小雨和大木博士等人终于回到了真新镇。小雨跟小智一行人分开了。小雨和大木博士一起回到了大木研究所。走了一段路之后到达了大木研究所。发现小茂己经出去训练了。
大木博士问小雨接下来要去哪里旅行了？小雨说我想等一个星期之后去橘子群刀参加橘子联盟胜利者杯。大木博士说那么小雨麻烦你在橘子群岛的岱柑岛帮我办一件事情好吗？我希望你能够帮我拿回岱柑岛上的神奇宝贝学者内幕博士所得到的神秘神奇宝贝球。小雨说博士，请他传送给你就好了啊。博士说问题是没有办法传送啊。小雨说那么博士我休息两天就带着一些神奇宝贝们出发。博士说好的，小雨。
小雨在大木研究所休息了一天。第二天一早，小智一行人来到了大木研究所。小智的妈妈跟大木博士借了大木研究所的后院举办派对。大木博士也就答应了。过了两个小时。邀请了真新镇的居民些来参加派对。大木博士说庆祝小智在神奇宝贝联盟石英大会打进16强。也庆祝小雨在神奇宝贝联盟取得优秀的成绩。干杯。
然后大家都喝了起来。小雨跑到小智一行人面前跟小霞说我们要不要放出神奇宝贝出来一起庆祝了？小霞说是啊，我们的神奇宝贝也有做了很多努力。小刚说好啊，出来吧，大岩蛇.小拳石.超音蝠.六尾出来吧。小霞说可达鸭.海星星.角金鱼大家一起出来吧。小雨说去吧神奇宝贝球。小智说出来吧比比鸟.杰尼龟.妙蛙种子出来吧。喷火龙出来吧。还没有等小智放出喷火龙到时候，小霞叫住小智。小雨说小智你就不要将喷火龙放出来吧。等和我的喷火龙打了一场之后有可能会有所变化。小雨于是叫伊布将喷火龙带过来。
过了几分钟之后，小雨叫小智来一场喷火龙的对决。小雨和小智在宴会结束的时候，小雨跟小智来到了大木研究所的后院，小雨问你准备好了没有呀？小智。小智说好了。
那么喷火龙拜托你了。小智扔出了神奇宝贝球。喷火龙出来没有兴趣，只见面前有一只颜色不一样的喷火龙。小雨说喷火龙对着小智的喷火龙使用喷射火焰。小智的喷火龙见状之后还给了小雨的喷火龙。喷火龙对着小智的喷火龙使用龙之怒。龙之怒以火球的形式打在了小智的喷火龙身上。小智的喷火龙倒在了地上。想要爬起来都不可以。于是小雨跟小智说小智你现在可以好好地训练自己的喷火龙了。经过这一次的经验的话也许会更加的听话。说完，小雨就回到了大木研究所里。
第二天，小雨走出了大木研究所，向着自己的神奇宝贝们走了过去。挑选了哈克龙.比雕.暴鲤龙.蚊香蝌蚪.水精灵.哥达鸭还有波克比一起从大木研究所出发。
走了一段路之后来到了常磐森林的时候，途中遇见了一群烈雀，小雨跑到了烈雀飞往的地方。到达了那个地方，小雨发现烈雀跟波波在争夺地盘。小雨觉得波波太可怜了。于是想拯救波波。于是放出了比雕，比雕去帮助你的同伴吧。比雕飞上天空跟大嘴雀战斗。最后是比雕赢了。
比雕飞到了小雨的身边。小雨说比雕你还是留在这座森林里吧。好好地保护你的同伴些吧。我会从橘子群岛回来的时候看你的.你也可以等平静了之后飞到大木研究所里等我。快回去吧，比雕。你的同伴还在等着你了。比雕飞到了天空带领着自己的同伴守卫自己的家园。
就这样小雨依依不舍得和自己的比雕告别了。继续向着海边走去。小雨走了一个晚上的时间，第二天小雨来到了一个小卖部。小雨进去买了一些在路上吃的东西。出来的时候，来到了海边。放出了哈克龙。小雨说哈克龙带着我去橘子群岛的岱柑岛。
在飞往岱柑岛的路上小雨遇见了一大群巴大蝴。小雨于是想有没有自己的巴大蝴。就在这个时候2只巴大蝴飞到了小雨的身边。小雨知道那就是他的巴大蝴。小雨对巴大蝴说巴大蝴你和你的女友如果找不到适合的地方的话，就到大木研究所那里去产卵吧。
说完巴大蝴跟巴大蝴群一起飞走了。就这样小雨继续让哈克龙飞往岱柑岛的方向前进。就这样小雨在哈克龙的背上飞行了1天的时间到达了岱柑岛。
来到了岱柑岛上，小雨收回了哈克龙，小雨走了一段路之后，看到了一所神奇宝贝中心。小雨走进了神奇宝贝中心。进了神奇宝贝中心之后小雨说午安。乔伊小姐走了过来说欢迎来到神奇宝贝中心来。小雨说乔伊小姐请问内木博士的研究所是在哪里啊？乔伊小姐说研究所啊，我告诉你。就是前面的那条路直直走到底的白色建筑物就是了。小雨听完乔伊的话走出了神奇宝贝中心。
根据乔伊小姐说的路线走了一段路之后来到了内木博士的研究所，小雨走进了研究所说打扰了，请问有人在吗？这时突然地面的地板打开了。幸亏小雨知道原剧中小智就是被这三个人给吓到的。其中一个人说你是客人吗？请问有什么事啊？小雨说不好意思。打扰了，请问内木博士在哪里啊？是这样的，大木博士他找我来这里的。她们说要找博士的话，他在后面的海湾，照顾神奇宝贝了，我们来带路。
走了一段路之后小雨跟着内木博士的助手来到了海湾，看见一个女人正在海边喂神奇宝贝。这时她们说博士，大木博士派来的人己经到了。接着内木博士骑着暴鲤龙来到了岸上。内木博士说你好啊，我就是内木博士。
接着博士带着小雨回到了研究所，内木博士说这个就是神奇宝贝球，小雨说这个是金色跟银色组成的。我从来没有看过这种神奇宝贝球，很不可思议。内木博士说我是偶尔间得到的，以前从来没有看过这种，小雨说这个是什么呀？上面好像有字。内木博士说虽然不好认你看那上面很像英文字母GS吧，所以我们称它为GS球。小雨说听大木博士说没有办法传送。内木博士说打开传送开关。等闪光消失之后，神奇宝贝球还在传送装置上面。
内木博士说当然我们试过很多办法，用电锯.用铁棍.用钻孔器.用镭射枪，用什么办法对付这个神奇宝贝球都没有用。最后我想这个特意的东西只有神奇宝贝的大学者大木博士才能够处理。所以我就请你来了。来，小雨。那么一切就拜托你了。
小雨接过GS球，给大木博士打电话。大木博士说喂，我是大木。小雨说大木博士好，博士说这不是小雨吗？小雨说博士，我现在己经在内木博士这里了，你看，这个就是GS球。然后内木博士跟大木博士聊了研究。小雨在等内木博士和大木博士说完，小雨说博士，我想将丑丑鱼和迷你龙传送过来。我想带着他们一起旅行。我将哈克龙传送回去。博士说好的。对了，小雨啊，小智看见你去橘子群岛去挑战橘子胜利者杯，小智就去橘子群岛去找你一起旅行。小雨说原来如此。说完小雨将哈克龙的神奇宝贝球放上了传送装置上面，只见闪光消失之后，神奇宝贝球也交换完成了。
小雨将神奇宝贝球放进了背包。跟着内木博士来到了后院，小雨说这里是庭院吗？内木博士说没错，为了正确地观察神奇宝贝的生态，必须有这么大的地方才可以。小雨看到了橘子群岛的神奇宝贝跟关东地区的神奇宝贝都不一样，内木博士说这里了距离你们居住的城市非常非常远的南方小岛。由于气候.水土.环境的不同，神奇宝贝也有着微妙的差异。我就是实际在饲养，把神奇宝贝的差异记成资料。小雨说那么这里的神奇宝贝全是博士饲养的吗？内木博士说没错，这些神奇宝贝都是我非常可爱的孩子，接着小雨跟着内木博士回到了研究所。
小雨在内木研究所休息了一个晚上，第二天一早小雨离开了内木研究所，向着海边出发。到了海边小雨放出了暴鲤龙，小雨说暴鲤龙我们向着海边游过去吧。就这样小雨的橘子群岛的旅行就此开始了。
