安史之乱的后期清剿工作，虽然郭子仪没有亲自率军，但他所做的幕后工作是胜利的关键。平乱结束，郭子仪出于公心，请求李豫尽快派遣合适的官吏出镇收复地区，并设置长史主持政务，恢复生产。当然，郭子仪的老部下们都沾了他的光。
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然而，由于宦官专权，担心这些有功的武将回朝后取代他们的位置，就尽情诬陷，不少跟着仆固怀恩冲锋陷阵的大将都被罗织罪名，下狱、流放、处死者甚多。仆固怀恩作为安史之乱的收尾大将，在安史之乱中有四十六个家族中人为国捐躯，为结回纥部还把三个女儿远嫁塞外，牺牲巨大。但他不仅没有得到封赏，反而被鱼朝恩、程元振等宦官诬陷，说他与回纥联合起兵谋反。仆固怀恩气得差点发疯，决定奋起反击。当时，李豫派刑部尚书颜真卿去劝慰仆固怀恩。颜真卿认为，天下只有一人可以制住仆固怀恩，就是这员虎将的老上级郭子仪。
但是，仆固怀恩认清了朝廷的嘴脸，决定反叛到底。为了有绝对把握，他宣称大唐皇帝李豫和老帅郭子仪病逝，勾结吐蕃、回纥、吐谷浑、党项、奴剌等部共三十万兵马分道进攻关中。吐蕃大军很快占领了奉天（今陕西省乾县），兵临长安城下，吓得李豫弃长安而走，逃到陕州鱼朝恩的军中避难。于是，吐蕃兵占领了长安，他们把唐宗室广武王李承宏立为皇帝，作为自己的统治工具，纵兵焚掠，长安城再度被洗劫一空。李豫十分害怕，但诸镇节度使都寒了心，不愿出战。
眼看国家就要完蛋，李豫吓得小便失禁。这时候，封什么官对郭子仪已经没什么意义，必须拿出诚意才行。于是，李豫将自己十二岁的长女许给郭子仪的六子郭暧，并对郭子仪道歉说：朕因为没有及时启用老令公，才落到今天这种田地！于是专门给郭子仪办理了政治低保——御赐铁券（免死牌），颁发了最高奖状——在凌烟阁为他画像。郭子仪明确指出，危急关头，谋臣一言不发，武将不肯出战，关键是宦官专权所致。李豫只好削去程元振的官爵。接着，任命长子雍王李适（即后来的唐德宗。郭子仪一生中当过肃宗、代宗、德宗的副元帅，而且都在危难之中，很是巧合）为元帅，任命郭子仪为副元帅（实际统帅），让他平定仆固怀恩之乱，赶走吐蕃、回纥人，收复京师。
朔方军听闻老令公再度挂帅，旧部又都纷纷投奔郭子仪。但当时的回纥兵马十分厉害，郭子仪手中只有一万兵马，根本不能战胜数倍回纥人。郭子仪当机立断，只引数骑到了回纥军营前。回纥人见一老者只身前来，奇怪地问：这人是谁？有以前跟着郭子仪收复两京的将领认出是郭子仪，赶紧出营门相见，吃惊地说：原来郭令公还在世呀！仆固怀恩说大唐天子驾崩，郭令公去世，宦官乱政，所以我们才来主持公道。于是请郭子仪入营喝酒，畅叙旧情。郭子仪告诉他们这是仆固怀恩的阴谋，大唐皇帝没死，你们被骗了，并说：过去你们不远万里帮助我们平定叛贼，收复两京，我和你们共过患难。现在你们抛弃旧友，帮助叛变臣子，对你们有什么好处？这些人很讲义气，认为郭令公爱兵如子，以前都给过他们好处，就答应退兵。正巧，仆固怀恩暴死（疑为部下所杀），郭子仪便倾尽资财与回纥人盟誓。他知道回纥人喜好财物，就说：吐蕃本是与大唐和亲的国家，无端侵略，是不认亲人。吐蕃的马牛布满几百里，诸位如果反戈攻击吐蕃，就如同拾取一样，这是上天的恩赐，不能失去良机。况且逐走异族获取实利，和大唐继续友好，不是一举两得吗？回纥人听后，答应帮助郭子仪共同对付吐蕃人。
后来的传奇故事中认为郭子仪单骑退回纥，把他当天神一般。实际上，如果没有郭子仪前期的铺垫，回纥人不会买他的账。因此，善待部下，广结善缘，有预见性地做好投资，才能在关键时刻得到帮助，转败为胜。
郭子仪有了回纥兵的支援，很快召集旧部攻打吐蕃军，前后斩敌军十万人以上。吐蕃人被郭子仪声威所慑，又害怕回纥人抢掠他们的财物，就撤离了长安。公元764年11月，郭子仪再次收复长安。之后，郭子仪又平定了华州节度使周智光的反叛。
鱼朝恩深恨郭子仪力劝李豫废除宦官，就暗暗收买盗贼挖掘了郭子仪父亲的坟冢，官府搜捕，没有抓获罪犯。朝廷害怕郭子仪因此背叛，李豫就把他找来谈起这件事，问他需要什么补偿。郭子仪说，老臣长久带兵，却不能禁止残暴的行为，许多士兵挖掘别人的坟墓。今天挖到我的头上，这是苍天在谴责我，不关乎人事。朝廷于是安定下来。
后期，郭子仪治军甚严，下令禁止在军营中无故驰马奔走。郭子仪的妻子南阳夫人奶妈的儿子触犯禁令，都虞候将他用乱棍打死。郭子仪的几个儿子在他面前哭诉，并且说都虞候专横，郭子仪狠狠地训斥并赶走了他们。第二天，郭子仪跟属僚们说起了这件事，叹息道：我的几个儿子都是当奴的材料！他们不赞赏父亲的都虞候，而是痛惜母亲的奶妈的儿子，不是当奴的材料又是什么！
郭子仪难道不恨鱼朝恩吗？当然不是。但当时的鱼朝恩深受李豫恩宠，权倾朝野，正面冲突可能会遭遇不测，只能隐忍。公元769年，鱼朝恩因与宰相元载争权，有意拉拢郭子仪，特邀请郭子仪到章敬寺游玩。元载害怕他们互相勾结，就秘密派人告诉郭子仪说：鱼朝恩对你图谋不轨。将士们有三百人请求衣内穿甲跟随郭子仪前去。郭子仪说：老夫是国家的大臣，鱼朝恩没有天子的命令，哪里敢暗害我！如果他受皇命而来，你们想干什么呢！于是只带了几名家童前往章敬寺。鱼朝恩迎接郭子仪，对他随从俭省感到惊奇。郭子仪说：主要是怕麻烦你张罗。鱼朝恩抚胸拱手，痛哭流涕地说：如果不是您这样的长者，能不怀疑我吗？
郭子仪的儿子都认为应该干掉鱼朝恩。老令公说：你们还是不明白呀！难道元载是什么好人？一个人锋芒太露，争权夺利，下场不会好，这样的事已经接连发生过很多了，你们等着瞧吧。果然，第二年元载为了夺权，密告鱼朝恩在外说天下的事都是他在处理。李豫默许处死鱼朝恩。于是元载以皇帝赐宴为名，把鱼朝恩诱至禁宫中乱刀剁碎。而元载整死鱼朝恩后专横跋扈，最后也被下诏赐死，籍没其家。
郭子仪仍然执掌兵权，多次与吐蕃交战并退敌，前后斩杀敌军数十万，确为当时的砥柱之臣，上至皇帝下到臣民都很尊敬他。郭子仪曾经奏请任命一名州县官员，没有得到答复，僚属们相互议论说：以郭令公的功勋和德行，上奏任命一名从属官员而没有得到批准，宰相们就这么不知礼吗？郭子仪听说后，跟僚属说：自从兴兵以来，方镇武将多飞扬跋扈，凡是他们所求的，朝廷经常委曲求全满足他们的要求，这不是别的，是对他们抱有疑虑；如今我所奏的事，陛下认为行不通而搁置起来，是不用对待武臣的方法来对待我，是亲近信任我。各位应当祝贺，又有什么可责怪的呢！僚属都很叹服老令公的见识。
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晚年的郭子仪位高权重，领汾阳王，官拜司徒、中书令，担任河中尹、灵州大都督，单于、镇北大都护，关内、河东副元帅，朔方节度使、关内支度使，盐池、六城水运大使，押蕃部并营田使以及河阳道观察使，可以说权位仅次于皇帝。郭家的宅院大得像一座城市，院宅之间步行太远，要用车辆才行；老爷子当中书令二十四年、节度使和副元帅十六年，每年的俸禄达二十四万贯，家人仆役多达三千；拥有的田地广及一百余里，养马最多时达一万五千匹；他的八个儿子、七个女婿，都是朝廷中显要的官员；他的孙子有数十人，每当向他问安时，他不能一一辨认，只是向他们点头而已。
郭子仪的生活很奢华，姬妾成群，排场也大。有人劝他注意节俭。郭子仪不以为然地说，老夫戎马一生，吃尽苦头，年老了享受一下都不行吗？实际上，他深谙官道，认为功高盖主之臣如果不贪图享受，皇帝一定会起疑心，因此以奢华享受来传递自己没有野心的信息。不过，也有例外的时候：李豫任命太常卿杨绾为中书侍郎领平章事，杨绾生性清廉简朴，任命颁布之日，郭子仪正在宴请宾客。听说此事，便将在座助兴的声乐队减去五分之四。京兆尹黎干出行时侍从很多，即日裁减，只留下十骑。中丞崔宽的宅第宏伟奢侈，听说老令公削减乐队，赶紧把新建的宅第毁了。可见，当时郭子仪的一举一动，都深刻影响着朝野。
唐代宗大历十四年（公元779年）五月，李豫病重，遗诏让郭子仪总摄群臣，辅助太子。太子李适继位，是为唐德宗，下诏尊崇郭子仪为“尚父”，加封为太尉兼中书令，将实封增加到二千户，每月供给一千五百人的粮食、二百匹马的饲料，他的子弟女婿们升官的有十多人，他的部下升任节度使、将军和各种官吏的上百人。到了这个时候，郭子仪请求罢免以前担任的副元帅和各种使职，因为他已经得到了应有的交换。这一年郭子仪已经八十三岁，虽还能骑马狩猎，但身体大不如前。
御史大夫卢杞是李适的宠臣，兼任京畿观察使。郭子仪每次会见宾客，姬妾不离身边。卢杞上任后来给老令公请安，郭子仪将随侍的姬妾悉数屏退，只由他一人接待卢杞。有人询问缘故。郭子仪说：卢杞面貌丑陋，女人见了必然要笑。卢杞心地险恶，又深得陛下恩宠，将来得志了，我老郭家有灭门之祸！果然，卢杞当了宰相后睚眦必报，先后陷害杨炎、颜真卿、张镒等柱石大臣，又征收各类苛税，导致民怨沸腾。但因郭子仪对此等小人有先见之明，没有招惹他，郭氏一门幸免于难。
唐德宗建中二年（公元781年），郭子仪在长安去世，终年八十五岁，追赠太师，谥号忠武，配享代宗庙廷，陪葬建陵。李适废朝五日，命群臣吊唁，又亲临安福门送葬，并违反礼制将他的坟墓加高一丈。
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郭子仪作为杰出的军事家和政治家，一生都未遇上明主，在外领兵打仗时时遭逢强敌，在朝为官时处处遇到非难，但他泰然处之，终得圆满，主要有三个方面的处世智慧：一是不违君命，不好争辩，皇帝用他，他就在任命的当日立即奔赴战场；皇帝贬他的职，他也立即交令回到朝廷，所以百般谗言诋毁都不攻自破，不起作用；二是不图虚名，不装清廉，努力为自己的家族和部下争取更好的发展机会和赏赐，所以他每次重被启用时无论胡汉将士都毫不犹豫地追随他；三是不报私仇，不计前嫌，推荐李光弼、仆固怀恩、李怀光等将领挽回败局，不计较李辅国、鱼朝恩、程元振等宦官的陷害，所以中兴名将中只有他得以善终。历朝历代都有名将出现，但只有郭子仪才能与李靖比肩。因为他俩不仅能征善战，更可贵的是深谙人性，懂得如何与老板和同僚相处。这样的人，无论在哪个朝代，都能建立功名且善始善终。
