全祖望「华亭张公神道碑」：丙戌正月，公累疏请兵，诏加公少保兼户部工部尚书，总制北征。虽奉旨赐剑，抚镇以下许便宜从事，而不过空言。时公孙茂滋家居，方遣汝应元归省之，而吴淞兵起，夏文忠公允彝、陈公子龙为之魁。应元者，雄俊人也；以公命，奉茂滋发家财助军。闽中授应元御旗牌总兵官，已而兵败。徐公孚远浮海赴公，而茂滋亦与应元至，为公言吴淞虽事不克，而败卒犹保聚相观望；倘有招之者，可一呼而集。公乃请王自亲征由浙东，而己以舟师由海道抵吴淞，招诸军为犄角；所谓水师之议也。曹文忠公学佺力赞之，谓徼天之幸，在此一举；乃捐饷一万以速其行，且言当乘风疾发。公请以徐公孚远、朱公永佑、赵公玉成参其军，皆故吴淞诸军领袖也。周公之夔则故苏推官，旧与东林有隙，至是家居起兵，报国甚勇，且熟于海道，故公亦用之，而以平海将军周鹤芝为前军、定洋将军辛一根为中军、楼船将军林习为后军。诏晋公大学士。行有日矣，芝龙密疏止之（洙按：「海东逸史」张肯堂传记此事，谓芝龙密疏止肯堂行，而以私人郭必昌代为总制。按是年二月钱澄之自赣州与先生书有云：大札至，知改垣衔，从张大司马朱选君等由海道出募舟师，以图吴会，此固今日制胜之第一策。洙又按：钱氏此书又有云：已知朝廷失驾驭之策，郑氏决不肯出师，亦决不容上出闽。均见「藏山阁文存」）。
附隆武二年敕：皇帝敕谕兵科给事中徐孚远：时值多难，四方同仇。即今三吴起义如云，政宜乘风鼓枻，壮彼声援；故周宣六月兴师，良非得已。尔孚远夙负才名，兼饶经济，兹特晋科衔，仍舁敕命。尔监督楼船水师，尚念国难未除，各宜枕戈以待。督率将士，鼓锐奋剿，毋致刻懈隙疏，使虏或伺其便。其卫所官军，务须按籍稽察，悉汰老弱，严禁影冒虚糜。师过之处，申明纪律，不许擅取民间一草一木。楼橹东下，期会王师，则虏氛不足平，而澄清可立俟矣。论功行赏，自有殊恩。诏格具存，朕心如日。特敕。隆武二年六月囗囗日。（洙按：「王澐传」及「全氏碑」，均以先生升给事中载之六月，盖沿此敕而误。考钱澄之二月致先生书，已知先生晋垣衔。盖正月晋兵科，而六月付敕书。及六月再命肯堂督师，仍令先生从行耳。又按：明自万历以来，均以虏属之蒙古各族，而称建州为奴，其后或称为辽。其斥清太祖、太宗，无不曰奴酋。毛文龙之官衔，则为平辽总兵。俺答、黄台吉诸部始称曰虏。甚至封大炮为平辽、靖虏大将军。辽之与虏，截然为二。「皇明通纪」诸书可证者甚多。至宏光以后，乃并称清为虏者，盖江南及唐、桂二王之交涉仅有一清，而其时内外蒙几已全听满洲之命令，唐、桂二王之敕谕遂以虏氛、胡焰言之，而「奴」、「酋」二字乃绝迹于宏光以后之书矣。凡兹沿革，亦读史者所宜知者，今特附着于此）。
三月，黄道周殉节金陵，先生闻讣恸哭。钱澄之出为延平司李，与先生别，遂不复见。
澄之祭先生文：弟以次年始补延平，值吾师殉节赴闻，与吾兄相持大恸。临歧执手，勉以无负夙志，无忘师恩。呜呼！患难兄弟，天涯骨肉，离别之际，泪涕交横。孰意此别，竟成千古耶（洙按：石斋在金陵殉节为三月十五日，凡在金陵八旬，赋诗三百十一章。自为「书后」有云：武夷天姥，系于维桑，大涤焦桐，为吾讲舍。寤寐相绻，未之辞焉。其在徽州被执，乃为清婺源令给约内应所致；盖令故公门下士，其执公之清将张天禄，本史忠正部将，闻亦公武闱所录士也。同为公之门人，而闇公、田间乃有无忘师恩之言，人之贤不肖诚非可一概论。在婺源令等虽曰各为其主，而一观于子濯孺子之事，不能无慨然矣。又按：「婺源县志」：顺治三年之知县为曹士琦，沈阳人。至为公门下士之言，则出于「东南纪事」，未知何据）！
是月，闽中赠松江死事夏允彝、沈犹龙、章简、李待问等官有差。授吴易右副都御史、陈子龙佥都御史。以张名振为捧日将军，副黄斌卿屯舟山（「东南纪事」）。
洙按：大德「昌国州志」：舟山在州之南，有山翼如，枕海之湄；以舟之所聚，故名舟山。明时所谓定海，即今之镇海。故明人谓定邑为宁郡咽喉，舟山为定邑门户。自江宁张庄节公可大始以副将衔久驻舟山。康熙二十五年展复舟山，二十六年五月御书「定海山」三字，二十七年建县，因名定海县，而以旧定海为镇海。朱述之「昌国典咏」所谓「帆樯不动龙蛇护，日月高悬定海山」者是也。
六月，再命肯堂督师。
全祖望「张公神道碑」：六月，复下督师之命。军资器械并饷三万，巳为芝龙所取。公自募得若干人。
八月，清兵破仙霞关，连下建宁、延平等府。隆武殉国汀州，芝龙降清北去。成功奔金门，仍奉隆武正朔。永胜伯郑彩以舟师迎鲁王监国于舟山。先生自闽至浙，止于嘉兴吴佩远（祖锡）家；清提督冯原淮缉之，遂亡入海。
徐枋「吴佩远墓志」：酉、戌之际，江南初下，势岌岌。涿州之子冯源淮提督浙西，驻镇嘉兴，吴子与之游相善。冯某之戚董生者，即为提督部将，尝诇察民间，亦与吴子交。吴子以意厚之，尝与抵掌论时事。董生感激，若以人不我知者。余同年生徐闇公负天下重望，初毁家举义，兵败，遂浮海去，望益重，天下争慕之。至是复浮海而来，欲于内地有所建立。闇公故全发，巍然汉官威仪也。既至，无所容。吴子密迎之，馆于家中。吴子家故在城市，久之，声藉藉。冯某乃遣董生来物色。董生至，吴子与相见，未及有言；吴子握其手曰：吾有一言，惟子可语，欲成子慷慨之志。董色动。吴子曰：徐闇公先生至此，若欲一见否？董惊怛绝倒，且惊且喜曰：徐先生果在此，而吴子肯令我见之乎？吴子即笑引之，以见闇公，董生一见，叩首泣下曰：闻公名二十年，今日始得见公。然非吴子，则我岂得见公？愿效死！三人即共为盟誓，乃以讹言复冯某，而于提督麾下拨戈船出汛，即卫闇公全发以出，复浮海而去。
全氏「徐都御史传」：闽事不支，浮海入浙，而浙亦亡。钱忠介公肃乐方自浙奔闽，相见于永嘉，忠介复拉公同行。
林霍「先生集序」亦谓公避吴兴，因转入浙之舟山。
八月，清兵获吴易，杀于杭州。
洙按：「明史」及「苏州府志」等书，均谓易自上年孑身走后，本年春，乡人周瑞复聚众长白荡，迎易入其营，杀清副将汪某、兵八百人，军声颇振。八月，易至嘉善，与倪曼青合营，集饮孙璋家。清兵猝至，被获，送杭，杀于草桥内，时年三十五。妾阿香同时被掠，以死自守，诸帅皆敬礼之。后得释，归老于柳胥故里。乾隆四十一年，赐易谥节愍。按易崇祯十六年进士，与宋尚木及先生族弟丙晋同榜，为史忠正所赏；与「松江府志」等书但云易为举人者不合。
十一月，郑彩奉监国次鹭门。
汪光复「航海遗闻」：鲁王至舟山，威远侯黄斌卿拒不纳。次普陀，惟督师阁部熊汝霖、孙嘉绩、钱肃乐、沈宸佺、冯元扬、卢若腾、翰林兼兵科给事中徐孚远、太常寺丞任文正、御史袁嘉彪、大司马冯京第、熊督师、监军职方郎中马星、任颖眉、员外沈光文、御史王翊、主事梁隆吉、王浚、义兴伯郑遵谦、挂印总兵陈文达、沈时嘉、朱岱瞻、王仪凤、金浚、刘穆、侍讲兼给事中张煌言、推官黄云官、都签事方端士从焉。
洙按：「东南纪事」载郑彩于是年十月以舟师迎王赴夏门。芝龙使彩执王献贝勒。彩以计脱王，会芝龙北去乃巳。成功兵起，仍奉隆武年号，大会厦门。王于是改次长垣，以明年为鲁监国二年。海上遂有二朔。洙又按：「鄞县志」载是年闇公在柴楼招兵，得六百人，从斌卿攻宁波不克。
冬，桂王即位肇庆，以明年为永历元年。寻奔广西。是年，桂王遣潘琦册封安南黎维祺为安南国王（「大越史记」）。
隆武三年（鲁监国二年、永历元年、顺治四年）丁亥（一六四七），四十九岁。
正月，监国誓师长垣。
四月，清松江提督吴胜兆谋叛，来请会师。定西侯张名振奏请敕印二百道，命张煌言监其军。赐先生一品服，充行人司以应之。飓风覆舟，先生以殿兵得免。
黄宗羲「海外恸哭记」：吴胜兆以兵守松江，颇怀故国。吴中崇仁厉义之士，欲因以为功。于是相聚幕中，为之计划，而以招抚之名，内结太湖义旅戴之俊、周天等，外求援于海上。蜡书至，黄斌卿犹豫不敢应，张名振乃召其兵就约。时斌卿进爵威虏侯，其「肃虏」故印犹在，名振请得之，赍使者以拜胜兆，期四月十六日渡海。舟碇崇明沙，飓风海啸，楼船自相激撞，飘没者什八九，军资器械都尽。名振与翰林张煌言、御史冯京第单舸脱走，而右都御史沈廷扬见获。
「航海遗闻」：丁亥夏，镇守吴淞提督吴胜兆谋叛清，以血书通名振，结为声援。时鲁王在温澥中之玉果山。名振奏请敕印二百道，命张煌言监其军，任文正副之。徐孚远赐一品服，充行人司，使联囗〈舟宗〉二千余号，兵将五百有余。舟次黄连港，以港名不美，令移白米沙，传令洗炮。龙惊浪鼓，飓风大作，全军尽覆。徐、任以殿兵免。
全祖望「崇明沈公神道碑」：丁亥，松江提督吴胜兆送款于翁洲，斌卿犹豫，不欲应之。公曰：事机之来，间不容发，奈何坐而失之？定西侯张名振慨然请行，邀公为导。公曰：兵至，必以崇明为驻札地，禁打粮，然后可。名振许之。至崇明而食尽，名振重违前约，乃趋寿生洲打粮，泊舟鹿苑。五更，飓风大作，舟自相击。大兵邀击之岸上，名振与张都御史煌言、冯都御史京第皆杂降卒中逸去。公叹曰：风波如此，其天意耶，我当以一死报国！大兵以舟护之至江宁，四月十四日事也。
洙按：「海东逸史」沈廷扬传，记此略同。又「定海厅志」引「舟山兴废记」载是事，谓名振楼船丧失八九。惟「崇明县志」卷七「兵事」门纪廷扬统水艍船、沙船二百余号，由舟山来犯，守将李魁戒备严，廷扬被创去。盖廷扬率兵为导，于未获前固曾一战也。
清兵旋靖太湖，执吴胜兆，穷治其狱，词连夏完淳、陈子龙等，皆死之（「通鉴辑览」，参「华亭县志」、「陈忠裕公集」）。
永历自桂林奔全州，旋移驻武冈。
清兵攻陷海口，参谋林学舞、总兵赵牧死之（先生集中有海口城陷哭赵侠侯、海口失事故交多死、知命不长兼以自悼诸诗）。先生避地舟山。复入蛟关，结寨于定海之柴楼。
「海外恸哭记」：总制尚书张肯堂、兵科给事中徐孚远、平海监军朱永裕皆依周鹤芝于海口。海口陷，故北至舟山依黄斌卿。
按林霍「先生传」，谓丁亥扶桂王即位，改元永历。五月，贻书舟山肃侯黄斌卿，事泄，走舟山，与事实殊不合。洙按：闇公在舟山，王忠孝（愧两）以山中有斵山者得唐韩学士偓断碑，知偓终没于此，以示闇公。公作诗有『史书淹旧迹、野老斵残碑』之句（见姜氏「漱芳斋诗话」）。
黄宗羲「谢时符墓志」：躬耕于柴楼之野。徐闇公、张子退避地海滨，与柴楼左近，款狎相过从，抵掌指画，继之以章皇痛哭。樵牧见之，不知此数人者一日而哀乐屡变也。
「镇海县志」先生传：闽溃入浙，结寨于柴楼。又张密传：从孚远至定海，共结山寨，及滃洲破，从亡。密独居浃口者有年。
洙按：先生集中有初至舟山诗，当作于此年。自注：张、朱二公重晤于此。首二句云：北来昌国晚，此地尚车书。昌国即舟山也。又按：黄氏「东井文钞」载孚远在柴楼事，与此略同。又张煌言有是秋九月陪安昌王诸人及先生登锁山和韵七律一首，见「苍水集」。
是年，为安南黎维佑之福泰五年。五月，该国正使阮仁政等候明使赍封印到关，乃由该国礼部尚书杨郡公阮宜、户部左侍郎阮寿春、佥都御史同仁派、户科给事中阮策显、提刑张论道、吏科给事中阮文广等迎至安南京城，行册封礼。
