两年一度的世界超能力大赛召开，王搏与同伴参赛途中挫败狼盟杀手，得到了米尔扬源晶宝藏的线索。
王搏力压群雄，取得大赛第一名成绩。三人实力也得到提高，即将离开大赛举办地海底城。而这时城外不远的米尔扬源晶矿遭到反派势力骷髅会的袭击，其目的是抢夺刚发现的海蓝天晶。
星雨晴等人共抗骷髅会，最终海蓝天晶被抢，王搏发现了骷髅会跟制造生化兽有关，决心追查到底。
在冰原取得米尔扬家族源晶宝藏的晶石和武器，得到虫洞坐标星图。九所获得充足的地阶晶石，重启核心能源室。王搏和星雨晴韩楚在九所夏琳的帮助下展开对骷髅会的追查。
特勤队发现嘉海市人口神秘失踪，王搏韩楚等前去调查，发现有堕落的超能力者暗中劫掠人口，抽取人类的灵魂，做某种邪恶的实验。
王搏、韩楚、星雨晴等人隐藏身份进入辰星科技集团深入险境，和幕后黑手骷髅会的地下势力历经激战，终于消灭了这股势力，而调查结果隐隐指向世界上举足轻重的组织—极道科学联合会。
王搏韩楚等找到九所前辈科学怪人古无畏，取回九所核心的青木天晶，并得到他的指点，战力进一步提高。
与此同时，神秘的骷髅会领袖利用黑水天晶他派出部下斯托克顿和道格拉斯率领生化兽前来抢夺天晶，并寻找星图的下落，双方展开激战。王搏等少年英雄多次挫败骷髅会的攻击。王搏和雨晴在无数次并肩作战中相互倾心。
而此时，极道科技联合会莱克特和拉斐尔博士，索伦斯博士等联手终于发明了灵魂抽取合成技术，灵魂合成工厂产生。
由此世界格局发生大变，对灵魂晶石能源的渴求引发了骷髅会及极道科学联合会疯狂地向人类社会进攻，圈养奴役人民，争夺灵魂生产者。
莱科特和拉斐尔等利用机械兵团奴役人类，建立灵魂工厂，以图用灵魂精炼器收集足够用的灵魂合成能量重返白松茸行星。
索伦斯博士另外一个身份是超能力者联盟的宿敌骷髅会元首，他也趁机组建堕落超能力者和生化兽兵团建立势力，同样使用灵魂精炼器合成晶石，并且开始占领地球上各国，与极道科学联合会双方达成暂时联盟。
人类社会危急，超能力联盟和残存人类固守华夏区域和几个大城市，夏琳罗汉等研制出威力巨大的能量枪械装备人类阵营军队抗衡两大势力。
王搏等少年英雄浴血奋战，夺取落入两大势力手上的天晶，以及摧毁残酷的灵魂合成工厂，华夏军逐渐击败机械兵团和生化兵团，拯救地球人类社会。
索伦斯博士和梅菲斯托融为一体，他们在内奸花家的协助下得到星图，在距离太空虫洞通道最近的火星上建立了基地。并发射定位信号，召唤黑翼星殖民者军队穿越虫洞。
王搏、齐桓、韩楚、雨晴等追击而至，摧毁火星基地，与索伦斯博士决战。而黑翼星殖民军团正通过虫洞入侵，危急关头齐桓闯入虫洞燃烧并引爆灵魂，强大的力量使虫洞扭曲关闭。
众悲伤，王搏悲愤欲绝发挥全部实力，最终在人类阵营的帮助下战败并消灭了索伦斯及其帮凶花家，地球迎来了和平。全书完。
