戊戌变法的失败证明了自己是救不了中国了，而农民的二次出现则给中国注入了新的活力。1898年冬，在山东与直隶交接的一些村镇里，到处可以看到设坛练拳习武的人群，有的单独踢脚打拳，也有的是几人对打。这些设坛练拳的组织就叫“义和拳”，以善于耍拳弄棒而著称，同时又讲迷信，画符念咒，说能把一干神仙附在自己身上后就刀枪不入。关于这个附体，大家可以回头去看看太平天国的杨秀清、洪秀全之流，什么自称是上帝、上帝的二儿子，结果最后个个都见上帝去了。农民阶级能搞出来这种事大家真别觉得奇怪，套用句现在的流行语“我读书少，你可别骗我啊。”这就是没文化的结果。
尽管日后义和团提出了“扶清灭洋”的口号，但最初义和拳同当时清朝大部分秘密团体一样，反对满族统治，以“反清复明”为口号，结果遭到镇压。随着中国近代史形势的发展，以帝国主义侵略为先导的西方势力的冲突代替华夷之辩满汉之争成为主要历史矛盾，义和团就开始支持清朝抵抗西方。义和团恨的是洋教和洋人，因为在他们印象里这都不是什么好东西。洋人传教士来到了中国要修基督教堂，没地怎么办，就把什么土地庙、道观、佛寺拆了，甚至直接从农民手里抢耕地来建教堂；同时信洋教的这帮子人也没个好东西，在乡邻间欺男霸女无恶不作，其中有洋人这么做，也有那些信洋教的中国人这么做。在当时中国都什么人信洋教呢？要么是地痞流氓！要么是洪秀全这种跳梁小丑！读书人人家信四书五经，怎么会去信这玩意。而这批地痞流氓信了洋教后就开始横行乡里，有洋人罩着他们怕谁？他们恨不得见了县官都敢不跪，那欺辱无权无势的乡邻就显得再正常不过了。因此义和团对洋教自然是彻骨仇恨，这个也就很好理解。
义和拳逐渐强大起来害怕的可不只是清政府，外国侵略者也是恐慌异常。他们派时任美国公使康格出面，向清政府发出照会说：“贵国必须采取强力措施消灭义和团，保护我们的教堂和教民的生命财产安全。我们要袁世凯带着他的新建陆军去山东镇压义和团！”既然洋大人都发话了，大清也只有听命照办的份，于是袁世凯被任命为山东巡抚，去处理义和团这烂摊子了。
以前历史课本上说“袁世凯在得知洋大人这么看重自己后，不禁感激涕零，决心进一步投靠外国势力，于是袁世凯到了济南，就血腥镇压义和团。”这话不妥！那时候的义和团的组织形式和日后的****差不多，一个人来上一些人马就是一只拳坛拳队，这个带头的就是这支队伍的大师哥、大师姐；****是一只只的战斗队：甲拉一队人成立个井冈山战斗队，乙喊一组人成立个八宝山战斗队，丙找一派人组织个红卫战斗队，丁哄一伙人组织个爱国战斗队，每个战斗队什么司令、政委、参谋长一应俱全，就这样一直能排到戊己庚辛去！幸亏义和团这班人是“合力抗敌”，不跟****似的每个战斗队间还互相攻击武斗，要是义和团也和****似的那样，当时中国就真算是彻底乱套了！袁世凯到了济南先让人请来了十个义和团的小头头来抚台衙门吃饭，饭桌上酒过三巡菜过五味，袁世凯问他们是不是真的刀枪不入，十个大师齐声答是；袁世凯继续将他们一军要他们展示展示，那十个人又齐声说“没问题啊”。于是袁世凯直接把他们请到后院用德国毛瑟快枪一打，结果没一个不入的，都是子弹前边进去后边出来，打人身上是一个窟窿眼。这根本不是什么袁世凯“血腥镇压”义和团，这分明叫袁世凯用科学的实验事实来反对迷信宣传！但十个大师兄大师姐在抚台衙门“自杀”的消息很快就传开了，谁知道当地的老百姓根本不吃袁世凯这套，义和团照样如火如荼的发展传播。随后袁世凯又发出告示说：凡是参加过义和拳的人，只要肯悔过自新，解散回家就不再追究；如果能够献出首领，为朝廷立功，还有重赏。以前的历史课本又说了“袁世凯的倒行逆施，赢得了外国侵略者的叫好，却遭到了广大人民群众的切齿痛恨。”这话倒是有历史史实的。当时在人民群众就流传着“杀了袁鼋蛋，我们好吃饭”的歌谣，还有人在抚台衙门的照壁上，画了一个头戴红顶花翎的大乌龟。当时袁世凯是山东巡抚，从二品的大官，头上所戴顶戴花翎的顶珠就是“正面雕刻寿字的起花珊瑚”，也就是我们常说的红顶子（当然为了与一品区别，二品的顶珠是暗红色，一品的顶珠则是明红色或亮红色）。袁世凯怕有人刺杀他，在抚台衙门中加强了戒备，义和拳也没被消灭。但这帮人知道袁世凯不信邪，于是留了一小部分人在山东继续斗争，主力转入直隶，向帝国主义和清政府的统治中心进军了。后来有的地方官吏直接给朝廷上书，说义和拳是自己编练的民间团练，于是“义和团”一词因此得名。朝廷见义和团是团练武装，于是也放弃了对他们的围剿。没了干预的义和团也就和野草一样，扎下了根疯狂的发展开来。
