命侯恂以兵部侍郎总督援剿兵讨贼，与孙傅庭协力援开封。七月，贼围开封久，先召总兵许定国以山西兵援之，兵溃于覃怀。时督师丁启睿、保督杨文岳合左良玉、虎大威、杨德政、方国安诸军次于朱仙镇，与贼垒相望。启睿督诸军进战，良玉曰：贼兵方锐，未可击也。启睿曰：汴围已急，岂能持久？必击之。诸将请诘朝战，良玉以其兵南走，襄阳诸军相次而退，营乱。启睿、文岳联骑奔汝宁，贼渡河逐之，追奔四百里，丧兵马数万。启睿印剑俱失。事闻，逮启睿下狱，文岳革职听勘。后闰十一月，贼攻汝宁，文岳以兵救之，不克，城破，贼执杨文岳及分巡佥事王世琮杀之。世琮屡却贼有功，贼射矢贯耳不动，号王铁耳。
贼久围开封，城中食尽，人相食；周王先后捐库金百二十万，复捐岁禄万石以养兵。国廪空虚，宫人咸有饥色，城北十里，枕黄河；巡抚高名衡、推官黄澍等守且不支，特引河水环濠以自固，更决堤灌贼，可溃也。九月河决，贼先营高处，然移营不及，亦沈其卒万人。河流直冲汴城，势如山岳，自北门入，穿东南门出，流入涡水，水骤长二丈，士民溺死数十万。巡抚各官，咸乘小舟至城头，周王府第已没，后从水逸出西城楼，率宫眷及诸王子露栖城上雨中七日。督师侯恂，以舟迎王及巡抚，推官黄澍从王乘城夜渡，达堤口，诸军列营朱家寨，贼乘高据筏以矢石击汴城北渡者，城中遗民尚存数万，贼浮舟入城，尽掳以去。河北诸军，以大炮击之，夺回子女五千余人。旧河故道清浅不容尺，归德隔断在河北，邳、亳以下皆被其灾。汴城佳丽甲天下，群寇心艳已久，前后三攻之，士马死者无算，贼积恨誓必拔，久怀灌城之谋，颇以子女〈王尔〉、宝山积，不忍弃之水族。至是，河大决，百姓生齿尽属波臣，断垣矗水口上，数堞隐见而已。黄澍以守御功召对，特授御史，即发十万金，令澍赍往，以三万赐周王，余分赈宗室及被难饥民。
礼部疏题：谥典五年一举，今自特赐外，不无久停，即如逆珰一案，诸臣惨死甚多，其得谥者止杨涟、高攀龙、魏大中、周顺昌、周起元、缪昌期六人无容议外；其未得谥者，则尚有左光斗、李应升、周宗建等九人，今恭绎明纶，仰见当时惨死多人，若左光斗等，正在皇上垂怜恫鉴中，谨将诸臣本末开列上，请一体加恩易名云云。奉圣旨：易名大典，宜核公评，所列惨死各官，即着该部科会同詹翰儒臣察明触奸本末章疏实据及本官生平品行是否允惬，逐一核议具奏。
按谥典必由部疏请旨俞允，然后詹翰诸臣拟议送阁，阁中具揭题奏。崇祯初，蒲州为政，因姚文毅之议，先题赵忠毅公等十二人，同难中惟扬忠烈，高忠宪、魏忠节、周忠介与焉，续经邹惟琏、张国维、凌义渠、姚思孝诸公催请，虽有旨下部，终高阁。至十一年，给谏熊维典特疏举先公，亦奉旨下部，部不为题覆也。宜兴再召，颇留意此事，言路如李清、沈允培、戴明说诸公，竭力耸之，疏请再三，因同难诸臣后人之陈乞，严旨催覆。时宗伯林欲楫祠司吴康侯，于恤大忠典，漠不关心，亦不知诸君子之始末，但凭胥吏呈稿，至以未谥周、缪二公为已谥，又以不在惨死之列如丁干学者，亦混入焉。因奉核议实据之旨，遂终于见格矣。此，沈公面语逊之云然。宏光时，复赖李、沈二公疏催，宗伯管公绍宁疏请，乃得全给；一代褒忠之典，始大备矣。
八月十九日，早朝毕，上即登文昭阁。阁在皇极殿东，上步下阁，御德政殿，召五阁臣，言文昭阁两旁可建直房，朕不时召对及讲读，偶有疑问，先生每往来亦便。宋人言亲贤士大夫之时多，亲宦官宫妾之时少。又问永乐大典及大学用人理财，诸臣各有奏对。上因言京中宜积储本色，又言屯田也是要紧，又言漕运诸事，黄河一带修筑如何？德璟对：自董家河起，即用泇河，不用黄河，一路较平稳。上言：京中运粮车户之苦。德璟对：车户脚价原有轻赍银可用，只须给发。外面百姓尤苦。练饷之加，须是渐渐减省。上默然。翼日，命于文昭阁左右各设直房云。
八月二十四日，讲读毕，上召五辅臣入文华后殿，手执一本，问张溥、张釆何如人？延儒对：读书的好秀才。上曰：张溥已死，张釆小官，科道官如何说他好？延儒对：他胸中颇有书，会做文章；科道官做秀才时，见其文章；又以其用未竟而惜之。上曰：亦不免偏。延儒曰：张溥、黄道周，皆有些偏，只是会读书，所以人人惜他。上默然。德璟曰：道周前日蒙放，他极感圣恩，只是永远充军，家贫子幼，还望天恩赦宥。上微笑。延儒曰：道周在狱中，尚写许多书，即前上奏章，俱是亲笔写的。德璟曰：道周写有孝经一百本，每本做有一篇文字，多是感颂圣恩。景昉言：皇上表章孝经，所以道周写的有圣德颂，极感圣恩。演言：他事亲亦极孝。德璟言：皇上问知乐之人，即道周便能知乐。甡言：道周无不博通，且极清苦。德璟言：道周子方十岁，但得免共永戍，就是读书亦还用得。上不答，但微笑而已。翌日，遂奉手敕云：昨先生回奏黄道周清操博学，见今戍远子幼，朕心不觉怜悯！彼虽偏迂，经此一番惩创，想亦改悔。人才当惜，作何赦罪酌用，先生每密议来奏。辅臣具揭回复，即奉御批：黄道周准赦罪，复原官；特谕吏：兵二部。一时臣民无不鼓舞，以为圣主转圜之美，而宜兴之巽言匡君者，亦其一端已。
九月十八日，御日讲，讲论语子罕言节。上召辅臣，问夫子论仁，如欲立、欲达、克己、复礼，天下归仁及出门使民等章，言仁尽多何云罕言？延儒对：此即性与天道不可得而闻之意。德璟对：圣人未尝不言及，门弟子悟者以为言，不悟者以为不言耳。又问：命与仁如何分别？德璟对：总是一理，在天为命，在心为仁。又问：一日克复，天下归仁，便是修己以安百姓意。诸臣言：圣鉴极明彻。延儒言：帝王学问，只是明德、新民。德璟言：明明德于天下，便是天下归仁。顷之诸臣言及起废事，举叶廷秀，成勇最有清望。上颔之。又谕孟冬祭太庙宜用何时？德璟对：会典原无定时。上因商子丑二时。德璟对：古祭礼只言厥明，质明，似用寅时为妥。
十月十七日，讲毕，上与阁臣议东宫移宫事，出黄匝内钦定官属条约八款，皆御笔也。首款离间亲亲，上因言潜邸孤危情事，且捐「诳吓绐诱」四字，云中难尽言。时方有选九嫔之旨，又东宫年当选婚，故议移居于外，然婚尚未选，又方在严冬，德璟因微言天气严冻，甡即继之云：天气正寒，稍缓如何。上曰：即俟二、三月不妨，未几罢选嫔，东宫因亦不迁。
皇极门外西庑四十八间，除旷八间，实四十间。东二十间为实录玉牒诸馆及东阁会坐公揖处。西二十间，上十间为诸王馆，下十间为会典诸馆。定王书房在西第六间，第五间悬先师画像，四配侍侧；及永王出阁，移定王于第四间，永王在第六间。王初出，向先师四拜三叩头，以后一拜三叩头。第三间、第七间为二王退居处，余三间则大珰，内阁讲官会集处也。定王中宫周后出，辛巳受封，年方十岁。壬午正月出阁。永王，东宫田妃出，壬午受封，年亦十岁，癸未八月出阁，皆命选新进士为简讨，助教等官为待诏，充讲读，以两房、两殿中书充侍书。故事，初开馆，内阁连到三日，提调、讲读以后不复到。上爱诸王，令隔一日则轮一阁臣提调，初开讲行四拜礼，以后一拜，不叩头。读四书、书经各五遍，讲四书、书经各二遍，用酒饭毕，再入侍王写傲，阁臣至案前观王亲写十字余，俟诸臣退后写足送阁，阁批圈，进呈御览。
十一月初二日，诏诛兵部尚书陈新甲。新甲起家乙科，由边道升巡抚丁忧。杨嗣昌荐其才，夺情起宣大总督。嗣昌入阁，继任中枢者为傅宗龙，既得罪，遂升新甲为大司马，附嗣昌，力主款议。当张若麒督战败逃后，特遣马绍愉往义州议款，竟得嫚骂，绍愉几被杀，匍匐窜归。台省恶其辱国，交章发新甲奸状。上虽怒，隐忍未即发。适新甲有疏，细陈款事，中多援引圣谕，此疏误为书役发科抄传，兵科据疏纠参。上意：新甲见卖，严旨切责回话。新甲回奏，绝不引罪，反自诩其功，有「某事人以为功而实臣之大罪」等语。上大怒，着刑部提问，部引失陷城寨律，秋后处决。左右有为营解者。以囗未薄城为言。上曰：囗辱僇我七亲藩，不更甚薄城乎？下部具议，司冠徐石麒因言甲陷边城四、陷腹七十二、陷亲藩七，此从来失事未有之奇祸，亦刑书所不忍载之条例者也。当临敌缺乏，不依期进兵策应，因而失误军机者斩决不待时。旨下，即会官处决。
左都御史刘宗周到任，上言六事。一曰建道揆；京师，首善之地，先臣冯从吾立首善书院，请复之，以昭明致治之本。一曰贞法守；高皇帝焚锦衣刑具，一切狱词专听法司，不必下锦衣，并请罢东厂缉事。一曰崇国体；大臣自三品而上，犯罪者，宜令九卿科道会详之，乃付司寇拟辟，乃得收系此于僇辱之中不忘礼遇之意。一曰清伏奸；凡禁地匿名文书，一切立毁。一曰惩官邪；京师士大夫与外官交际，愈多愈巧，弹劾之后，惟祈严断。一曰饬吏治；吏治之败，无如催科、火耗、词讼、赎锾，已复为常例矣。朝廷颁一令，一令即为奥躐之始；地方有一事，一事即为科敛之籍；至于营升谢荐，巡方尤甚。请以风宪受赃之律，为科道考核第一义。上嘉纳之。未几，有武英殿中书王育民谒宗周于私寓，出员外郎孙顺所馈金。宗周自劾被逮。育民下刑部究问。
赠故辅臣文震孟、礼部尚书詹事姚希孟、礼部右侍郎各荫一子入监，给与应得祭葬。震孟以日讲受知，特简入阁，为温体仁构诬疏参闲住，亡后，温犹在事，抚按不敢具题。戊寅年，吏科吴麟征有疏言之，韩城拟票恤典自出朝廷，何得徇私市恩？御笔抹去，止票该部知道。希孟以乡闱事谪南，先震孟一月卒，抚按以旧讲官例，为之疏请，部覆如例议恤。时张至发当国，票旨以骈语四六新经申饬，疏语违式，议处抚按部科各官而寝其所请。至是已越四年，莫敢言及矣。宜兴当国，方博采公论，以收舆望，遂从部覆，得如例予恤云。
十月初八日，北兵大举分三道从墙子路入，至界岭青山，即炮迁安、三炮、通州、蓟州等处，已分道一往真定，一次河间，一至香河；又分别部破临清等处，一路势如破竹，直抵山东衮州，破之，执鲁王，索金玉，不胜辱，自缢死。信阳王及监军道于维新、知府邓藩锡、推官李昌期、滋阳知县郝鲁声、副将丁文明俱死之。又破莱阳，乡绅侍郎宋玫、吏部员外宋应亨、中书赵士骥俱被执，不屈死。事闻，上素服御中左门，召百官戒谕数百言，尤深自引咎。诸臣皆叩首谢罪。次日，下诏罪己。曰：比者灾害频仍，干戈扰攘，兴思祸变，罪在朕躬，勿敢自宽，敬于宫中默告上帝，修省戴罪，视事勋戚文武诸司等官，有奏事者，赴宏政门报名，候召。盖自十月至次年四月，北兵方始出口；所破城邑，自蓟、通等处，直至山东一省，无不被蹂躏者。己巳以来，四次警变，未有甚于此番者也。
行人司副熊开元，因见上罪己求言诏，即疏求独对。上因召入德政殿。开元请屏辅臣退，然后有言。上曰：辅臣原筦密勿，可以不退。开元奏：皇上圣不自圣，求贤自辅，使大臣皆以皇上之方寸为方寸，天下太平矣。又奏「见贤焉后用之」等语。上曰：见字最重要，见如何是贤？开元奏：庸人在高位，相继为奸，迨言官发其罪而诛之，所败坏已不可救。上曰：多事之秋，责备人主、责备辅臣是大题目。又云：军兴旁午，多有小人挟私罔上，尔必有私意。开元奏：臣如有私，乞敕辅臣面奏。上因令补本，逾日补本，言昔日辅臣繁刑重敛，屏弃忠良，故人得而攻之。今日辅臣奉行德意释累蠲通，起弃贤才，皆其所引用，偶有不平，私相慨叹而已，孰便起而攻之。若皇上不加体察，一时将吏狃于贿赂，虽失地丧师，皆得无罪，谁复为皇上捐躯报国者？疏入上大怒，批旨以其谗谮辅弼、狡托机密，着锦衣卫拿问。给事中姜采疏言，皇上修省罪己，于言官谆谆致戒，岂有厌薄之心哉？言官持论太急，无当圣心，此言官之过也。圣谕所云，代人脱卸、为人出脱者皇上何所见而云然乎？于章奏知之乎？抑出于圣心之悬揣乎？今如二十四气之蜚语，必大奸巨憝恶言官之不利于己而无以中之，不激皇上之怒，不能箝言官之口，人将争效寒蝉，谁复为上言之者？时有投匿名文书者，诋各臣为二十四气者，故采疏及之。上大怒，命送锦衣卫打问，与开元同日下狱。已而以廷臣救，重下严旨，并责锦衣溺职，着再行严讯，打问再四，谳上，下刑部议罪。司寇徐石麒议坐，二人配赎；圣旨以不具招罪，司官石麒闲住，该司刘沂春革职，开元、采各廷杖一百，仍发刑部拟罪。再问再驳，系狱年余，至十七年二月始各允遣戍放归。
