故事发生在万物初生，盘古开天辟地之后，大地一片荒凉，猛兽割地为据，昆虫挖山覆土，以致民不聊生，怨声载道。后来人们开始三五成群，集众而居，形成初期的原始部落。共同捕杀泽地野兽，河塘怪鱼，飞天禽猡，团结使他们渐渐成为大地的主宰者。
然而各部落势力日益扩大，矛盾因而并生，部落之间战事连连，势单力薄的部落开始相互结盟，立下盟约，共同进退。从此部落势力之间得到平衡，各据一方，不相往来。
太平盛世中的生活水平渐渐得到提高，人民安逸度日。就在这时，他们眼见身边的人一天一天老死，意识到生命的短暂，开始懂得居安思危，想方设法得到长生不死之术，霎时间出现了史无前例的求生热潮，各种稀奇古怪的灵丹妙药，神秘诡异的巫术蛊术，千变万化的法术幻化风行一时。
因此，人类逐渐分裂成三大种族：一种练气求仙，修成正果，是为神也；一种问道寻越，走火入魔，是为魔也；最后一种依然平庸安逸，享受短暂人生，是为世人也。
可是，三界虽称神人魔，但终究还是人的体质，逃不出寿命的界限，只是神人练气，魔人巫术诡异，以至寿命较长罢了。
此时，三界初定，神界、人界、魔界各执己见，各自为政，共享太平。魔界老祖浑沌便用他的魔法将三界划分开来，从此三界各自生活在不同地方。
天下合久必分，分久必合。魔界老祖浑沌妄自尊大，自以为武功高强，法力无边，遂要求人间归顺魔界，神界原始老祖伏羲自然不同意，说“三界本为人，理应顺应民心，各分天下。”魔界不可得，老羞成怒，从此神魔两界誓不两立，激战百年。
期间，人间百姓崇尚和平，清净无为，误听两界争夺，人心惶惶，作舍道旁，不知归心何处。
两界相争多年，元气大伤，此时人间部落联盟首领黄帝偏向神界，愿助神界一臂之力，借兵对抗魔界。
部落联盟兵部总帅蚩尤却突然发动九黎部落投奔魔界，黄帝无何奈何，只好跟蚩尤在涿鹿大战数十年，终于战胜蚩尤九黎部落，可是眼下魔界兵力越盛，已无力回天，神界伏羲跟人界黄帝亦只好做垂死挣扎。
抗战数年后，人界的黄帝阳寿已尽，已登极乐。传位于尧，尧帝乃修真练气之才，得神农倾囊相授练化之术，在群臣的辅助下研发出各种法术，暂时勉强能克制魔界的壮大势力，可惜尧帝也非神人，同样老死去。
然而传位于舜（第一世佛祖），舜帝一生忠廉礼孝，深得群臣拥护，君臣承继上代帝王遗志，竟出乎意料地研发出长生不死之术－休禄术。
可舜帝坚信身体发肤受于父母，既然双亲已亡，自己也应当命赴黄泉，尽孝之道，遂将此术视为禁术，舜帝自然没有修练过此术，亦亡，传位于禹。
禹帝亦继承历代帝王遗志，一心为民抵抗天灾人祸，从神界散仙中偶得封印卷轴秘诀，配合尧帝练化之术，竟能尽封世间万物。
神界伏羲得知此消息，邀请禹帝共商破敌之计，神界伏羲说：“昔日世间早已太平，奈何我等寻仙问道，破坏了自然规律，以至天灾人祸，战事连连。我等理应为此负起所有责任。听闻帝禹练有神功，能将万物尽封，未知帝禹能否帮我等一个忙？”
禹帝自然应诺，不料神界伏羲说：“望帝禹将神魔二界、仙术法术等一并封印，让世间周而复始。”禹帝被神界众神的悲壮行为感到万分感慨，含泪应允。
最后禹帝启动封印卷轴，将神魔二界和所有超自然法术一并封于九鼎之内，从此，世间恢复和平，天灾亦消。世人感激禹帝的功绩，部落归依，民心归傍，推举禹帝成为华夏第一国君，夏朝因而建立。
然而夏朝末年，八方诸侯的背叛，四藩作乱，是天道所致，还是......
