革命、宪法和建立总统制
美利坚目前的武装斗争的道路是一条求公正、争自由、顺人心的道路。
——约翰·维塞斯彭（John witherspoon）牧师普林斯顿大学，1776年5月17日
你们欧洲诸国，如果继续实行宗教压迫，将自食其果。你们如此冥顽不化，将来迁居到美利坚的千里沃野、健康乡村和繁华都市的成千上万你们的子民，将会让你们想到你们今天的信仰空虚和失误，到那时你们再想挽回损失就为时晚矣。
——“一个社会和自由的朋友”
《宾夕法尼亚报》，1788年7月23日
他们的第一次冲突就是宗教信仰引起的。1774年9月6日，星期二，开国先贤们聚集在费城切斯纳特街上的一座典雅的乔治亚式的砖楼——卡彭特堂（caenter’s Hall）里，举行大陆议会的开幕仪式，一个来自波士顿的律师托马斯·克行提出动议：仪式开始时，与会代表先念一段祈祷词。此议遭到来自纽约的约翰·杰（John Jay）和来自南卡罗莱那的家境富足的律师兼种植园主约翰·那特莱杰（John Rutledge）的反对。约翰·亚当斯在给他的妻子爱比盖尔（Abigail）的信中说，他们反对的理由是“我们这些人中的宗教信仰种类太杂了”——议员中有英国国教徒、信众会信徒、长老会教徒和其他各种教派——“我们不可能用同一种方式祈祷”。
杰和那特莱杰这两个富足的英国国教教徒反对祈祷是件令人意外的事，这可能暴露出他们信奉的英国国教对其他基督教派的歧视。后来成为华尔街上三位一体教堂主持的杰和查尔斯顿基督教堂教区首领的那特莱杰都是虔诚的教徒，他们可能认为一个由各色人等参与的祈祷仪式会将所有教派放在平等的地位，继而赋予所有教派以同样的尊严和合法性。他们主张不搞祈祷、直接举行仪式的理由——“我们中的宗教信仰种类太杂了”——在已经超越了基督教各教派的多元化，进入了不同宗教的多元化，其中还包括信仰不同宗教和宣称不信奉任何宗教的选择的今日美国，这句话听上去益发显得贴切。不论杰和那特莱杰当时的动机究竟是什么，他们的异议，如果成功的话，能够在美利坚政治体验之初，为后来所有的仪式庆典设定一个世俗基调。
按照当时的情形，这两种可能性都存在。就在此时，来自波士顿的山缪·亚当斯（Samuel Adams）发了言。“亚当斯先生站起来说了话。
他不是个偏见狂，他不在乎听到任何一个敬神的、品行端正的君子，同时又是自己祖国的朋友朗诵的祈祷词，”约翰·亚当斯在给他妻子的信中说，“他不是费城本地人，但他听说一个名叫都奇（Dueh）的英国国教神职人员符合那个标准，于是，他提出动议，请他于第二天早晨为议会念祈祷词。”然后，约翰·亚当斯用了十个字记录了一个公共宗教的诞生：“该动议得到附议，并通过。”这个过去曾做过收税员的山缪·亚当斯，成了这一天中的英雄。
1772年，山缪·亚当斯在《殖民地民众之权力》（Thehts the Colonists）中写道：“在一个民治社会之内或之外的每个人，都有权依照自己的良知，以和平、静默的方式敬奉上帝，剥夺这项权利的做法是于情理有悖、于宗教不容的。”可见，他对祈祷发出的动议并不是一个本能的反应，有可能是出于对他居住城市当时面临的处境的担忧。当时，约翰·亚当斯称之为“炮轰波士顿的坏消息”刚传到他们那里，那些聚集在卡彭特堂里的人们都以为他们渴望捍卫的信念已危在旦夕（后来才知道是误传）。
第二天早晨，身穿神袍的都奇牧师来了。那天英国国教指定的祈祷词是第三十五篇。在议会厅里，牧师念道：“主啊！与我相争者，求您与他们相争。与我交战者，求您与他们交战。请您手持大小盾牌，为我助战。”
约翰·亚当斯立即被这一情景震动和感动。“我还从未见过什么言辞在听众中产生过比这更大的效果，”他告诉爱比盖尔，“就好像上苍注定了要在那天念那段祈祷。”然后，都奇在没有预告的情况下，“继续作了一个即兴的祈祷，”亚当斯写道，“说的全是在场每个人的心里话。”
十天之后，亚当斯仍然被当时的那一幕戏剧性的情景所感动——拥挤的议会、每一个代表脑海中浮现的在北面浴血奋战的爱国者的形象、都奇念着祈求神佑的祈祷词，为争取自由而战。“那段祈祷在这里的每个人心中都起了极佳的效果，”亚当斯告诉爱比盖尔，“我得请你读一读那段祈祷。”
“恶魔的迫害”
1774年秋，就在与会代表在费城争论和审议的时候，一个住在弗吉尼亚州橙郡的年轻人将朋友描写卡彭特堂内外情形的书信读了个仔细。人称“吉米”的杰姆斯·麦迪生，此时年仅二十三岁，但已经非常热衷于政治、大革命和宗教。麦迪生有一种与年龄不相称的稳重，他认为弗吉尼亚代表团是由“一些出色的爱国者和学识渊博、造诣精深的人物组成的”，他急切地盼望议会能够“启发我们中间那些喜欢开动脑筋的人们的心智”。
麦迪生自幼体弱多病；他说自己成人后得了“某种突发性的、有点像癫痫的毛病，一发作就无法动脑筋”。在一个人生的紧要关口，他这一身的毛病改变了他一生的道路。1751年，他出生于弗吉尼亚的一个贵族人家。由于健康原因，他比其他孩子晚一年入学，于是，家中请了一个家庭教师陪他读书，这位教书先生毕业于普林斯顿大学的前身——新泽西学院，该校的前任校长包括乔纳森·爱德华兹（Jonathan Edwards）和山缪·戴维斯（Samuel Davies）。这位教书先生认为，麦迪生肯定会喜欢普林斯顿大学，结果，麦迪生果真喜欢——而且喜欢至极。当时，普林斯顿大学在一个长老会长老约翰·维塞斯彭牧师的领导下，正处在一个黄金时期。此人对苏格兰的启蒙运动很感兴趣（苏格兰的启蒙运动曾造就出亚当·斯密（Adam Smith）、弗朗历斯·哈切森（Francis Hutcheson）和戴维·幽姆（David Hume）这些启蒙大师。亚当·斯密于1776年出版的《国富论》（Wealth of Nations）中提出“无为而治”的观点，最终极大地影响了美利坚民众的政治观念和政府观念的形成。
维塞斯彭本人是一个宗教自由的积极倡导者，显然，他对麦迪生最为欣赏。麦迪生从1769年到1772年期间就读的普林斯顿大学号称“向不论信奉何种教派的任何人提供免费、平等和优质的教育”。1774年是麦迪生密切关注大陆议会动向的一年，也就在这一年，弗吉尼亚的英国国教教会开始关押持不同宗教见解的牧师。麦迪生反对这种迫害行径，但未奏效。历史学家威廉·李·米勒（william Lee Miller）曾讲过一个“年轻的麦迪生倾听其中一个洗礼教徒不顾迫害，在狱中不停地布道”的真实故事。那件事让麦迪生忍无可忍，他将其称为“恶魔的地狱才有的迫害手段”，麦迪生说，“令我感到无以复加的愤慨”。由于他不能设法释放那些被关押的牧师，他说自己已对整个制度失去了“正常的耐心”。于是，麦迪生在给同学的一封信中说：“请你看在我的面上，为良心的自由在我们中间复活祈祷。”仅仅过了两年，1776年5月，麦迪生便得到一个比只抱怨没有宗教自由更好的机会。这次他有机会将自己的理想变成现实。
作为一个到州代表大会去起草《弗吉尼亚权利宣言》（Virginia Declaration 0f Rights——这是不久之后在费城起草的《独立宣言》的先声）的代表，麦迪生读了乔治·梅森起草的第十六节：
关于宗教，也就是我们对我们的神和万能的造物主的责任，及其信奉的方式，只能根据个人理性和虔诚来决定，而不能为外力和强暴所强迫；因此，在良心的指导下，所有人在宗教信仰上都应该享有最大限度的容忍，除非某人以宗教的名义，扰乱社会或个人的安宁、幸福和治安，行政当局不得对其加以惩罚和限制。人与人之间互相以基督教的忍让、博爱和慈善原则相处，乃是所有人的共同职责。
“容忍”这个字眼令麦迪生很不自在。这里，自由的概念是关键所在，因为“容忍”可以理解为某个权威允许某人做某件事或给予的施舍。
他当时好像已经就此事与派特里克·亨利商讨过，并主张用一个新词：“自由信奉[宗教]”。在立法院反复推敲之后，大会最终接受了麦迪生的建议。最终，第十六章是这样写的：
关于宗教，也就是我们对我们的造物主的责任，及其信奉的方式，只能根据个人理性和虔诚来决定，而不能为外力和强暴所强迫；因此，在良心的指导下，所有人都享有平等的、自由信奉宗教信仰的权利，人与人之间互相以基督教的忍让、博爱和慈善原则相处，乃是所有人的共同职责。
通过《弗吉尼亚权利宣言》的投票表决是于1776年6月12日举行的。宣言以全票通过。“尽管我们不确知参加弗吉尼亚代表大会的人们自己是否知道他们当时正在做的事的意义，”威廉·李·米勒写道，“通过麦迪生的修正，他们将宗教信仰自由这个概念从今天的律师们所说的‘立法宽限’（Ieslative grace——暗指授权者可将授出之权收回的假设）的局限中解放了出来，从而将其变成《独立宣言》……所说的一种不可剥夺的权利，人人均享有同等待遇。这是一个全新的概念。”这的确是一个开天辟地的全新概念。
1775年秋至1776年春的那几个月，对于杰弗逊来说，是一段难熬的时光。他和夫人玛莎在九月份失去了一岁半的女儿，女儿刚死不久，他便离家数月，在外从政。不知何故，这一期间的邮路时断时续，杰弗逊很少接到妻子和最大的孩子（也叫玛莎）的音信。他变得情绪暴躁，担心又有什么祸事临头。“我生活中的这片疑云，真令我难以忍受，”杰弗逊写信给他的内弟，急于了解妻小的近况，“如果真出了什么事，看在上帝的分上，告诉我吧。”其实，他的家人平安无事。但他回府后，他妻子的身体每况愈下（据传记作家们猜测，其间她曾流过一次产）。他试图用在蒙特切诺山庄的生活琐事聊以自慰，在他的庄园中养鹿、品尝上等的马德拉酒（Madeira）、悉心经营马厩。但是，1776年3月31日，星期天，杰弗逊的母亲去世。她因中风去世的消息传来不久，杰弗逊遭受了一场为期五个星期的头痛症，头痛之剧，使他无法旅行。
然而，在费城，还有重要事务在等待着他——独立大计，那是约翰·亚当斯称之为不仅是美利坚未曾考虑过的“最复杂的问题”，还可能是“人类永远无法解答的”最复杂问题。5月，杰弗逊将蒙特切诺山庄的悲痛和慰藉留在身后，踏上了前往大陆议会的旅程。亚当斯回忆道，杰弗逊除了“文学、科学及写作的天才享有盛誉”之外，还是一个对威廉斯堡正在发生的事非常关注的人；在那里，乔治·梅森、杰姆斯·麦迪生、派特里克·亨利和其他人正在辩论《弗吉尼亚权力宣言》和新的弗州宪法——两者均有对宗教自由具有深远意义的条款。杰弗逊从费城寄去了他起草的弗州宪法文本，其中就有这样的条款：“所有人享有完全的、自由的宗教信仰权；不得强迫任何人参加或维持任何宗教机构。”
不久，他住进了位于第七街与市场街交界处的一幢三层楼的二楼，在这个租来的房子中有一间供他睡觉的卧室，还有一间供他工作的大房间；他还带了一张按照他自己的设计制作的便携式书桌。
他还真需要这些写作条件。1776年6月7日，星期五，来自弗吉尼亚的理查德·亨利·李（Richard Hemy Lee）提出宣告美利坚独立的动议。约翰·亚当斯附议。议会任命了一个五人委员会，负责为议会起草一个声明，他们是来自马萨诸塞的亚当斯、宾夕法尼亚的富兰克林、康涅迭克的罗杰·舍曼（Roger Sherman）、纽约的罗伯·列文斯顿（Rob—ert Iivingston）和弗吉尼亚的杰弗逊。他们推举杰弗逊执笔，他在第七街与市场街的寓所里一躲就躲到六月底。他说，这份文件的“目的在于表达美利坚的心声”，并且认为宣言是“根据当时的民众情绪，通过言谈话语、来往信件、印刷出版物或是以有关公众权利为主题的通俗读物（诸如：亚里士多德、西塞罗、洛克和悉尼等人的著作）整理、整合而成的”。在杰弗逊租来的房间里起草的那份宣言中，“上帝”是必不可少的，但是，他并没有将上帝明确地写成亚伯拉罕的上帝，更谈不上“三位一体”中的那个上帝了。
议会于7月4日、星期四通过的宣言的开场白是这样写的：在人类历史的进程中，每当一群人必须解除被另一群人强加在他们身上的、束缚他们的政治枷锁，每当他们试图在世界诸国之中取得自然法则（Laws of Nature）和自然的上帝（Nature’s God）赐予他们的一席独立、平等的地位时，为了表示对人类舆论的尊重，他们理应向全世界宣告促使他们摆脱那个枷锁的原因。
我们坚信以下的真理是可以自我证明的，那就是世上所有的人生而平等，他们的创造者赋予了他们以下不可剥夺的权利……
