1204年，成吉思汗在出征乃蛮部之前，根据金朝万户、猛安、谋克、五十夫长等制度，编设千户制度，即位之后，在其征服的所有蒙古部落中普遍推行千户制。除一些发展水平较低的林木中百姓之外，把全部蒙古国的百姓划分为95个千户，任命那些与成吉思汗一起建国的贵族、功臣为千户长，使他们世袭管领本千户百姓。千户下设百户、十户，设百户长、十户长管辖。
通过编组千户，全部蒙古百姓都被纳入严密的组织之中，所有民户都在所管千户内生活和供役，在指定的范围内居住和游牧，由大汗委任千户各级官吏，任何人不得擅离所属的那颜和千户、百户、十户，违者严惩。国家以千户为单位征收赋税和摊派兵役，蒙古国家内除了因战功封为“达尔汉”（自由自在之意）的人外，无论贫富贵贱都要承担赋役。凡15岁至70岁的男子均服兵役，随时待命，自备马匹、兵器、口粮，由所管千户长率领出征。
千户、百户长是新生的封建主阶层，他们是大汗委任的军政官员，也是大汗的封臣，对大汗和所属主人有封建义务，如向大汗或诸王交纳赋税，带自己千户的士兵服兵役，按大汗的旨令出征作战，战利品上交大汗，如不称职，由大汗治罪，剥夺其管领百姓的权力。千、百户长多世袭担任，千户长在所管范围内，掌握着分配牧场、征收赋税、差派徭役和统领军队等权力，高级一些的千户长，还可以参与选举大汗和商议国策的忽里台。这些千户官员们通过大汗的赏赐和掠夺都占有大量财产和家庭奴隶，他们是成吉思汗家族统治蒙古人民的支柱。
编制千户后，成吉思汗又封了三个万户长作为军事统帅。命木华黎为左翼万户长，管辖从蒙古国中心向东直到哈剌温山方面的诸千户；博尔术为右翼万户长，管辖从蒙古国中心西至阿勒台山的诸千户；纳牙阿为中军万户长，管理漠北中心地区的各千户。万户长本人也是一个千户之长。此外，又任命两个万户镇守西北地区，封豁儿赤为八邻万户之长，其地在阿勒台山北，镇守也儿的石河一带的林木中百姓。
封忽难为万户长，管领成吉思汗长子术赤所属“林木中百姓”，约在今叶尼塞河上游一带。
不论万户、千户、还是百户，都是成吉思汗“黄金家族”的臣民。
成吉思汗将各千户包括管辖千户的各级那颜（官人），都作为家产分赐给自己的母亲、诸子、诸弟。据《元朝秘史》记载，成吉思汗母亲诃额伦和季弟铁木哥斡赤斤共得“忽必”（份子）1万户，二弟合撒尔4000户，三弟合赤温子阿勒赤歹2000户，异母弟别勒古台1500户，长子术赤9000户，次子察合台8000户，三子窝阔台5000户，幼子拖雷5000户。各级那颜为受命管理百姓的地方军政长官，他们必须绝对服从大汗和大汗的宗亲。如发现有渎职或背逆行为，大汗及其宗亲有权随时加以撤换或惩处。
那颜阶级既是成吉思汗及其家族统治人民的重要支柱，同时也是高居于广大牧民之上的领主。根据规定，万户和千户那颜在其管辖范围内，不仅享有世袭封地权利，还拥有分配牧场，征收赋税，差派谣役，统领军队的权力。建有特殊功勋、被授予“达尔汉”称号的那颜，享有免除赋税、独有战利品、不受法律约束和制裁、九次犯罪不受罚、有自由放牧等权利。
千户制的建立，是成吉思汗在军政制度方面的重大改革。它不仅彻底清除了氏族贵族赖以复辟的土壤，改变了以往氏族、部落联盟自由结合的分散状态，促进了经济的相互渗透和吸收，还把各级那颜和广大百姓固定于特定的地域内，从而形成层层的隶属关系，巩固了大汗及其“黄金家族”对国家的统治。
千户制，在行政上主要改变了以往氏族、部落联盟自由结合的分散状态，同时也形成了高度集中的军事组织形式。其主要表现在下面三个方面：
首先，通过千户编组，建立了一支强大的武装力量。成吉思汗推行千户制以后，军队便严格按千户形式进行动员和组织。国家依据千户签派军队。成吉思汗规定，蒙古男子凡15岁以上，70岁以下，都要作为士兵服兵役，随时根据命令，自备马匹、兵器、粮草，由本管那颜率领出征。这些被签为兵的人既是牧民，同时又是战士，成吉思汗通过千户制，把随时能够动员投入战斗的蒙古族成年男子按十进制编制在十户、百户、千户中，组成了一支以草原各部蒙古人为主体的庞大的蒙古军队。据《金册》、《史集》记载，成吉思汗实行千户编组后，能够动员的蒙古士兵已相当可观。军队“总计十二万九千人”。
其中属于成吉思汗统率的中军（怯薛军）和左、右两翼军“为十万一千人”。其余则分给了成吉思汗的子侄、诸弟及母亲。
到窝阔台汗时期，原来编制比较混乱的汉军也逐步按千户制统一起来，编组成万户和千户。其万户人数多者达五六万，少者也有二三万。蒙古国后期，按照千户编组的汉军总数已在30万人左右，大大超过了蒙古军。
其次，通过千户编组，确立了自上而下的军事领导指挥系统。千户作为基本军事单位，“自十而百，百而千，千而万，各有其长。”
蒙古大汗亲征，宗王、万户长，千户长等听从大汗的直接指挥。若分军行动，则由大汗指定一名蒙古宗王或万户长、千户长作为军队的最高指挥官。受命指挥军队作战的人，有权节制其他参战军官。对被蒙古征服和招降的汉军武装，成吉思汗授命由左翼蒙古军万户长统管，实际上听命于东道蒙古宗王（成吉思汗诸弟）。
窝阔台汗即位后，汉军万户长、千户长、百户长和十夫长，由汉军将领充任。汉军万户之上，还设立统军都元帅。都元帅作为地区最高军事指挥官，其任免由蒙古大汗决定。平时都元帅要经常向大汗报告前线军情和军队分布情况。蒙古大军出征，都元帅要率军参战并接受大汗指定的蒙古宗王、万户长、千户长等前线指挥官的调遣。
第三，通过千户编组，强化了军事纪律。千户制把蒙古士兵纳入严密的军事组织之内，受到各级那颜的严格管束。同时，成吉思汗还制定了一系列被称为“札撒”的军事法规，以制约士兵行动，维护军队秩序。其具体规定主要有：“任何人不得离开其所属之千户、百户或十户另投别一单位，亦不得避匿他处。如违此令，擅离者于队前处以极刑，接受其人者，亦严厉惩处之”。每个万户、千户、百户都应随时作好准备，一旦命令下达，必须立刻出征。在作战时，如果一甲中有人逃跑，同甲的其他人将判死刑；如果一甲中有人奋勇前进，其他人不跟进，也要处死；如果一甲中有人被俘、其他人不去救援，这些人亦将被处死。作战时不听从命令者，“虽贵必诛”。这些规定对加强蒙古军队的集中统一，提高战斗力起到了有力的保证作用。
千户制既是军事单位，又是基层社会组织，是成吉思汗在军政制度方面的重大改革，对于巩固蒙古的统治具有重大意义。
怯薛制
1204年，成思吉汗设立了怯薛，封了六个“扯儿必”之官统领，有八十宿卫、七十散班。1206年，成吉思汗成为蒙古国最高君主后，原来的怯薛建制已不能适应其崇高的地位，为了确保大汗的权力，在原基础上扩建了一支更强大的常备军，由大汗直接控制。成吉思汗把怯薛扩充为1万名，包括1000名宿卫、1000名箭筒士、8000名散班。选万户长、千户长、百户长、十户长等那颜及白身人子弟中有技能和身体健壮者充任。各级那颜都有义务派子弟一人来充当护卫，在大汗面前效力，不许躲避或以他人代替。
充当护卫的人往往都带着自己的兄弟和那可儿来服役，因此规定：
千户子弟可带弟一人，那可儿十人；百户之子可带弟一人，那可儿五人；十户那颜子及白身人之子，可带弟一人，那可儿三人；所需马匹、器仗等物由自己携带，或由所属千户供给，充当护卫是各级那颜和白身人对大汗承担的一种特殊兵役。
怯薛的主要职责是保卫大汗的金帐和分管汗廷的各种事务，又是大汗直接控制的常备军。护卫制度规定：怯薛分为四队，每队内有宿卫士值夜班，有箭筒士和散班值日班，四队轮番入值，每番三昼夜，因此总称四怯薛。怯薛就是番值保卫的意思。“怯薛歹”，意为护卫士，复数为“怯薛丹”。群臣奏事都要经怯薛通报方可入金帐，并有值班的怯薛歹陪同。
成吉思汗令最亲信的那可儿博尔忽、博尔术、木华黎、赤老温四家世袭担任四怯薛之长，称作四杰。怯薛长是大汗的亲信内臣，元代称其子孙有“大根脚”，即出身显贵，放外任，可做一品大官。诸怯薛之职分在成吉思汗时见诸史籍的有：火儿赤（佩弓矢环卫者）、云都赤（带刀环卫者）、宝儿赤（厨子）、阔端赤（掌从马者）、火你赤（牧羊者）等。
怯薛的骨干是贵族子弟，享受种种优待。成吉思汗规定护卫之士的地位在外地千户那颜之上，如果怯薛歹与千户那颜发生争执，罪在千户那颜。怯薛歹作为大汗的近侍，经常受大汗派遣处理各种政务，担负着中央行政长官的职能，在蒙古国的政务中发挥着巨大作用。元代，怯薛成为出仕的主要途径。
怯薛作为蒙古国的常备军，对内镇压人民反抗，制约和威摄诸王、那颜，对外是蒙古贵族侵略扩张的有力工具，在维护汗权、处理国家政务、巩固国家统一方面都起着重要作用。
忽必烈即位后，怯薛制的行政职能，已由依仿汉制所建立的中书省官僚机构所取代。军事护卫也由逐步扩大的诸侍卫亲军来担承。怯薛在军事上的作用，已只是轮番宿直禁廷，而极少直接使用于征战。
因此，元以后的怯薛组织，已经从一个近侍军事组织，演变成给侍内廷的上层人物的特权集团。
首先从怯薛人员的出身来说，元朝后的怯薛人员太多是来自蒙古贵族的子弟和官员的子弟。在元代，臣属将自己的年轻子弟奉献给皇帝或诸王作为怯薛是一种荣誉的义务，同时也是登仕的捷径。怯薛的地位是颇高的，因此，元朝的怯薛人员，绝大部分是贵族阀阅与高官世家的子弟。如1273年，西北诸王亦奉诏各遣贵族子弟来备宿卫。
如唐古人阿波古，曾事察合台兀鲁思的统治者阿鲁忽，其子亦力撒合被遣来大都，充任速古儿赤（掌内府尚供衣服者）。世袭担任的。
另外，从怯薛人员的权力来说，怯薛作为皇帝的近侍，不单能通过生活的接近而于皇帝以有力的影响，而且是作为皇帝个人的代言人，直接干预国家大政。而怯薛之家世代相传，更是衍生成一个庞大的特权集团。忽必烈后期，近侍乱政的现象已经出现，他们不通过中书，口传圣旨以任命官职、赐予财物、释放罪囚等。忽必烈以后，近侍乱政的现象更日形严重。怯薛人员时常越过中书省选任官吏，从1297年至1308年的十三四年内，不经中书而由近侍直接颁发的玺书达六千三百余道。此外，怯薛还利用权势，影占人户，霸占田土，欺害人民，成为元朝靡费财政、浊乱朝政的毒瘤历史上很多朝代都有阉宦为祸，元朝宫廷中宦官的这份职务，则多由怯薛承担。但怯薛人员在身份上远高于宦者，活动也不局限在宫中，有的人还正式挂有外廷显赫的职务。因此，他们在当时朝廷上的活动量与影响力，比起历朝的宦官来要大得多，成为当时特权集团。
分封制
蒙古人有这么一个习俗，儿子们可以从他们父母的遗产中分到一定的份额，蒙古语称为“忽必”。忽必包括分民、分地，即属民和牧场。
成吉思汗继承了这一传统。
在成吉思汗建国不久，成吉思汗分封诸弟，接着分封诸子。在成吉思汗和“黄金家族”看来，整个蒙古国的土地和人民都是其共同的家产，因此，按照蒙古人分家产的习惯每人分得一份家产，只有嫡亲子弟才能获得。成吉思汗异母弟别里古台因追随成吉思汗立有大功，因而也得到了忽必。据《元朝秘史》记载，成吉思汗母亲诃额伦与幼弟铁木哥斡赤斤分得10000户；合撒儿4000户，后被夺去大部分，余1400户；按赤台（合赤温子）2000户；别里古台1500户；术赤9000户；察合台8000户；窝阔台5000户；拖雷5000户（《史集》记载的数字不同）。
成吉思汗诸子的封地，原在西夏、乃蛮和贝加尔湖迤西森林部落境内，西征以后逐渐向西扩张，其封地大体如下：术赤封地，自也儿的石河以西，至今咸海、里海之北地区（形成钦察汗国）。察合台封地，在术赤之南，包括原畏兀儿和西辽故地，即河中和今新疆地区。
