设立好七个营后，仇天行又新设了两个军，第一军和第二军。其中第一军驻地浙江，麾下有三营和九营，第一军军长由三营营长张承武兼任。第一军主要面临的敌人是来自浙南的朱以海和金砺以及福建的耿继茂和朱成功等部。
第二军驻地金陵以西的六安府、庐州府、安庆府、池州府、徽州府和宁国府一带。第二军麾下有五营、七营和八营，军长由五营营长张连生兼任。第二军面临的敌人主要是江西的吴三桂部和湖北的新顺势力。
第一军和第二军都没有设立军级的训导官，而且军长职务也是暂时设立而已，并没有设定军级的级别。如今保安团除了仇天行外，最大的级别就是部长级别，部级以上就没有了。所以无论是张承武还是张连生本职都是营长，其军长只是方便管理军队而已。
而近卫营和十营并没有合并成一个军。近卫营留一个纵队守卫金陵，其余兵力分布在太平府、和州、滁州、镇江府、常州府、苏州府和松江府、太仓州等地。十营不仅仅驻扎在扬州，还要分兵守卫通州和海门厅。
为了保卫长江入海口的安全，避免敌人从海路进入长江直接进犯金陵，近卫营和十营在海门厅和太仓州布有重兵。并且，因为保安团没有海军，所以便在近卫营和十营麾下新设了若干纵队大队的水师编制。
这一番布局下来，保安团总部的重兵便云集在西线、南线和东线，显得中间空虚的态势。
兵力分散不集中也是兵家大忌，最好的办法就是集中所有力量一路冲击，这样便可以一路横扫南方豪雄。但是仇天行也是有苦难言，先不提百万大军千里远征的钱粮军资怎么解决，就是打下了那些地盘又如何完整的纳入治下？防御还乡团的留守兵力够不够？干部数量够不够？前提投入的钱粮够不够？自己拉长战线敌人收缩兵力又怎么防御那回缩后的重击？北方的鞑子还管不管了？一营、二营和四营还支持不支持了？若是钱粮军资全部集中向南，北方三个营挡不住了，鞑子南下该怎办？
这一切都是仇天行头疼的事情，所以他也不敢尽起大军倾力向南，只得老老实实的先消化地盘，然后……然后再说。保安团打江山与其余势力不同，人家大旗所向，士绅争相投降，县下就靠投靠的士绅地主们的自治了。论人力成本，挺节省的，论钱粮收获，嗯，挺浪费的。不过那打江山的速度就快了，运气好点的几年就能坐天下了。不过保安团打江山是在一块块的耕地，然后将地里的杂草一一拔出，这样的速度就慢得多了。好在仇天行很有耐性，他还年轻，他不急。相比于疾风骤雨似的一统天下，仇天行更喜欢像菌落一样向外慢慢蚕食地盘。
只是仇天行想待在家里安安稳稳的消化胜利果实，可是南方豪雄们却不给他机会。
根据军情处的湖南科、福建科、广西科和贵州科报来的情报，似乎他们的结盟速度在加快了。
于是，趁着敌人还没有攻击的时候，仇天行命令军队尽快适应新的编制，以便更快的恢复战斗力。并且在新编制安排下去不足半月时间，爵位制度正式推出来了。
如今军中许多人都立过功劳，大大小小的二等功三等功也获了不少。这些东西虽然在升职提干推荐进军校时有用，但是怎么着也没有爵位来的体面。因为队伍整编的事情稍微折损的士气也因此恢复了一些。毕竟四个营整编成七个营，这升官的多，不升官的更多。而且这次整编几乎是将部队全部打散，从中队开始就全部打乱了，再加上许多部队都调离了原本驻扎数年的军营，这也比较损伤士气。不过，当爵位制度真正颁布后，一些军官获得了爵位变得士气高昂起来，而尚未获得爵位却距离不大的军官们也开始掰着手指算着功勋值积分，算算自己还差几次功劳就可以得到爵位了。至于小兵们则看着自己的上级们纷纷受爵了，自己心中也有了盼头，上级便是自己的榜样，只要自己在军中好好干多立功劳，日后自己也有受爵的一天。于是，整个部队的士气都高昂了起来。
就在保安团整编队伍恢复战斗力时，南方豪雄们的联系更加紧密了。
江西九江府，残明永历政权的周王吴三桂悄悄的从长沙赶了过来。此刻吴三桂打着永历旗号不停的攻城略地，如今他的地盘已经囊括了半个湖南和半个江西。半个湖南是因为还有大西军的存在，当初吴三桂反正时便将与大西军的李定国部对峙在长沙府湘潭县。这几年下来，吴三桂的势力占据了湖南以北，湘南的衡州府、宝庆府、永州府等地都是属于大西军。
止步于长沙后，吴三桂又将目光看向了江西。此刻江南大局有变，湖南吴三桂又反，忧心忡忡的鞑子江西巡抚朱延庆病死。而原本正史中应该接任他巡抚之位的原江南按察使夏一鹗也早在江宁之战时随着马国柱战死了。再加上如今南北相隔，夏一鹗的继任者蔡士英也没有从京师过来，所以最后鞑子朝廷干脆原地提拔，将江西左布政使卢震阳升任江西巡抚，江西右布政使庄应会则升任左布政使。
江南、湖北、湖南、浙江、福建、广东皆是战乱纷纷，四野皆失，江西犹如大海狂狼中的一叶小扁舟。趁着保安团正与鞑子江东江西大营攻战不休、大西军孙可望李定国正陷入对峙、新顺还在和湖广总督罗绣锦你来我往，永历政权还在和尚可喜厮杀一片，朱成功和耿继茂抢占福建时，吴三桂亲帅主力进入江西。江西本来经过金声桓王得仁反正后就在和鞑子双方的战事中被打破了，南昌城更是破败不堪。于是，吴三桂很顺利的便攻破了南昌，新任江西巡抚卢震阳以及左布政使庄应会战死，江西提督刘光弼投降。
不过虽然江西提督刘光弼投降了，可是吴三桂兵力不足以控制江西全境，而且为了防止当时还立足安庆府的洪承畴部过江南下，吴三桂还得布有重兵防御九江。于是吴三桂对赣南更是鞭长莫及了。之后洪承畴的江西大营北撤后保安团又占据安庆府，于是这九江府吴三桂还得继续布扎重兵。
就这样，没有吴三桂的大军逼迫，赣南的一些小军阀便纷纷占城称王，先过过舒爽的日子再说，然后再等到明主到来就顺势归顺。除了这些小军阀外，还有一些溃兵也在赣南的山多林密之地啸聚山林，真是好不快活。于是，这江西更加乱了。
