董卓与关东联军对峙期间，京城内也暗潮涌动，董卓非常清楚京城里的某些官员巴不得他永远无法回去。
确保后方稳定，是董卓不得不考虑的紧要问题。
董卓首先想到的就是兵权，他非常清楚军队的重要性，所以兵权不能掌握在任何一个不信任的人手中，这是他征战多年得出来的经验。
他想起了战功赫赫的皇甫嵩，其实，他一直没有忘记这个人。而皇甫嵩此时正统兵三万驻扎于扶风郡。
董卓非常清楚的记得，189年，他拒绝灵帝命令将军队交皇甫嵩统领，皇甫嵩马上将此事上奏朝廷。他非常愤恨，但他却不敢对皇甫嵩有任何表示。
公元190年（初平元年），董卓完全掌控了朝政大权，还没来得及对皇甫嵩动手，以袁绍为首的关东联军就开始了针对他的军事行动。董卓只能全力应付关东联军的进攻。
现在，关东联军开始内斗，董卓终于可以腾出手来应付后方的对手。
董卓非常清楚：皇甫嵩能力出众，征战沙场多年，指挥作战的能力远在他之上。但皇甫嵩有一个致命的弱点：愚忠。如果朝廷要他喝毒药，他决不会上吊。
董卓觉得他必须除掉皇甫嵩这个潜在的威胁，于是还没返回长安就以朝廷的名义调皇甫嵩为城门校尉，同时征同样掌握兵权的京兆尹盖勋为议郎。
董卓紧张地注视着皇甫嵩的行动，如果皇甫嵩拒不奉诏，并举兵呼应以袁绍为首的关东联军，他的日子将更加艰难。
好在皇甫嵩来了。他拒绝了部下长史梁衍的建议，只身回到了长安。董卓提着了一颗心终于放了下来。他不会心慈手软。皇甫嵩一到，董卓立刻指使官员上奏朝廷，历数皇甫嵩的“罪状”，将皇甫嵩关进了牢房。
董卓的目的就是杀掉皇甫嵩。
长安城的官员都知道鼎鼎大名的皇甫嵩离死不远了，只要董卓一回到长安，皇甫嵩必死无疑。
现在，长安城里的官员早已变得麻木，他们看到了太多的熟人被杀害，就算你功高盖世，在董相国的眼里也和一只小蚂蚁差不多，所以就算皇帝身边的人被抓或被杀，估计也没人敢求情。
但这次出现了意外，因为皇甫嵩有个好儿子，而且这个儿子还和董卓有交情。为了救出父亲，皇甫嵩的儿子皇甫坚寿马上从西安跑到洛阳，投奔董卓。
皇甫坚寿赶到的时候，董卓正和宾朋在酒宴上喝得兴高彩烈，皇甫坚寿快步跑到董卓的面前叩头落泪，并大胆地与董卓辨理。在座的宾客深受感动，纷纷替皇甫嵩求情。董卓这才离席而起，亲切地拉皇甫坚寿和自己同坐，并立刻派人释放皇甫嵩，还任命皇甫嵩为议郎。后又升任御史中丞。
董卓非常清楚，他已经达到了目的，其实只要让皇甫嵩“残废”就行了。
皇甫嵩的苦日子还没有熬到头。关东军形不成威胁之后，董卓率部浩浩荡荡地回到了长安。面对密密麻麻拜迎的百官，董卓很满意，但他并不满足。他要让这些官员明白，谁才是长安城的主人。
董卓暗示御史中丞以下官吏都得下拜，这对比董卓年长的老臣而言，完全是一种羞侮，但为了活命，就算找不到一根黑发的老者也只能弯下永远伸不直的脊梁。
董卓看到了皇甫嵩，他要让这个人彻底屈服。董卓走到皇甫嵩面前，待皇甫嵩拜完之后，董卓拉着皇甫嵩的手故意问：“义真（皇甫嵩的字），你害怕了吗？”皇甫嵩在鬼门关里走了一趟之后，完全变成了软骨头，再次挤出笑脸不停陪罪，董卓才满意而去。（《后汉书·皇甫嵩传》李贤注引《献帝春秋》及《三国志·董卓传》注引《山阳公载记》的说法是：皇甫嵩拜服在董卓车下时，董卓问：“可以服我了吗？”皇甫嵩说：“怎么知道明公您会到这地步？”董卓说：“鸿鹄自然有远大的志向，只是燕雀自己不知道而已。”皇甫嵩说：“当初与明公您都是鸿鹄，没想到明公您今天变成凤凰啊！”董卓说：“你早服我，今天就不用拜了。”《三国志·董卓传》注引张璠《后汉纪》记载则是：董卓拉着皇甫嵩的手问：“义真，你害怕了没有？”皇甫嵩回答：“倘若您用盛德辅佐朝廷，大的祥庆正将到来，有什么可害怕的？倘若您滥用刑罚，逞其私志，那么天下都要恐惧，而不单是我一个人！”）
董卓回归又让京城里的百官开始失眠。人人自危，不能自保，唯一例外的是名士蔡邕。
董卓的宾客、部属曾向董卓建议比太公，称尚父。董卓就问蔡邕的意见，蔡邕说:“太公辅周，奉命灭商，故特号为太公。现在您的威德虽高，然比之尚父，我以为不可。等到关东平定，皇上返还旧京，然后再议不迟。”董卓没有吭声，但听了他的话。
初平二年(191)六月，地震，董卓又问蔡邕。蔡邕又说“:地动，阴盛侵阳，是臣下不遵守国家制度引起的。前春天郊祀，公奉车驾，乘金华青盖，爪画两箱，远近的人都认为不合适。”蔡邕的话明显是批抨董卓。但董卓并没有在意，还改乘皂盖车。
董卓是个聪明人，他对蔡邕客气，是因为蔡邕对他没有半点威胁。而且蔡邕声望高，撑门面非常合适。但董卓从来就没有重视蔡邕的意见，在他心中蔡邕就是一个花瓶，一个供着好看的摆设。
不久，董卓就逼皇帝封自已为太师，号称尚父。另外周毖、伍琼的事让董卓明白，这些所谓的名士是不会同自已一条心的，所以他不断地杀人立威，原来的太尉张温当时是卫尉，向来和董卓关系不好，董卓心中怨恨他，就找了个天象有异的理由派人说张温和袁术勾结，于是打死了他。
为了显示自已的地位，董卓令公卿拜见自已的时候，先通名，然后跪拜在车下，董卓不用还礼，并令三台、尚书以下官吏自已到董卓的府里汇报事务，形同皇帝。
董卓的倒行逆施引起了很多官员的不满，但大多迫于董卓的淫威，不敢有所表示，其中有个叫伍孚的校尉，是个例外，他决心以死相拼，除掉董卓。
伍孚选了个日子，在朝服里藏了一把刀拜见董卓。见到董卓后，伍孚边说话边观察，但一直没有找到合适的机会，只能告辞离开。
董卓当天心情很好，破天荒地放下架子起身送伍孚出门，两人走到阁楼中的时候，董卓不想走了，就友好地伸手拍了一下伍孚的后背，伍孚知道再不动手，很难再有机会，乘董卓转身的瞬间，猛地抽出藏刀回刺董卓，但伍孚并不是专业的刺客（就是专业的刺客也可能失手，比如荆轲），太过紧张，没有刺中。董卓大惊，边跑边喊府中的侍卫，大批侍卫闻讯赶到后，很快杀死了伍孚。
这件事对董卓影响很大，他明白这些年得罪的人多，必须有所准备。他不再住在长安城里，而是在长安城东扎寨居住。另外加紧建设郿坞，郿坞高厚各七丈，称为“万岁坞”，储蓄了三十年的粮食。为防暗算，他特意命勇猛的吕布紧随左右，以防不测。
董卓觉得有一群贴身护卫保护，他不会再有危险。
他不知道，危险早就潜伏在身边。
在董卓作威作福的时候，众多的官员之中，有个人一直在观察，努力寻找除掉董卓的机会，此人就是司徒王允。他很快就找到了一个志同道合的人，另一个官员士孙瑞，但两人面对手握重兵又处处防范的董卓，一直毫无办法。
当然只要用心，机会总会出现。董卓的贴身侍卫吕布引起了王允的注意，一来吕布和他同郡，二来吕布勇猛又和董卓关系紧密，所以王允想着法的和吕布结交、亲近。
其实吕布的确有苦恼之处，两人熟络之后，有一次在王允的府地，吕布就随口吐出了自已的烦恼，原来，董卓虽非常钟爱他，视他如子，却因一次小的不如意，就拿手戟投过来刺他。要不是吕布敏捷，闪开了，可能就丢了性命，吕布只得向董卓认错、谢罪，董卓的怒气是消了，但吕布心里却有了阴影。
还有件事更为严重，董卓经常派吕布守卫自已的寝宫，吕布却乘便与董卓的侍俾私通，以董卓的个性，如果发觉，后果不堪设想，所以吕布心中一直非常不安。
王允听了吕布的话，心知机会来了，就大胆告之了自已的阴谋，希望吕布作内应。
吕布有些犹豫：“我与他就像父子，怎么办？”估计是考虑到传出去名声不好听。
王允劝道：“你原来姓吕，和他本不是亲骨肉，现在担扰的是能否活命，哪有时间顾及什么父子的名声？”
王允这句话切中了吕布的要害，与一钱不值的名声相比，性命更重要。吕布动了心，开始和王允谋划怎样行刺董卓。
初平三年（公元192年）四月，正是百花盛开的季节，天子因患病刚刚痊愈，心情大好，于是在未央殿大宴群臣。董卓也在吕布及众部下的护卫下趋车而来，当他刚进宫殿大门的时候，宫殿侧门突然冲出来十几名身着宫廷卫士服装的士兵，领头的是和吕布同郡的都尉李肃，还没等董卓搞明白怎么回事，这些人就像疯子一样拿着长戟猛刺过来，董卓大惊，幸好穿着铁甲，李肃的长戟没有刺透，只是受惊从车上摔下来手臂受了轻伤。
董卓急忙起身、退步、回头大呼：“吕布何在？”
紧跟在后面的吕布并没有冲到前面护驾，而是从怀里拿出了一个诏书，冰冷地说：“有诏书讨贼臣！”
董卓一下明白了，怒骂：“你个庸狗也敢这样做！”。
董卓话音刚落，吕布手中的长矛就刺中了他的胸膛，血从董卓肥硕的身体里不断往外涌，随董卓一起的主簿田景和另一个奴仆往前奔向董卓的身体，试图抢回董卓。
吕布岂会让他等得逞，拔矛急速刺向田景，横扫奴仆，又将田景和奴仆刺倒于董卓身旁，余下的再没有敢动弹的，凶横一世的董卓，在控制朝政近四年后，终于被杀。
制服董卓的随从后，吕布立即命人带着赦免的诏书，骑马奔走于宫廷内外，告之董卓已亡，余党赦免不究。
董卓的死大得人心，王允、吕布一杀董卓就控制了局势，可能也出乎他们的意料。
听说作恶多端的董卓被杀的消息后，长安士人、平民都互相庆祝，购酒肉相庆者，填满街市，热闹程度远远超过了最为重要的春节。
王允和吕布很快掌控了朝政，董卓部下徐荣、胡轸、张辽全部顺势投靠王允。
王允恨极了董卓，将那些阿谀依附董卓的人全都入狱处死。一直被董卓欺压的皇甫嵩再次得到重用，朝廷命他率兵进攻臧于郿坞的董卓之弟董旻及董卓的母亲、妻、子、亲族，攻破后将董卓三族内的所有成员全部处死，董卓的母亲已年近九十，乞求免于一死，也被斩首。在郿坞中，朝廷也搜到了无数的珍玩及珠宝。
董卓的尸体被抛在闹市中，由于天气炎热，董卓又身体肥硕，守尸的小吏就在董卓的肚脐上点火，火光可以照到第二天天亮。这样连续烧了几天。还有被董卓迫害的袁氏门生故吏，把董卓烧下的灰都撒到路上。（《后汉书》和〈英雄记〉的描写虽有些夸张，但董卓之不得人心却可见一斑。）
