小雨和小霞走两天的路程之后来到了阿露福遗迹。小雨和小霞向着前方前进着。看到了周围的人都在挖掘化石。小霞说那是什么骨头啊？
就在这个时候大木博士过来说那是化石翼龙的化石。小雨和小霞说大木博士。大木博士说化石翼龙尾巴的尖端是像那个样子尖尖的。等大木博士说完。
小雨和小霞跟着大木博士一起走。大木博士边走边说我的出现是不是让你们多绕远路啊？小霞说从没有那回事了，这样走才会更加有趣了。
小雨说博士，你说过有东西给我们看是不是啊？博士说我的学生在这里，他说有惊人的发现，要我不管怎么样一定要抽空过来看一下。
小雨等人走了一段路之后终于到了目的地。工作人员说大木博士，太好了。你终于来了。博士说真是好久不见啊，佐川同学。我来介绍一下，这位是在彩虹大学选修我的课的佐川同学。
小雨和小霞说你好。佐川说大木博士，这些孩子是...博士说你有惊讶的发现，我就顺便带他们过来看看。佐川拉着博士向另一边走了过去说话。
小雨知道那惊人的发现就是己经绝种的神奇宝贝菊石兽和多刺菊石兽。等博士和佐川交谈之后。小霞和小雨的再三恳求之后佐川才勉强的答应了小雨和小霞。接着小霞看到那边的人正在做什么事。
小霞说那边是做什么呀？佐川说那边是正在清理化石上面的泥土。用毛刷也刷不掉的泥土。与不存物质就用哪个喷射水流来清除。然后用电脑分析洗干净的化石调查看看是那个生物的那个部分。工作人员说又故障了，怎么了？佐川说最近的水源很不稳定。水是采掘作业中非常重要的东西啊。
博士说水源在哪里啊？佐川说在后面的森林深处。那个地方有非常丰富的地下水源。是从那边引过来的。接着佐川带领着小雨等人参观研究所。
博士说佐川专研的是神奇宝贝的古代时。佐川说是的，怎么样？是不是很多了？这些都是古代神奇宝贝的全身骨骼。小霞说是镰刀盔耶。佐川接着说神奇宝贝的出现大概是从两百万年前开始。这个理论的依据来自发现镰刀盔化石的那个地层的年代。所以我的看法是出现的时间应该还要更早才对。大木博士说如果我没有记错的话，你的毕业论文好像也是类似的主题。佐川说那个时候开始我就提倡的海洋神奇宝贝的起源说一直都没有改变。小霞只要一听到水系神奇宝贝有关的事情就高兴了起来。小霞说海洋神奇宝贝起源说。佐川说一切的生命起源就在大海。所以代表神奇宝贝的路程的根源一定也在大海里面。小霞说你的惊人发现是不是说有新的水系神奇宝贝吧？佐川说你怎么突然这么兴奋。小雨说小霞只要一听到水系神奇宝贝的事情就很兴奋。佐川说原来如此啊。
接着佐川带领小雨等人来到了一处门里。佐川说那么现在我来带领各位回到两百万年前的世界。接着佐川按下了开关，等门开了之后。小雨发现神奇宝贝两百万年前的世界跟自己原来世界中的恐龙时代前一样。佐川带领着小雨等人进入了。小雨等人不久发现化石翼龙。大木博士说那个是？佐川跟解释大木博士说这是依照古代神奇宝贝的最新资料以及最先进的动画电子技术做出来的化石翼龙。小霞说也就是机械人喽。博士说做的太好了。
小雨说这个到底是？佐川说这里就是古代神奇宝贝公园，重造古代神奇宝贝生活环境的、娱乐兼学术的空间。由于调整系统要花很多时间所以还没有对外开放。小霞说太好了，我们能在开放前进来参观，真是太好了。
突然火山发出了浓浓的烟。佐川说我说过要重现那个环境的，古时候的大陆受到频繁的火山活动的影响，大地有时候会沉入或是冒出大海。大木博士说由于那个变动也给生命的进化带来非常巨大的影响。接着佐川带着大木博士一行人来到了海滩。
小霞说那个岩石在发光耶。小雨说真的耶，还不可思议啊。大木博士说那个是发光青苔。小雨说发光青苔？佐川说太古的时候的海边有很多这种东西，这是我们从化石分析中了解的。小霞说什么都能了解啊？佐川说只是这个时代还有很多生物，这个布景是按照发现化石的时候的情况仿照的。那个化石镰刀盔是在獠牙刺入猎物的情况下发现的，也因此我们才能够渐渐了解当时生态系的结构。
小雨说你说的大发现是指这个。佐川说你们末免也太性急了吧。大木博士说不瞒你说，我也想赶快知道。佐川说不用太着急。只要站在这里那个大发现会自己出现的。各位这里是完全仿照两百万年前的海岸地地方。你们要仔细看清楚了。
突然从水里出来了多刺菊石兽跟菊石兽。小霞说做的好像真的。等菊石兽、多刺菊石兽从水里出来的时候。小雨知道那就是真的神奇宝贝。虽然众人都知道小雨有多刺菊石兽跟菊石兽。但是很惊讶，没有想到在这里也能够遇到己经绝种的神奇宝贝。佐川过去逗多刺菊石兽。大木博士说难道这是...佐川同学，这个多刺菊石兽跟菊石兽难道是...佐川说没有错，大木博士就是你猜的那样。大木博士说这是活的，感到很稀奇。在自己的研究所里有小雨送来的化石神奇宝贝，但是在CD地区也有化石神奇宝贝感到很稀奇。佐川说没有错，全都是活的。
小雨说请问你在那里发现的了？虽然小雨知道其他地方还有但是还是附和的说了一声。佐川说你们不要那么着急啊。一次问一个问题就行啦。
这时大木过去抚摸着多刺菊石兽。佐川见到大木博士抚摸多刺菊石兽说大木博士。大木博士说我太感动了，没有想到除了在关东地区的化石神奇宝贝之外还能在CD地区碰上真正的化石神奇宝贝。没有事的，对不起。吓到你们了，我当初之所以开始研究神奇宝贝原因就是因为看了菊石兽的化石。我在博物馆看到的贝壳有着非常美丽的螺纹。看到他们就像看到了怀念很久的老朋友。
佐川同学你是在哪里发现这个菊石兽跟多刺菊石兽的了？佐川说其实当我注意到的时候，你们己经跑进这里了。不知道这里住起来是不是太舒服了。他们都没有离开的意思。既然他们中意这个环境我就决定在这里观察他们活化石。
小雨说如果这里开放的话，那一定会造成恐慌的。佐川说我就是因为这样才找大木博士商量对策。博士说这个地方刚好成了培育他们的最佳环境。小雨说大木博士，我想其他地方还有很多的多刺菊石兽跟菊石兽吧。大木博士说是啊，说完佐川带着小雨等人来到了监控室里。
大木博士说你在这里进行菊石兽跟多刺菊石兽的观察啊。佐川说是的。这些监视器本来是用来做保全的。现在成了24小时的观察器。小霞说到他们可爱的样子，我的心也跟着很安详。小雨说奇怪，平时你看到水系神奇宝贝的时候都会吵着要抓起来的。
小霞说可是...他们是好不容易从古时候存活下来的。想到这里我就不忍心抓他们了。小雨说你说的有道理。小霞的心情我可以理解，太惊人了。是不是啊，波克比、太阳精灵。这里跟古代的世界一模一样。大木博士说这些小家伙到底是从哪里过来的了？
突然从水里面出来了一只菊石兽。小雨一行人很惊讶还有另外一只菊石兽，突然从另一个监视器里看到了多刺菊石兽有两只。小雨说水是从哪里引来的了？佐川说刚才跟大木博士提过得后山的水源。突然一个工作人员跑进来说佐川主任，糟糕了。佐川说怎么了？工作人员说设施内全部的供水全都中断了。
大木博士说佐川同学，带我们到水源去。然后，佐川带着小雨一行人来到了后山的水源处。来到了水源处发现是亚玛多跟小三郎在搞鬼。佐川说你们是什么人啊？
既然你诚心诚意的指教了，一般人是不会回答你的。那我就特别破例告诉你的，为了防止地球被破坏。为了保护地球的和平，贯彻爱与诚实的邪恶。俏皮又诙的反派角色。亚马多、小三郎。我们是穿梭在宇宙的火箭队，粉红色的明天正等着我。
小霞说你们看，好多的多刺菊石兽跟菊石兽被抓住了。小雨说你们不要那么嚣张。去吧，太阳精灵。亚玛多说你不要自以为是，上吧。黑鲁加。小三郎说上吧。暴王花。小霞说我也来，蚊香娃。小雨说这次暴王花你是好久得到的了！小三郎说当然是从基地里面得到的了。小雨说好了，太阳精灵使用影子球。黑鲁加避开使用喷射火焰。蚊香娃使用水枪绝招。暴王花使用麻痹粉。太阳精灵使用念力将暴王花给控制住，小霞叫蚊香娃使用水枪绝招。黑鲁加使用喷射火焰。小霞正要叫时可达鸭出来了。
正在这个时候喷射火焰射到了可达鸭的头上。可达鸭乱跑就在这个时候可达鸭眼睛发亮了。小霞说可达鸭使用化石功。就这样太阳精灵使用影子球、利欧路使用了能量球。蚊香娃用了水枪绝招将火箭队给打飞了。
就这样小雨等人看到了很多的多刺菊石兽跟菊石兽。众人将它们放回了湖里。让他们自由的生活。就在小霞放回去的时候神奇宝贝球将其中的一只菊石兽给收服了。小雨说小霞，既然是不小心收服了，那你应该好好的对菊石兽啊。小霞说好的。
就这样众人知道菊石兽跟多刺菊石兽还没有灭绝回到研究所里。小雨跟小霞告别了大木博士等人继续向着圆朱市前进。
