东汉末年，土地兼并十分严重，豪强地主势力迅速膨胀。他们“馆舍布于州郡，田亩连于方国”，拥有成千上万的奴婢和徒附。广大农民丧失土地之后，多数沦为豪强地主的依附农民。他们除了交纳高额地租和服徭役外，人身也受地主支配，如充当家兵等，甚至跟随主人迁徙。农民与地主阶级处于尖锐的对立地位。
东汉自和帝以后，皇帝都是幼年即位，由外戚、宦官轮番把持朝政。政治日趋腐朽。灵帝刘宏公然在西园卖官鬻爵。州郡官职有时一月轮换几次，官吏到任后，就聚敛搜括。自安帝以后，朝廷长期对羌族用兵，耗费军饷四百多亿，这一沉重负担又全部落到农民头上。加上各种自然灾害，以致出现了“田野空，朝廷空，仓库空”的严重局面。大批农民四处流亡，饿殍遍野，连京师洛阳也是死者相枕于路。
由于社会危机日益深重，广大农民被迫奋起反抗。从安帝到灵帝的八十余年，见于记载的大小农民起义近百次。其中，如安帝时青州张伯路领导的流民起义，波及沿海九郡；顺帝时广陵张婴领导的起义军一万多人，活动于徐、扬一带达十几年之久；桓帝时太山公孙举领导起义军，在青、兖、徐三州作战，给官军以沉重打击。在南方和西北，还出现了汉族和少数族的联合起义。不少农民起义的领袖自称“皇帝”、“黑帝”、“无上将军”、“真人”等，或建年号，或置百官，或则利用宗教为组织形式。此伏彼起，日益频繁。当时民间曾流行一首歌谣：“小民发如韭，剪复生；头如鸡，割复鸣。吏不必可畏，民不必可轻！”黄巾起义正是在农民斗争蓬勃开展的基础上爆发的。
