当时的中书舍人綦母珍之、朱隆之，直阁将军曹道刚、周奉叔都是萧昭业的羽翼，萧昭业的堂叔祖大将军、尚书令萧鵉（萧道成的堂侄）屡次规劝，萧昭业就是不听，萧鵉先后杀死了徐龙驹、綦母珍之，萧昭业都不敢违拗。
真正让萧昭业对萧鵉起疑心的竟然是因为尼姑的一句话。在魏晋南北朝的时代，和尚、尼姑这个职业可以说是最吃香的，整天念经诵文就可以拿到钱财，谁不去干呢？但是不怕尼姑会念经，就怕尼姑传言语。
这尼姑一传下来谣言，是个人都会起疑心的。特别是萧昭业，他就怀疑他的这位叔祖父有篡位的意思。但是只是留于怀疑的层面，如果没有皇后的三叔何胤的畏首畏尾，这位皇帝可能会慢慢的大小这个念头。毕竟在整个世界上面，理性的人占大多数，感性的人占极少数，既理性又感性（简称“perfect”）的人活不长。
虽然皇帝经过长期的思考，理性的判断，最终没有杀死自己这位叔祖父，但是他做出了一个比较错误的选择——把萧鵉安排到西州去，不让他管理朝廷事务。当时的朝廷之中也就只有萧鵉是一位比较成熟的执政者，如果不想用他，即使把他杀了也比把他外调强。
虽然皇帝不想杀掉这位叔祖父，但是他的做法已经给萧鵉造成了足够大的心理阴影，不用求他的心理阴影面积大家也可以知道，萧鵉真正的要造反了。
当时的皇宫内，萧昭业的心腹仍然存在，所以隆昌元年（494年）七月二十日，萧鵉派遣萧谌和萧坦之等人在办公楼里面诛杀了曹道刚、朱隆之等人，总算彻底的杀光了萧昭业的心腹。然后他们三个人率兵从尚书省进入云龙门，王晏、徐孝嗣、萧坦之、陈显达、王广之、沈文季都跟着进来。萧昭业当时在寿昌殿，听说外面有变乱，便派人关闭内宫之中的所有大门，让太监到兴光楼上查看情况，太监汇报说：“看到有一个穿军装的人，后面跟着数百名军士，全副武装，在西楼下。”
不一会儿，萧谌带着士兵首先进入宫殿，将寿昌阁包围阻截起来。萧昭业跑到了爱姬徐氏的房间里面，拔剑自杀却没有砍中要害，用布帛包起了自己的脖子乘着小车出了延德殿。在殿中，派士兵前来保护自己。
但是士兵们准备抗拒攻击的时候，萧谌的一句话让他们放弃了抵抗，因为萧昭业的行径让他们也看不下去了，这货公开在宫里开妓院，世上除了管仲之外，没有人能够办到如此的地步。
萧昭业最终死在了萧谌的剑下，是年二十二岁。接下来就是安葬的礼数问题，萧昭文登基当了皇帝之后，以王礼安葬了萧昭业。次日，萧鵉借皇太后的名义下诏，追贬萧昭业为郁陵王，并提议立新安王萧昭文为皇帝。
七月二十五日，萧昭文即位，改年号为延兴，任命萧鵉为骠骑大将军、录尚书事、扬州刺史、宣城郡公，文武官员赏赐官位二等。次年十月，升萧鵉为太傅、领大将军、扬州牧，给予特殊的礼遇，进爵号为宣城王。虽然萧昭文是皇帝，但是仍然是萧鵉的傀儡。
同年的十月初十，萧昭文被废为海陵王，不久之后被杀。十月二十二日，萧鵉如愿以偿的当上了皇帝，但是这个皇帝可比前两位要成熟很多，但是相对的，他最终也是将国家领导向灭亡的皇帝之一。
萧鵉即位后猜忌同姓宗族，信任典掌机要的官吏，并且让他们去监视每一个皇族王侯。这样的结果只有一个，那就是萧道成的直系子孙被诛杀殆尽。萧鵉杀这些王侯都是有规律可循的，因为他首先派兵包围他们的王府，接着翻墙破门大喊着进入王府的庭院，把他们的家产完全的抄没。
当时并不是没有王侯反抗过这样的土匪式的抓捕方法。比如江夏王萧峰，这个人属于力气比较大的人，他在被抓捕的过程之中，徒手击倒了几个士兵，最后因为寡不敌众被杀死。和他形成对比的是建安王萧子真，他听到这样的喊杀声之后，吓得钻到了床底下，柯令孙将他拉了出来，还是没有饶过他的性命。
接着萧鵉又派中书舍人茹法亮去杀死巴陵王萧子伦，但是萧鵉很害怕这个家伙，所以委派典签华伯茂用鸩酒杀死他，萧子伦才只有十六岁，接过酒杯之后一饮而尽，临死之前很体谅这些官吏，他知道这些官吏都是随着萧道成和萧赜打天下的老人了。
萧鵉在位的这五年，表面上深居简出要求节俭，但是实际上的生活十分的奢靡。虽然停止了边境对中央的进献，但是还是不能说他是一位明君。
萧鵉晚年病重，他非常喜欢厌胜之术、崇信道教，将所有的服装都改为红色，还特地下诏向官府征求银鱼作为药剂。永泰元年七月三十日（498年9月1日），萧鵉病死，年仅四十七岁。
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