨迦本钦贡噶桑布不和，总制院使桑哥奉命率军进藏查办，在八思巴派人协助下，攻下贡噶桑布据守的甲若宗，处死贡噶桑布。桑哥还改变西藏驿站的供应办法，留下部分蒙古军队在西藏各地驻守。
桑哥回军之时，适逢忽必烈派都实勘查黄河源后，任命都实为吐蕃等处都元帅，佩金虎符，准备在黄河河源建城造船，立互市，使物贡能由水道到达大都。桑哥知道忽必烈的计划不可行，竭力阻止，使忽必烈放弃了这一不顾当地自然条件的工程计划。
1287年2月，忽必烈为克服财政困难，设立尚书省，任命桑哥为平章政事，检核中书省，打击反对改革钞法的中书省官员。当年10月，忽必烈提升桑哥为“尚书省右丞相，兼总制院使，领功德使司事，进阶金紫光禄大夫”，成为职权最高的宰相。
次年，忽必烈下令改释教总制院为宣政院，以尚书右丞相桑哥兼宣政使，以加强八思巴、达玛巴拉相继去世后中央政府对藏族地区的管理。以上就是宣政院的由来。
宣政院在藏族地区的职责，主要有以下几个方面：
1.荐举官员。元朝在藏族地区设置的各级机构的高级官员，由帝师或宣政院荐举，上奏皇帝批准，授与金牌、银牌、印章、宣敕。从藏、汉文史料看，藏族世袭贵族和佛教僧人任职的，多由帝师举荐，宣慰使、都元帅、达鲁花赤等官职，多由宣政院举荐，从地域上看，乌思藏地区的高级官员多由帝师举荐，朵甘思和朵思麻地区的高级官员多由宣政院举荐。
2.负责管理驿站。元代由于实现了大统一，驿站制度在前代的基础上得到了很大的发展，全国共有驿站约一千五百处。中央行政机构中分管驿站的，初为中书省兵部，1276年设立通政院专掌驿站。元朝在藏族地区设置了驿站，但藏族地区的驿站事务不归通政院和兵部管理，而属宣政院管理。为了加强对西藏地区的管理，元朝陆续在藏区设立了31个驿站，驿站负责传送公文，支应过往官员食宿、马匹等。
3.审理藏族地区重大案件。元代始终没有编成形式完备的法典，忽必烈时期颁行过《至元新格》，但内容过于单薄，执法时多参照元英宗时颁定的汇集蒙古汗国以来历朝颁发的各方面法律文书的《大元通制》一书。在蒙古本部，施用于蒙古人的叫蒙古法，大体上是由从部落时代沿用下来的若干习惯法及从成吉思汗起陆续颁发的札撒构成的。元代司法由各地方官负责，中央设御史台，江南、陕西设行御史台，其下又分设二十多道肃政廉访司，廉访使每年分道巡视，纠察百官非违，政治得失，照刷案牍文卷，复案已结案件。藏族地区实行蒙古法，但藏族地区没有设御史台和廉访司，但是由宣政院派员进藏清查，审理万户之间的纠纷，复核案件，相当于宣政院执行御史台和廉访司的部分职责。
4.负责藏族地区的军事行动。从蒙古统一藏族地区到元朝灭亡的一百多年中，由于各地方势力的冲突以及一些部落反抗元朝统治的斗争，元朝多次在藏族地区进行军事征伐行动。元朝在西北六盘山到河西走廊驻有重兵，大约是因为这一地区位置适中，气候条件适宜蒙古骑兵居住，一些蒙古军队由忽必烈之子奥鲁赤等蒙古宗王统率，属于宗王出镇性质，其镇摄范围包括甘肃、青海、云南、四川以及广大藏族地区。藏族地区有军事行动，由宣政院和枢密院（管军队）会奏，调动西北蒙古镇戍军及藏族土兵出征，而宣政院官员往往要负责和参与这些征伐。
5.负责佛教事务。在佛教事务方面，宣政院主要是掌管京城和汉地佛教寺院的事务，对于藏族地区宣政院主要是配合帝师，负责迎请和接送朝廷迎请的僧人。例如迎请帝师到京，护送帝师回萨迦受戒、护送帝师的遗骸回藏等。
