（七月乙亥），巡按福建陈子贞题：『闽省土窄人稠，五谷稀少。故边海之民，皆以船为家、以海为田，以贩番为命。向来未通番而地方多事，迩来既通番而内外乂：明效彰彰耳目。一旦禁之，则利源阻塞，生计萧条；情困计穷，势必啸聚。况压冬者不得回，日切故乡之想；佣贩者不得去，徒兴望洋之悲！万一乘风揭竿，扬帆海外，无从追捕；死党一成，勾连入寇，孔子所谓「谋动干戈，不在颛臾」也。今据布按二司、右布政使管大勋等及总兵官朱先等勘议前来，相应于东、西二洋照旧通市，而日本仍禁如初，严其限引、验其货物；一有夹带哨黄等项，必加显戮。彼商民固有父母、妻子、坟墓之思者，方以生理为快；又何敢接济勾引，自蹈不赦哉！且洋船往来、习闻动静，可为吾侦探之助；舳舻柁梢、风涛惯熟，可供吾调遣之役。额饷二万，计岁取盈，又可充吾军实之需：是其利不独在民，而且在官也』。下所司议。
（万历二十二年五月癸未），先是，尚书石星遣指挥史世用等往日本侦探倭情，世用与同安海商许豫偕往。逾年，豫始归报福建巡抚许孚远；豫之伙商张一学、张一治亦随续报，互有异同。孚远备述以闻，因请敕谕日本诸酋长擒斩秀吉，朝廷不封凶逆而封能除凶逆者。又云「莫妙于用间、莫急于备御、莫重于征剿」。疏下兵部。
（十月丁未），福建巡抚许孚远奏：吕宋酋长之子讼我奸民之隶其部而袭杀其父、夺其宝逃者。兵部复议：『将获犯正法，厚遣酋使，以坚内向之心，且藉侦日本夷情』。诏可。
（万历二十三年四月）丁卯，福建巡抚许孚远奏：『福州海坛山开垦成熟田地八万三千八百有奇，量则起税，民已输服。兹山密迩镇东，为闽省藩篱；既成屯聚，必资城守。其造城、建营、建署等费逐一确估，不过六千七百两有奇；即以本山税银三年充之，可不劳而办。城郭、营房既完，海坛游兵便可常聚，则屹然一雄镇。又有南日山，仅比海坛三分之一；俟查明另议。至彭湖遥峙海中，为诸夷必经之地；若于此处筑城置营、且耕且守，断诸夷之往来，据海洋之要害，尤为胜算。但此地去内地稍远，未易轻议』。因言「浙中沿海诸山若陈钱、金塘、玉环、南麂等处，俱可经理」。疏入，户部覆请听其便宜施行；
且请移文浙江抚、按查陈钱等处照海坛设法开垦。诏曰：『可』。
（六月丁卯），初，福建所遣侦探日本刘可贤受关白财物，又私带夷僧入境。按臣周维翰以可贤既邀重货，必有轻纳；日本既捐大利，必有厚望。恐因而启衅，因请申饬沿海一带练兵厉械以防未然。兵都覆奏，诏今后沿海地方只宜修整防御，毋得擅遣侦探以生事端。
（万历二十五年七月）乙巳，福建巡按金学曾条上防海四事。一、守要害；谓『倭自浙犯闽，必自陈钱，南麂分〈舟宗〉。台、礵二山乃门户重地，已令北路参将统舟师守之。惟彭湖去泉州程仅一日，绵亘延袤，恐为倭据；议以南路游击汛期往守』。一、议节制；谓『福建总兵原驻镇东，但倭奴之来皆乘东北风，福宁、福州乃其先犯，镇东反居下游；欲将总兵于有警时移札定海，以便水陆堵截』。一、设应援；『造大小战舡四十只、募兵三千名，遇急分投应援』。一、明赏罚。部覆，允行。
（十一月）庚戌，福建漳、泉滨海，人藉贩洋为生。前抚涂泽民议开番舡，许其告给文引于东、西诸番贸易，惟日本不许私赴。其商贩规则，勘报保结，则由里邻；置引印簿，则由道、府；督察私通，则责之海防；抽税盘验，则属之委官。至是，法久渐敝；抚、按金学曾等条议：一、定舡式。一、禁私越。一、议委官：岁委府佐一员驻札海澄专管榷税，海防同知不必兼摄。一、议自变量：东西洋引及鸡笼、淡水、占城、高址州等处共引一百十七张，请再增二十张发该道收贮；引内国道东西听各商填注，毋容猾骨高下其手。一、禁需求。部覆，允行。
（万历二十六年十一月癸巳），福建巡抚金学曾奏报：『关酋平秀吉死，内难将作；且与小西、行长平素不睦，必自相图。倘水陆交攻，歼此鲸鲵，或其时也。乞敕朝鲜经、督诸臣再加侦实，相机进剿以彰天讨，毋为清正狡谋所疑』。章下兵部。
（万历二十七年二月戊辰），设市舶于福建，遣内监高寀带管矿务。
（万历二十八年六月戊戌，兵部）（又）题：『浙江巡抚刘元霖报称哨获乌尾异船一只官役华夷一千人，审得千总毛国科蒙游击茅国器差往倭营用间，今有执政家康令倭酋觅船送归及先年被虏人口，并将贼首季州等十一人绑送与科带回正罪。合行福建巡抚查审归结；其被虏民兵，各取原籍亲邻里甲保结收管』。从之。
（九月庚戌），兵部覆经抚朝鲜邢玠、万世德「倭奴解送华人疏」言：『用间之法，兵家不废；下海之禁，令甲甚严。毛国科自称宣谕，初无文凭；既解至闽，应听审明真伪，酌议功罪。仍如经臣言，备讯海水情形，明白具奏。奸商高光国等航海牟利，宜从重究，以惩生事』。从之。
（十二月甲戌），兵部题：『会审闽抚所解毛国科吐称：初入倭营，奉经理之檄文；今归本土，斋倭将之书器。或者进兵时经理抚臣奉扬天讨，先礼后兵，振军声以褫倭魄不可知。然所持檄文止一抄白，既无印信可凭，又无年月足据；其言曷敢轻信。惟是倭书之中诱以和平、要以通商，为谋甚狡；除书器进纳外，国科宜仍送经、抚两臣备查真伪，具奏定夺。其沿海省直，移文督、抚严禁奸商阑出，以防窥伺勾引。并咨朝鲜国王堤备釜山一带，母令狡奴复觇，隳天朝恢复之功、贻彼国沦覆之患』。允之。
（万历二十九年七月庚戌），以勘明闽海擒倭功次，命巡抚金学曾及时起用、张鼎思等赏银有差。
（十一月己酉），命兵科给事中洪瞻祖、行人王士桢册封琉球国王。先是，琉球国王尚永薨，世子尚宁奏请袭爵；乃援据「会典」，请以文臣册封，上既许之矣。浙江巡抚刘元霖报获夷船，称系琉球差探封贡声信者，其中杂真倭数人，衣笠、刀仗皆系倭物；会同馆译问长史蔡奎，奎不能辨也。礼部言：『海上声息，未知有无。册使之遣，关国体甚重；行止迟速，一惟圣裁』！上以既遣二臣、又以盘获夷船声息未定，待该国质审回奏、海上宁息，方命渡海行礼。
十二月甲子朔，朝鲜国王李昖奏：对马岛倭求款。先是，朝鲜人俞进得等自日本脱归，言倭酋平秀吉将死，令其将家康领东北三十三州、辉元领西南三十三州，协辅其幼子秀赖。倭将景胜据关东以叛，家康悉兵往击景胜；辉元与行长等诸将入大坂城，合力拒家康。家康攻破辉元，尽诛行长等诸将。倭国内乱，对马岛主平义智及其将平调信悉遣降人还朝鲜，遗书乞和，且阳言家康将运粮十八万石为军兴费以胁朝鲜。朝鲜与对马岛一水相望，对马岛地并山冈不产五谷，资食米于朝鲜；兵兴后绝开市，百计胁款。秀吉死，我师尽撤；朝鲜畏倭滋甚，其与倭通款久矣；又惧以通倭开罪为我也，使陪臣来请命。兵部言：『倭与朝鲜款事，未可悬断。总督万世德熟知倭情、职在经略，宜令酌议以闻』。从之。
（万历三十年三月癸酉），倭奴之两遣橘智正胁款于朝鲜也，总督万世德有「不过对马一岛寻盟请成，非关日本复仇雪耻」之议。兵科给事中孙善继驳之，言『此实畴昔之故智，固不可以区区一岛之倭而易视者。设中国以此缓朝鲜，朝鲜复以此自缓，恐互相推诿、坐失事机，其究必至于两误。宜责成该国自谋自强，勿得借口请裁，往返渎奏！至今沿海地方——天津以至闽、广绵亘万有余里，彼何处不可犯，我何一之可恃？所应先事戒备以外警门庭、内护堂奥』。兵部复议：『在朝鲜，惟当计讲款之可、不可，而不当计中国之许、不许；在中国，惟当问防海之备、不备，而不当问朝鲜之款、不款。请移文沿海各省直抚、镇、司、道等官时时训练兵船、修缮险隘、整顿器械、兴复屯饷及邻近防汛地，无事则会哨分防、有事则合〈舟宗〉协剿，仍仿各边甄别之法，每遇两汛完日听抚、按分别举刺，以凭黜陟；及行经略衙门转行朝鲜国王鼓舞将吏誓守封疆，毋得 自诿积衰，徒长戎心』。诏嘉纳之。
（四月癸卯），倭国王清正将被虏人王寅兴等八十七名，授以船只、资以米豆并倭书二封与通事王天佑送还中国。天佑，原莆田人；少而被虏，久住倭国，取妻生子女二人，原无归国之意。来书复类华字迹，果否出自清正，皆不可晓。福建巡抚以其事闻，下兵部——复议：『闽海首当日本之冲，而奸宄时构内讧之衅；自朝鲜发难挫衄而归，图逞之志未尝一日忘。今迹近恭顺，而其情实难凭信；与其过而信之，宁过而防之。除通事王天佑行该省抚按径自处分、王寅兴等听发原籍安插及将倭书送内阁兵科备照外，请移文福建巡抚衙门亟整搠舟师，保固内地；仍严督将士侦探，不容疏懈』。上然之。
（六月戊申），倭送回被虏卢朝宗等五十二名并缚南贼王仁等四名，福建抚、按以闻。下兵部——复议：『岛夷送回被虏至再，今且解南贼四名，迹似恭顺矣。但夷性最狡，往往以与为取；则今日之通款，安知非曩日之狡谋！委当加意堤备，以防叵测。除卢朝宗等发回原籍安插外，请将王仁等即行处决，仍申饬将吏训练兵船，严防内地；密差的当员役，远为侦探。诸凡海防、兵食等项，悉心计处，期保万全，毋致误事』。报可。
（七月）丙戌，左都御史温纯言：『年来部臣、言官以及抚、按力陈榷采之患。……鲁登科、余元俊有「悬空张网进五十万」之奏，阎应隆、张嶷有「航海贸易进金十万、银三十万」之奏。此其言真如戏剧博笑，以皇上之天聪天明，亦信以为庶几可望。……至于阎应隆、张嶷之奏，尤为悖谬不道。臣等闻海澄市舶抽税，高寀巳每岁得银三万，决不遗余力而让利。窃料机易山虽在海外，决无金银成斛遍地，任人淘取之理！又料税珰恶弁参随诸奸之威能行于中国，决不能行于外夷。安所得金十万、银三十万以报皇上，其意不过假借明旨大弛通番之厉禁。硝磺、生铁、军器、船只犯禁愈重、取利愈饶者，满载扬帆，任其所往；从此漏泄军机、勾引诸国，其患宁止吓诈公私、骚扰海澄一邑巳哉！昔年倭变，正缘奸民下海私通、大姓设计勒价，以致倭奴怨偾，称兵焚劫；今以皇上之命行之，祸当更速。及至兵连祸结，彼张嶷诸奸不过曾一本、林道干、徐明山、汪直之续耳；负岛列寨，称王犯顺，近可以规重利，后不失为尉佗：于诸亡命之计得矣，如国势何！伏望皇上留神深思，将……阎应隆、张嶷敕锦衣卫拏送臣等法司正罪，宗社幸甚』！不报。是时武弁及市井奸人莫不纷纷言利，……阎应隆奏：「福建海澄县机易山上产金银，备船往淘，每岁可献金十万两、银三十万两」……。科臣姚文蔚等、道臣金忠士、史学迁、汤兆京、温如璋、朱吾弼等各随事交章极言其酿祸害民；疏虽留中，然上未赏不容其切直也。
（九月）壬午，应天苏松地方南汇获夷男妇尼失由弗多等五十七名、浙江获夷妇乌多十郎、乌石、卖多三口，同时以闻。
兵部覆：『海外情形，茫乎莫测。苟涉疑似，不厌致详；盖多命所关外夷观望，诚当慎重也。南汇所获各夷，译审三变其说；
虽情伪不可尽知，而貌服、动履实类琉球。且身无寸刃，骈首就擒。浙省所获夷妇、夷船同在一时，供吐相类。应俱填给勘合，应付口粮、脚力，差官押送福建巡抚衙门责令惯熟琉球音语通事详加译审：果系该国人民、别无他故，遇有便船，转令顺带 回国交割。如其中有隐情或系奸细，应否作何区处？不妨详译，据实奏请定夺』。报可。
（万历三十一年十一月）甲子，福建矿税务太监高寀以奉旨差官过海勘明机易不出金银，因参奸民张嶷与百户阎应隆妄奏。诏以张嶷虚诳，着内官高寀会同抚、按等官差官拏解来京，与同百户阎应隆一并究问。
（万历三十二年五月壬申），兵部覆福建总兵朱文达等擒斩倭贼功次：沈夺倭船二十五只，擒斩一百三十二名颗，夺回男妇一百七十五名口、器仗一千二百九十三件。诏实授朱文达都督佥事，佥事王左晋、徐应奎等各升职一级，副总兵官施德政 、同知陶囗圣等各赏银有差。
（十一月丁亥），兵部覆福建巡抚徐学聚等奏：『红番闯入内洋，宜设法驱回，以清海徼；勾引奸民潘秀、张嶷等，均应究处』。上曰：『红毛番无因忽来，狡伪叵测；着严行拒回。吕宋，也着严加晓谕：毋听奸徒煽惑，扰害商民！潘秀等，依律究处』。
（甲辰），兵部题：『朝鲜国王将该国外洋二次所获被掳人民及同船倭蛮男妇五十五名口解送中国，听候处分。审得久石门等既称贸易被获，釜幕游魂，不足以膏斧锧。合无查照旧例，分解蓟镇、宣大、山西各军门分发各将领收置效用。温进等既称华人，有言贩卖下海遭劫、有言钓鱼被掳；合解闽抚详查明确，安插复业』。报可。
（十二月）戊午，刑部等衙门右侍郎董裕等题：『福建奸民张嶷阴怀窃叛之谋，阳献采榷之策；党结弁珰，衅挑蛮丑。阎应隆同肆欺罔，致吕宋酋长怀疑蓄憾，屠戮商民二万余。是嶷以一己之狡图，基八闽之显祸；万鬼之冤未雪，千里之首宜传』。上曰：『张嶷等无端欺诳朝廷、生衅海外，以致二万商民尽遭屠戮；损威遗祸，死有余辜。即行枭首，传示该省。其吕宋番酋擅杀官民，还行与抚、按官议处，奏请定夺』。
