6月下旬荣赫鹏和麦克唐纳指挥大队人马从亚东开往江孜，这时藏军一部集结在乃宁寺，威胁着英军的交通线，英军即对乃宁寺展开猛攻，藏军和僧众凭借乃宁寺高大的围墙和殿堂顽强抵抗。英军用大炮轰开围墙，炸毁大部分殿堂，然后蜂拥入寺，藏军和僧众仍坚守不退，和英军展开肉搏战，其中一支来自工布地区的民兵，用大刀长矛给英军重大杀伤，藏军和僧众也大部壮烈牺牲。
最后英军以伤亡200多人的代价攻占了乃宁寺，他们不仅将宗喀巴大师和一世、二世****喇嘛曾经在此学习修行过的乃宁寺洗劫一空，还将不愿投降的西藏僧俗绑在经幡旗杆上枪杀。至今乃宁寺的断垣残壁上还有许多英军枪炮打下的弹洞。接着英军又进攻江孜西南与白居寺隔河相望的另一个著名古寺紫金寺（宗喀巴大师曾在这里学习和著书立说），切断江孜和日喀则的交通。藏军和僧众800多人在山上坚守，英军用大炮将山上的殿堂炸毁，经过一天的激战，攻下了紫金寺。
7月1日，西藏地方政府派来的宇妥噶伦、仲译钦波和三大寺代表等在江孜会见荣赫鹏，要求英军退兵谈判，荣赫鹏又以西藏代表无适当证明书为借口拒绝，并藏军在7月5日正午前撤出江孜宗山。荣赫鹏的无理要求当然被西藏军民拒绝。于是英军在7月5日下午对宗山发起全面进攻，经过激战于当天占领宗山下面的街道。接着英军猛烈炮轰宗山城堡，然后以步兵冲锋，藏军以火绳枪和石头向敌人还击，直到与敌人展开肉搏战。藏军多次打退了英军的进攻，还在夜间派人下山袭击敌人的营地，使英军惊惶不安。英军对宗山围攻了几天，仍然不能攻上山，只能靠密集的炮火来对付山上的守军。最后由于城堡中的火药库被炮弹击中爆炸，藏军弹尽粮绝，山上又没有饮水，藏军不得不撤退到白居寺，英军又攻打白居寺，给白居寺也造成重大破坏。从5月到7月的江孜保卫战，西藏军民虽然失败了，但是他们在战斗中的英勇无畏和顽强不屈的精神，反抗英帝国主义侵略的坚强的决心，在西藏历史上写下了光辉的一页，永远受到人民怀念和尊敬。
