1857年9月，洪秀全迫于形势的恶化，遣使请石达开回京，石达开上奏表示不会回京，但会调陈玉成、李秀成、韦俊等将领回援，并以“通军主将”身份继续为太平天国作战。洪秀全诏准了这一方案，天京官方遂承认石达开此后的作战是太平天国的远征活动。
此后，石达开先后转战于天京外围的闽、浙、赣等省，牵制大量清军，缓解了天京、AH两地的军事压力。
1858年，清军乘太平天国内讧之后，重建江北、江南大营。4月，洪仁玕捻转到达天京，被封为干王。
1859年年春，石达开入HN发动“宝庆会战”，欲取上游之势，再下趋HB配合AH太平军作战，并伺机分兵入川。彼时湘军正计划分兵三路进攻安庆，闻石达开长驱直入HN腹地，军心全线动摇，只得将因势利导，全力援湘。面对湘军的重兵驰援，石达开孤军作战，未能攻克宝庆，被迫退入GX休整。
1861年年9月，石达开自桂南北上，为北渡长江，夺取CD，建立SC根据地，转战蜀、黔、滇三省，先后四进SC并于1863年4月渡过金沙江，突破长江防线。但为大渡河百年不遇的提前涨水所阻，陷入重围，多次突围不成。时任SC总督的骆秉章遣使入太平军中谈判。经协议，太平军自行遣散四千人，剩余两千武士保留武器随行，在石达开被押往CD后，清军背信弃义，两千太平军被屠戮。1863年6月27日，石达开在SCCD被凌迟，余部坚持战斗。
1858年（清咸丰八年）9月，陈玉成、李秀成率军攻占浦口和扬州，大破清军江北大营。清军乘太平军东下，攻AH据太湖、扑安庆，李续宾率湘军连陷潜山、桐城、舒城，攻三河镇，进逼庐州（合肥）。陈玉成率兵救援，李秀成援军继进。11月14日，陈玉成部攻克三河清营，次日两军决战。太平军歼清军六千人，击毙李续宾（一说自缢）、曾国华。清军从安庆外围撤走。
1860年2-5月，李秀成在第二次击破清军江南大营后，乘胜攻下JS南部多个地方。
1861年，太平天国部署第二次西征，计划以陈玉成、李秀成两支主力分别从长江南北进攻武昌，以援救安庆。陈玉成进军迅速，一举攻克黄州，直逼武昌，此时英国外交官巴夏礼面见陈玉成；要求太平军撤军，由于李秀成部进军迟缓，太平军并无把握在短期内攻下武昌，及湘军加紧对安庆的围攻，陈玉成决定命部下赖文光率部队军队留在武昌附近，继续等候李秀成部，本人率主力返回安庆。
李秀成进至HB东南部，在附近地方招兵30万人，得知东线太平军作战不利，又听说陈玉成已经返回安庆，遂放弃进攻武汉三镇，改向东进军，与李世贤部共同攻下ZJ大片土地。
陈玉成回救安庆，洪仁玕、林绍璋、吴如孝、黄文金等也来配合作战，失败；6月集贤关、赤岗岭失守，8月陈玉成与杨辅清等夺回集贤关，再救安庆，为清副都统多隆阿部所拒。
1861年9月，曾国荃攻克安庆，太平军守将叶芸来、吴定彩及全军1.6万余人全部战死。
1862年1月，李秀成率军攻SH清军和洋人联合抵抗，由美国人弗雷德里克·汤森德·华尔组成洋枪队（后改为常胜军）阻击太平军，太平军久攻仍未能占领SH此战引起控制SH的西方列强不满，加上有教徒指称太平天国根本为异端，其说词诡异，不但不符合罗马公教或新教教义，反而是对基督教的侮辱和亵渎，再加上太平天国影响欧美各国在华利益，西方各国对太平天国运动转向反对。5月，陈玉成在寿州被叛徒苗沛霖逮捕，押送清军胜保。同年6月陈玉成被清军处死。
1862年（同治元年）6月，洪秀全命令各地太平军回援天京，太平军集结二十万人兵力，10月起大战湘军四十多天，未能取胜。12月，李秀成奉命北渡长江。同年李鸿章攻JS南部，左宗棠攻ZJ1863年12月4日，苏州守将谭绍光被部下杀死，苏州失守。
1864年5月11日，常州失陷，太平军守将陈坤书被俘牺牲。自此淮军与金陵湘军联络畅通无阻也。
1863年12月21日，天京外围要塞尽失，并苦缺粮食，忠王李秀成建议“让城别走”，洪秀全不准。
1864年6月1日，洪秀全在多日以野草充饥后病逝，幼天王洪天贵福继位。7月19日天京失守，随后清军屠城，许多平民百姓被杀，其惨况无可描述。湘军攻破天京后太平军放火烧城，湘军在大肆抢劫后也到处纵火。
李秀成、洪仁玕护送幼天王突围。李秀成让好马给幼主，混乱中与幼主失散，于同月22日在南京城外方山被俘，亲书供状数万字后（《李秀成自述》），于8月7日被曾志鸿处死。
1864年7月29日，突围至广德的幼天王洪天贵福被湖州太平军守将黄文金迎入，临时驻跸。8月28日黄文金、洪仁玕主动弃城突围。9月5日护送幼天王走宁国，遭敌截击，转走ZJ昌化途中黄文金因伤而死。10月JX石城一役，全军覆没。幼天王洪天贵福在JX石城荒山山洞被搜俘，11月18日在南昌被凌迟处死。
