从非实用性的角度来说，考古学是了解过去人类文化和历史的一门科学；从实用性的角度来说，考古工作又是一种保护文化遗产的方式。两者相辅相成——如果没有保护，遗存都被破坏，考古学就没有可研究的对象；如果从遗存中提取的关于过去的信息不够多，那也称不上合格的保护，甚至是变相的流失。
这两方面的目的都和盗掘或者其他一切挖掘活动是截然不同的。盗掘的本质，不是可移动文物所有权的转移，而是遗存中蕴含的科学价值和历史价值的毁灭。以古墓葬为例，破坏墓葬结构、遗物的位置和共存关系等重要历史信息和科学信息。“盗”这个字容易给人误解是单纯偷窃（墓）主人的东西，其实更恰当的词也许是loot而非steal（PS：盗墓贼也不单是thief，最起码是burglar），因为盗窃必然伴随着破坏。这种破坏并不以盗墓贼的主观意识为转移，比方说盗洞挖穿了墓葬的墓顶或墓门，这就是对墓葬结构的破坏，一座没有随葬品的空墓本身就是法律明确保护的不可移动文物，并不是说盗墓贼碰碎某个随葬品才叫“破坏”。根据文物保护法，盗掘古墓葬罪属于行为犯，并不以是否盗得文物为构成要件，只要被告人有盗掘古墓葬的主观故意，客观上实施了一定的盗掘行为，就可以认定盗掘古墓葬罪既遂。有人不理解，墓葬结构能有多大价值？这很简单，遗迹本身是个完整的三维空间，整体的价值永远大于各部分之和，你要是硬把它割裂开来它当然不值钱。比方说明长城是世界遗产，世人都知道它的伟大之处，但是你敢把它拆成一堆砖块儿试试？即使你一块儿也不偷走，不还是使遗迹贬值了么？对古墓葬来说，盗掘还极易改变埋藏环境，打破了原有的平衡，使得本可以保存下来的有机物灰飞烟灭。以最易引发争议的人类遗骸为例，即使盗墓贼并不是有意偷尸体，但是他的行为客观上导致墓主人的遗骸不能完整地留存至今，这种现象极为常见。更何况，有时候盗墓贼无所不用其极，宋代有盗墓贼，因恨墓主薄葬，“以刀斧磨碎其骨而出”，后来销赃的时候被发现而伏法（见《东轩笔录》卷七，转引自螺旋真理）。
很多人都曾把考古学家的工作比作侦探，考古学的目的就是为了了解过去事件的真相。要我说，考古学基本上就是刑侦学的过去时态，这个比喻不怎么恰当，但可以澄清考古是挖宝之类的误解，说明了考古有什么用。中日在近现代历史问题上有很多争议，对抗战遗迹的调查和研究就能在这方面发挥很大作用，包括哈尔滨市侵华日军第七三一部队旧址（1936-1945）和侵华日军南京大屠杀死难同胞丛葬地（1937），这两个都是全国重点文物保护单位，前者还经过科学的考古工作，发现大量用于人体细菌实验的罪证物品。还有前段时间一度成为新闻焦点的济南琵琶山万人坑（1940-1945），战后有一次为审判而进行的发掘（非考古发掘），挖出较完整的尸骨746具，零乱无法认定的难以计数，证实了日本侵略军在山东的暴行，可惜后来既未建立类似南京大屠杀纪念馆的机构，也未列入地方文物保护名录。
有人会问这不是历史学家该操心的事儿吗？问题在于，日本战败投降前夕往往核心机密设施和档案进行蓄意销毁和破坏，而匆忙的东京审判和依据文献与口述进行的学术研究，都远不足以揭示日军的罪行。而实物证据在法理上的地位就由此凸显——罪犯可以杀人灭口，但是地下的人骨遗骸还能保存下来，罪犯会说死人不会说话，可是考古学可以发现遗迹的相对年代、遗骸埋藏时是否有捆绑痕迹，体质人类学研究能让人体创伤和死因无可遁形。这时考古学家真正起到了侦探的作用（体质人类学家起到了法医的作用），把这些遗迹保存下来，也许我们今天研究不明白的东西，子孙后代总会有一天搞清楚，这一份历史见证永远不会泯灭。而盗墓贼的行动就是专门干扰侦探查案：抹去痕迹，偷走证据，扰乱信息和埋藏环境，还有比这更令人愤慨的事吗！？
同理，器物出自哪里，随葬品摆在哪里，以何种形式组合起来，棺椁的结构怎样，人骨的葬式如何，人骨附近的土中蕴含着哪些特殊动植物遗存，这些信息看起来如此微不足道，盗墓贼永远不会觉得拿走几件东西就是破坏——然而事实就是如此，一旦被盗，经过警方的努力文物纵然可以追回，一段鲜活的历史真相却离我们远去，永不复返。也许这个人是无名小卒，他的个人生命史与现实社会没多大联系，但是当每年数以万计的盗墓贼疯狂地盗掘祖先留下的遗产的时候，谁敢打包票这么多流失的信息没有一点用？地下埋藏了什么取决于我们的祖先，而如何认识和利用这笔遗产则取决于我们，若因为愚蠢的盗墓贼的破坏，本来根据实物可以定谳的历史铁案，居然不再板上钉钉，这损失得有多大？
考古遗存的价值，有些是直观的，比如何家村遗宝中的金碗，因为“金银天然是货币”，即使对考古一窍不通者也知道这种东西必定值钱。但更多是非直观的，难以单纯凭借生活中的常识或者经验去理解，而是需要靠基础性和探索性的科学研究才有可能揭示出来。比方说考古遗存中最常见的碎陶片，放在任何一个墓葬中都是盗墓贼不屑一顾的东西，因为这个根本不可能卖出好价钱；但是考古工作者却视其为珍宝，把它们当作理解古人生活的一个钥匙。盗墓贼只会发展他们所需之货的识别“技术”，考古学家并不是处理和研究孤立的器物，而是放在一定的综合背景（context）下来考虑。不起眼陶片的价值一旦被揭露，就有可能成为无价之宝。举一个实例来说，新闻上说考古工作者在仙人洞遗址发现了世界上最早的陶器，这是怎么确定的呢，是不是让盗墓贼去挖他们也能“发现”？当然不是，因为这至少涉及到遗址的地层学、埋藏学和考古年代学三个方面的研究，传统意义上的田野考古工作者负责遗址地层先后顺序的控制、发掘的记录和遗物采集，埋藏学（或地质考古学）研究者通过遗址堆积宏观观察和土壤微形态分析确保同一地层中的遗物是原地堆积而不是被后期扰动的，测年工作者负责地层中C14样品的提取、制备、测量和校正。这三者缺一不可：如果没有对层位关系的记录，所有遗物都失去了科学意义；如果没有埋藏学研究，就不能保证（哪怕出自同一地层单位的）陶片和木炭、骨骼等测年样品的共时性；如果没有绝对年代测定，就没有统一的尺度来比较不同遗址谁早谁晚。
