故事要从六道仙人说起，他不仅创造了所有的忍术，更是从破坏一切的无双魔兽十尾手中拯救了世界，他把自己做成了十尾人柱力，用来压制这份无比巨大的查克拉，在仙人弥留之际，他用地爆天星将十尾的本体封印在了月亮之中，而将其查克拉分成九份，也就是一尾至九尾。
得益于他的传承，忍者这个只为战斗而存在的职业在乱世之中渐渐盖过武士和阴阳师等其它战斗单位的锋芒。在这片东部大陆中心处，各大势力在残酷的兼并战争中不断倚强凌弱，吞并到后来只剩下五个大国和十个左右依附在大国身边的夹缝小国作为避免大国直接冲突的缓冲地带。
以千手和宇智波一族为中心的忍者集团将中间这块丘陵为主的大片土地占为己有，并成为政治集团最重要的武装力量。持久的乱世争斗，让人们意识到战争可能永无休止，无论如何国家都需要专门性质的战争机构培养战斗部队。当国家关系进入相对稳定期，战斗部队的素质贵精不贵多，结合战争经验，非忍者的战斗人员军事素质远不如纪律严明的前者，在其领袖人物初代火影千手柱间的带领下，众多忍者创建了木叶忍者村，“木”代表森之千手一族，是木遁使用者柱间的象征；“叶”代表宇智波一族，族徽的团扇形似树叶。
忍村选址必须考虑的因素就是生存发展与安全，木叶隐村建设在火之国的中部，整个村子背山面水，坐北朝南，是一块风水宝地，后有天然屏障高山保护，两翼森林阻挡，前有高墙筑防，加上忍者的值守和结界的探知，安全系数很高。
高山的的内部被掏空，作为战争时刻的紧急避难所与关键隐秘部门的指挥部，山的外侧最左边刻画有初代火影的面像，空白的地方足够刻下其他继承木叶意志的继承者，所以此山也被人们尊称为火影颜山。
木叶的布局是以火影颜山头像处为正中，半圆形对称向外，也就是南方辐射开来，道路整齐，错落有致，相得益彰，地形的平坦和宽阔为木叶的规则布局创造了得天独厚的条件，不用因地势高差过多地计较楼房光照是否被遮挡及道路出现坎坷不平等困扰，整齐的交通环境为人们的出行带来相当大的便利。
木叶的建筑主要是以木和石为材料，这跟火之国大片的森林、拥有丰富的建材有关系，石材倒是很多地方都有。木叶木叶所以木才是村子的根本，也是其建筑独特的魅力之一，在村子创立之初由为明显。一般高一点的房子都以木或石为支撑，矮一点就以木为主，比如宇智波家、奈良家和日向家的房子，只有古色古香的木材方能散发出木叶的丝丝韵味。
木之叶忍村成立的这一年，我们称为木叶元年。
同一时期，各大国的忍者部队纷纷组建各自的忍村，成为国家的国防支柱。
初代火影千手柱间在与宇智波族长斑的村子首领内战中，艰难取胜后不久去世，但也奠定千手一族凌驾宇智波等其他族众至高无上的地位，柱间的弟弟千手扉间接替成为二代目火影，并在之后的10余年间相继成立了木叶大部分机构。
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木叶10年，随着边境小国的逐渐覆灭或归拢，在优质的生存环境与肥沃土壤觊觎下，木叶受到积蓄力量的以砂隐村和岩隐村为首的忍者集团挑战，战争一触即发，忍者作为战争的主力开始活跃于历史舞台，这场持续数年之久的战争史称第一次忍界大战，二代火影也在这一战期间去世。
千手柱间生前留下三名杰出的弟子，其名曰：猿飞日斩、水户门炎、转寝小春，柱间过世后三人就拜在二代目扉间的门下，与其弟子志村团藏、宇智波镜、秋道取风一同学习忍术及其他知识。过世前扉间指明日斩继承千手兄弟的遗志，成为三代目。
猿飞一族的前任族长猿飞佐助曾是初代火影千手柱间的好友兼实力强劲的追随者，同样英勇的牺牲于第一次忍界大战中。
日斩像他的父亲一样是位十分优秀的忍者，行事沉稳，胸怀开阔，继承初代的火之意志想要建立和平的木叶隐村，规避战争，逐渐强大，给大家带来稳定的生活。
团藏行事干练，果敢进取，发扬二代目战争与规则才是忍者的主旋律，更积极的活跃于忍界，并给其他忍村带来更大打击的同时逐步扩大木叶的话语权。
以猿飞为首的稳健派和以志村为首的武斗派在外敌不断的战事中互有合作，并没有爆发冲突，持续建下了莫大的功勋。村中各族也团结一心，共抗外敌，一时之间英雄辈出，英年早逝都变得司空见惯。不变的是无情的战争持续不断的剥夺着忍者的生命，村民的生活逐渐变得艰难并越来越多的沉浸在亲人过世的悲痛里。
神往安逸生活，反战厌战的人们，默默舔＊舐着伤口，怀念不可追的美好记忆，可他们忍心责备保护村子的忍者们吗？！谁的错，战争吗，太狭隘了，谁又能保护一切，在这动荡的时局下，生存下去变成一件奢侈的事，但渴望和平的心是愈加强烈的，追求幸福或者苟同生存谁又比谁更高贵。
另一部分把失去亲人的悲痛化为仇恨力量的人们毅然加入忍者的行列，并无悔的投入到这场没有终结的战争，只能在杀戮报复后获得短暂的心灵安宁。谁又来拯救他们呢，或许他们不需要，父母、兄弟、姐妹、儿女，他们在乎和在乎他们的人都已经不在了，全都不在了...那还有什么需要在意的呢，那就，杀吧，杀戮吧，沉浸在这阴暗的漩涡里，也许会终结于某场无名的战役，默默身死，只有死亡才能够获得解脱的他们才是这场战争的主角。
时间就在这种无休止的战事中持续着，不知从什么时候开始的战争同样在不知觉间默默落下了帷幕，麻木的忍者们松开手中的武器，环顾着身边，敌人和战友们一同消逝在这片染血的土地下，围绕血之地的木叶也安静的喘息着，哪怕是五大国之首的火之意志，也有需要憩息的时候，胜利的滋味，莫名苦涩。
积极参与战事的武斗派，虽然同样为村子建立了莫大功劳，但大多数的村民已经知道名为和平的来之不易，不愿轻起战端，以仇恨为动力的忍者从战争活下来的寥寥无几，对其支持的村民也在遥遥无期的等待中磨灭着希翼的花火，梦想总有了却的时候，血肉也在没有温度后埋入故土。
和平发展的声音在这种大势下盖过了一切，忍者们在日渐声名显赫的猿飞日斩带领下，积极的参与到村中战后重建当中，秩序在逐渐回归，悲伤也慢慢消淡，拥有广大火之国人口的木叶也在不断的任务中回复着元气，萧条的经济在人们的努力中改变着。
不久之后，猿飞日斩在各族的支持、上忍的集体投票下，以初二代继承人的身份正式成为三代目火影，并得到火之国大名的首肯，水户门炎和转寝小春进入顾问团，作为日斩的左右手帮助管理村子。
在无力挽回的遗憾中，志村团藏为首的等人转为“地下”，建立了独立于火影的暗部组织--根，同样保护着村子，活跃于暗处。
