就在后秦势力顺利到达河西的时候，它的北部和东部地区却遭到了北魏军队的攻击。北魏是拓跋鲜卑人建立的国家。拓跋鲜卑人原起大兴安岭，后不断南下。淝水战后，386年其部落酋长拓跋珪纠合部众复建代国，同年改号为魏。在打败和消灭周围的一些部落后，拓跋珪基本上控制了代北地区。皇初三年（396）十月，拓跋珪进击中原，战胜了强大的后燕。两年后，拓跋珪定都平城，称帝改元，并正式定国号为魏，史称北魏。北魏和后秦互相接壤，都有吞并对方的欲望。早在后秦建初七年（392年），姚苌因收纳反叛拓跋鲜卑的没弈干部落，而与魏结怨。姚兴即位后，又重用逃亡到没弈干处的赫连勃勃，更激怒了拓跋珪。弘始四年十二月（公元402年1月），北魏以五万大军攻陷高平，没弈干与赫连勃勃南逃上邽（今甘肃天水）。魏军将高平的府库积蓄及所有牲畜洗劫一空，并将这里的百姓也尽数徙到平城（今山西大同）。同时，北魏的平阳太守又发兵侵入河东，从东部威胁后秦。还有一支北魏军队打败了西秦的附庸国黜弗、素古延等部。数路魏军一齐攻击，兵锋所及，一片废墟。后秦举国震动，长安城内人心惶惶，关中地区的很多城堡白天也不敢把城门打开。
姚兴不甘示弱，决定回击北魏。弘始四年（402年）五月，姚兴以大将姚平、狄伯支为前锋，带兵四万进攻北魏的并州（今山西地区）。他自己亲率四万七千人的后继部队，担任支援。两个月后，姚平等人拿下了并州的要塞乾壁。但是，拓跋珪的反应很快，立即倾兵来救，迅速将姚平反围在汾水东岸的柴壁（今山西襄汾南）。不久，拓跋珪又在蒙坑将救助柴壁的姚兴大军击溃。姚平身陷重围，逐渐矢尽粮绝。十月里的一天深夜，姚平准备突围与列兵汾西的姚兴会合，然而两人都把希望寄托在对方身上，仅有呐喊，而无接近敌人的实际行动。突围不成，姚平投水自杀。于是，两万大军敛手就擒。对岸的秦军坐视这场败亡，力不能救，皆哀号恸哭，声震山谷。姚兴向拓跋珪求和，遭到拒绝。魏军企图乘胜拿下蒲陂，取得河东。只是由于柔然突然骚扰北方，拓跋珪才被迫撤走。柴壁一战是对姚兴的一次重大打击，从此后秦再也无力东进与北魏抗争，实际上已经失去了夺取中原的希望。
弘始五年（东晋元兴二年，403），后秦向南方扩张领土，取得成效。当时东晋王朝内部发生变乱，荆州刺史桓玄从上游起兵，长驱攻入建康。桓玄逼迫晋安帝禅位于己，改国号为楚。桓玄之变，加剧了东晋统治集团的内部矛盾，一些不满桓玄统治的官吏北上投降后秦。他们为姚兴提供了南方社会虚弊的真实情况，加强了他南下用兵的信心。这一年，姚兴先后攻取了东晋的南乡、顺阳、新野等十二郡土地。
同年，后秦的军队还重创了仇池（今甘肃成县西）的割据政权，迫使仇池王杨盛送子为质，接受姚兴的封号。
弘始七年（405年），姚兴在长安开辟逍遥园，以此处作为僧人鸠摩罗什的译经场。鸠摩罗什之父为天竺人，娶龟兹女生罗什。七岁时，罗什随母出家。青少年时期，他曾游学罽宾、月氏等国，初学小乘，并旁通婆罗门哲学；后改学大乘，精研《由论》、《十二门论》等经典，称誉西域诸国。吕光平西域，携罗什至凉州。弘始三年（401年），姚兴出兵破后凉，迎罗什到长安。鸠摩罗什至长安，时年五十八岁。初住草堂寺，收纳僧徒三千人。姚兴待罗什以国师之礼，尊崇备至，常亲率群臣及僧众听他讲经。罗什在凉州十八年，因此通晓汉文。他发现汉文译经与梵文原经出入甚大，遂向姚兴建议重新译经。姚兴除为罗什开辟译经场外，还选名僧僧略、僧迁等八百余人为其助译。姚兴不但为罗什译经提供种种方便，有时还亲自参与翻译。他让罗什持梵文经本译成汉文，自己对照汉文原书，综合理义，进行考校。《广弘明集》中至今保留有姚兴同罗什等人探研经义的一些材料。经罗什之手，前后译经共有九十八部，四百二十五卷。在中国佛教史上，鸠摩罗什译经是件大事。龙树中观宗大乘学说的主要经典，由罗什最终译完；他还对小乘成实宗经典的翻译，作出了大量贡献。鸠摩罗什译经的态度比较严肃，力求译文典雅而又不失原意。从这个意义说，他的译经活动不但有利于佛教的传播，而且奠定了中国翻译文学的基础。
在姚兴的提倡和鼓励之下，后秦举国上下崇信佛教，一时寺院佛塔林立，仅长安一地的僧人就有五千多人，各地事佛的人达到“十室而九”的地步。姚兴倡导的佞佛之风，耗费大量物质财富，弄得储用殚竭，人民疲弊，严重影响关陇地区社会生产力的进一步发展。后秦的国力开始衰退，走上下坡路。
消灭南凉、占据姑臧以后，后秦在河西地区的统治遇到一定的困难。由于这一带从来不是羌人活动的地区，姚兴为保住姑臧，每年都得投入大量的兵力。除有一支三千人的常驻军外，大将齐难统率的四万步骑主要也是戍卫这里的。兵力紧张，再加上表面接受后秦封号的北凉国主沮渠蒙逊和南凉国主秃发傉檀都觊觎着这座要塞，姚兴感到压力很大。所以到弘始八年（406年），他已有意放弃姑臧。但是姚兴忽略了事情的另一方面。凉州刺史王尚到任五年，政绩突出。在远离长安，困守孤城的困难条件下，他轻身率下，躬俭节用，努力发展生产，安定人心，受到凉州各族人民的拥护。后秦政权对河西地区的统治正在日趋巩固。
这年六月，秃发傉檀为了讨好姚兴，特地献上三千匹战马和三万头羊只。姚兴认为在诸凉的国主中，唯有秃发傉檀最忠于自己。于是，他下令将王尚调回长安，改任秃发傉檀为凉州刺史。消息传到姑臧，许多凉州人表示反对。他们派遣凉州主簿胡威赶到长安，请求姚兴撤回成命，留住王尚。胡威埋怨姚兴因贪恋小利而舍弃一方土地。指出秃发傉檀心怀叵测，将河西五郡拱手送他，不但要给凉州百姓带来直接的损害，而且对后秦本土也潜伏着巨大的危险。姚兴意识到自己的失策，急忙派人纠正，但来不及了。秃发傉檀用在姑臧城南驻扎的三万大军，迫走了王尚。随着姑臧的丧失，后秦的势力逐渐退出河西，唯一保留下来的只是对诸凉名义上的领属关系。同年，姚兴的另一重大失误是将南乡十二郡归还东晋，极大地削弱了自身的力量。
弘始九年（407年），赫连勃勃建立的大夏政权突然崛起在后秦的北方，成为姚兴无法摆脱的威胁和灾难。赫连勃勃被拓跋圭打垮后一文不名，毫无力量。自接受后秦的封号、统领旧部以来，他的羽翼才日渐丰满起来。秦魏战后，姚兴为对付北魏，改任赫连勃勃镇朔方，并以三交五部鲜卑及杂虏二万余落拨他管辖。赫连勃勃实力大增，遂决定叛秦自立。弘始八年（406年），他把柔然可汗社献给姚兴的八千匹战马劫获，并以射猎的名义袭杀了岳父没弈干，并其部众。次年六月，他自称天王、大单于，建国号为大夏。在陆续打败一些部落和割据势力之后，赫连勃勃开始骚扰姚兴。十月，他连陷后秦的北部诸戍。有的部下建议他定都高平，赫连勃勃不同意。他认为专固一城，不能发挥骑兵高速度作战的特点。他要采取是倏来忽往的突袭战术，使姚兴疲于奔命，防不胜防。赫连勃勃的作法，果然奏效。在铁弗骑兵的袭击下，后秦岭北地区的城镇整天处于紧张状态，根本无法进行正常的生活。
弘始十年（408年），赫连勃勃又在青石原大败后秦军队，俘获和斩杀五千余人。姚兴不能容忍赫连勃勃的一再挑衅，开始筹划反攻。他首先改善了同赫连勃勃宿敌拓跋圭的关系，然后，命令大将齐难率领两万骑兵寻找铁弗人的踪迹，准备大战赫连勃勃。
后秦的兵力有限，姚兴本应全力对付主要敌人赫连勃勃。但是，在派兵北上的同时，他又派出以姚弼为主帅的三万步骑进攻河西，这就使得兵力过于分散。
姚兴有个侥幸心理：秃发傉檀一年前被赫连勃勃勃战败，名臣勇将消耗掉十分之六七，之后内乱频生，国力大衰。姚兴认为这是个打败秃发傉檀，重返河西的极好机会。为麻痹对方，姚兴声称姚弼的大军不针对南凉，它是配合齐难大军作战、防范赫连勃勃西逃而部署的。
姚弼到达金城，有个部下建议乘秃发傉檀犹豫不定，轻骑突进，掩袭姑臧，但是未被采纳。等到后秦兵至姑臧时，秃发傉檀已完全明白姚兴的意图，作好了设防。秃发傉檀把许多牛羊赶到野地，引诱后秦军队进行略抢。结果，秦将敛成中计，被打得大败，部下死亡七千多人。姚弼被南凉人围困在姑臧的西苑，水源断绝，形势危难。幸亏姚兴派去增援的姚显及时赶到，才避免全军覆没。姚显好言抚慰秃发傉檀，得以安全退兵。从此，秃发傉檀不再畏惧后秦，是年重新称王，大赦改元，设置百官，与后秦完全脱离领属关系。
北线作战的秦军遭到比河西更大的损失。赫连勃勃避开来势汹汹的齐难，将大军撤到朔方东北的河曲，然后利用后秦军队纵兵野掠的机会，潜师杀回。齐难猝不及防，败退途中被夏兵活捉，全军覆没。这一仗使后秦声威大降，岭北地区原附属于姚兴的部落和割据政权，纷纷转依赫连勃勃。
弘始十一年（409年）正月，姚兴重新调整兵力，派出以其弟姚冲为主帅、大将狄伯支为副帅的四万骑兵袭击赫连勃勃。不料，事情中途有变，姚冲企图回兵长安，夺取政权。狄伯支拒绝参与阴谋，被姚冲毒死。事变虽被姚兴迅速平息，但是预期的军事目的没有达到。三个月后，赫连勃勃却成功地袭击了后秦的平凉，抢虏人口七千余户，并进屯平凉以南的依力川。
九月，姚兴倾兵来到依力川附近的贰城，要与赫连勃勃决一死战。赫连勃勃先发制人，乘后秦人马尚未完成集结，猛地袭击贰城的姚兴老营。姚兴面对如潮似涌的大夏铁骑，一时懵头转向，竟然准备丢下大军，逃到担负粮运的后军那里。在群臣的苦谏之下，姚兴没有走成，但他的举动已铸成大错。秦军本来就惧怕大夏铁骑，主帅的临阵惊慌，更加重了恐怖情绪，结果又被赫连勃勃打败。在姚文宗等勇将的死战之下，姚兴得以败还长安，幸免罹难。夏军乘胜洗劫了周围的郡县，将当地七千余户北徙到大城（今内蒙杭锦旗东南）。
赫连勃勃把南下骚扰姚兴作为既定国策，导致后秦与大夏间的战争频繁发生。此后一直到姚兴病死，在双方的战斗中，后秦很少有获胜的机会，而骁骑风驰的夏人却使平凉、杏城、定阳（今陕西延长县南）等重镇几度易手，先后消灭秦军近十万人，抢掠人口两万多户，牲畜财产不计其数。一而再的战争失利和姚硕德、姚绪、尹纬等著名文臣武将的相继去世，使姚兴的处境日益困难。为了避免更多的人口落入赫连勃勃的手里，姚兴将数千户边镇居民安置到内地陈仓（今陕西宝鸡市东）。为了集中兵力，他将增援南燕的军队撤回；为了弥补国用不足，他增加在关津渡口的商税，甚至对盐竹山木，也巧立名目扩大税收。姚兴的这些措施，并没有帮助他摆脱困境。撤回援燕的军队，造成东晋迅速攻灭南燕，转而威胁后秦；增加税目，极大地加重了人民负担，激化了阶级矛盾。姚兴饮鸩解渴、杀鸡取卵，为自己酿成了新的苦酒。
弘始十四年（412年），后秦颍川太守向姚兴报告说，东晋在边境附近的芍陂（今安徽寿县南）一带屯兵，应该及时采取措施。姚兴认为，东晋积弱，不敢轻开边衅，所以虽然与臣下讨论了有关烧粮掠野的防御措施，实际上却没有执行。他低估了刘裕收拾政局的能力，更没有想到对方在灭掉南燕后，已有吞并关陇的设想。
这一年，原附属于后秦的仇池王杨盛派兵侵扰祁山。姚兴派出四路大军，分别从鹫峡、羊头峡、洴城出发，反击杨盛。姚兴本人亲自带领五千骑兵，从雍县奔赴陇口与诸军会师。在战斗中，由于一位将领畏懦不进，其他军队失去配合，结果被杨盛击败，姚兴无功而还。有位臣下把这次失败解释为杨盛占了地势险固的便宜，其实更主要的原因还是后秦国力的衰败和军纪的涣散。
